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| コンテンツ | |
|---|---|
| 説明 | 一塩基多型 データベース |
| 生物 | ホモサピエンス |
| 接触 | |
| 研究センター | 国立バイオテクノロジー情報センター |
| 主な引用 | 21097890 の検索結果 |
| 発売日 | 1998 |
| アクセス | |
| データ形式 | ASN.1、Fasta、XML |
| Webサイト | 翻訳: |
| ダウンロードURL | ftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/ |
| ウェブサービスURL | EUtils SOAP |
一塩基多型データベース[1] ( dbSNP )は、国立生物工学情報センター(NCBI)が国立ヒトゲノム研究所(NHGRI)と共同で開発し、ホストしている、異なる種内および種間における遺伝的変異の無料公開アーカイブです。データベースの名前は、1つのクラスの多型(つまり、一塩基多型(SNP))のみのコレクションを示唆していますが、実際には、(1) SNP、(2)短い欠失および挿入多型(インデル/DIP)、(3)マイクロサテライトマーカーまたは短いタンデムリピート(STR)、(4)多塩基多型(MNP)、(5)ヘテロ接合性配列、および(6)名前付きバリアントなど、さまざまな分子変異が含まれています。[2] dbSNPは、明らかに中立的な多型、既知の表現型に対応する多型、および変異のない領域を受け入れます。これは、NCBIの公開核酸およびタンパク質配列コレクションであるGenBankを補完するために1998年9月に作成されました。 [2]
2017年、NCBIはdbSNPにおけるヒト以外の生物のサポートを停止しました。[3]ビルド153（2019年8月リリース）の時点で、dbSNPにはホモサピエンスの6億7500万以上の異なる変異体を表す約20億件の提出物が蓄積されていました。
目的
dbSNP は、生物学研究者を支援するために実装されたオンライン リソースです。その目標は、特定されたすべての遺伝子変異を含む単一のデータベースとして機能することです。このデータベースは、さまざまな遺伝子に基づく自然現象の調査に使用できます。具体的には、dbSNP 内にカタログ化された分子変異へのアクセスは、物理マッピング、集団遺伝学、進化関係の調査などの基礎研究に役立つほか、特定の関心部位での変異量を迅速かつ簡単に定量化できます。さらに、dbSNP は、薬理ゲノム学および遺伝子変異と表現型特性との関連性に関する応用研究を導きます。[4] NCBI の Web サイトによると、「このような斬新で刺激的な研究 [dbSNP] への長期投資は、ヒト生物学を進歩させるだけでなく、現代医学の実践に革命をもたらすことが期待されます。」
提出
1. 出典
もともと、dbSNPは、個々の研究室、共同多型発見活動、大規模ゲノムシークエンシングセンター、他のSNPデータベース（SNPコンソーシアム、HapMapなど）、民間企業など、さまざまなソースからあらゆる生物の提出を受け付けています。 [5] 2017年9月1日、dbSNPは非ヒト変異データの提出の受け入れを停止し、2か月後には、そのインタラクティブなWebサイトと関連するNCBIサービスで非ヒト変異データの提供を停止しました。現在、dbSNPはヒト変異データのみを受け入れて提供しています。
2. 記録の種類
提出された変異には、提出されたSNP ID番号 (“ss#”) が付与されます。[5]このアクセッション番号は、その提出に対する安定した一意の識別子です。提出された一意のSNPレコードには、参照SNP ID番号 (“rs#”、"refSNP cluster") も付与されます。ただし、特に臨床的に関連する変異の場合、1つの変異のレコードが複数dbSNPに提出される可能性があります。これに対応するため、dbSNPは、提出された同一のSNPレコードを1つの参照SNPレコードに定期的にまとめます。この参照SNPレコードも、一意で安定した識別子です (以下を参照)。[4]
3. 提出方法
dbSNPに変異を提出するには、まず提出者のハンドルを取得する必要があります。これは提出を担当する研究室を識別するものです。[4]次に、著者は関連情報とデータを含む提出ファイルを完成させる必要があります。提出された記録には、次の表に挙げた10の必須情報が含まれていなければなりません。[4]提出に必要なその他の情報には、連絡先情報、出版情報（タイトル、ジャーナル、著者、年）、分子タイプ（ゲノムDNA、cDNA、ミトコンドリアDNA、葉緑体DNA）、生物が含まれます。[4]
リリース
dbSNP によって取得された新しい情報は、一連の「ビルド」（データの改訂とリリース）の形で定期的に公開されます。[4]新しいビルドのリリーススケジュールはありません。代わりに、通常ビルドは、ゲノムにカタログ化された変異が関連付けられていると想定して、新しいゲノム ビルドが利用可能になったときにリリースされます。[6]これは約 3～4 か月ごとに発生します。ゲノム配列は時間の経過とともに改善される可能性があるため、以前のビルドの参照 SNP (“refSNP”) と新しく送信された SNP は、新しく利用可能なゲノム配列に再マッピングされます。複数の送信された SNP が同じ場所にマッピングされている場合、1 つの refSNP クラスターにクラスター化され、参照 SNP ID 番号が割り当てられます。ただし、2 つの refSNP クラスター レコードが同じ場所にマッピングされている（つまり同一である）ことが判明した場合、dbSNP はそれらのレコードもマージします。この場合、小さい方のrefSNP番号ID（つまり最も古いレコード）が両方のレコードを表すことになり、大きい方のrefSNP番号IDは廃止されます。これらの廃止されたrefSNP番号IDは、新しいレコードには再び使用されません。2つのrefSNPレコードのマージが発生すると、変更が追跡され、以前のrefSNP番号IDは引き続き検索クエリとして使用できます。同一レコードをマージするこのプロセスにより、dbSNP内の冗長性が削減されます。[6]
上記のマージ基準には2つの例外があります。第一に、異なるクラスの変異（例：SNPとDIP）はマージされません。第二に、文献で引用されている臨床的に重要なrefSNPは「貴重な」ものと呼ばれ、そのようなrefSNPを排除するマージは、後で混乱を引き起こす可能性があるため、決して実行されません。[6]
検索
1. 方法
dbSNPはEntrez SNP検索ツールを使用して検索できます。検索には、ss番号ID、refSNP番号ID、遺伝子名、実験方法、集団クラス、集団詳細、出版物、マーカー、対立遺伝子、染色体、塩基位置、ヘテロ接合性範囲、またはビルド番号など、さまざまなクエリを使用できます。[6] [7]さらに、バッチクエリを使用して、多くの結果を同時に取得できます。[6]検索では、クエリ用語に一致するrefSNP番号IDと、そのrefSNPクラスターの利用可能な情報の要約が返されます。
2. ツール/データ
refSNP クラスターに利用可能な情報には、個々の提出物の基本情報 (「提出物」を参照) と、複数の提出物からのデータの組み合わせから利用可能な情報 (ヘテロ接合性、遺伝子型頻度など) が含まれます。refSNP クラスターをより詳細に調査するためのツールが多数用意されています。マップ ビューには、ゲノム内の変異の位置と他の近くの変異が表示されます。別のツールである遺伝子ビューでは、遺伝子内の変異の位置 (遺伝子内にある場合)、古いコドンと新しいコドン、両方でエンコードされているアミノ酸、変更が同義か非同義かが報告されます。シーケンス ビューアでは、イントロン、エクソン、その他の遠い変異と近い変異との関係で変異の位置が表示されます。エンコードされたタンパク質の 3D 画像を表示する 3D 構造マッピングも利用できます。
dbSNP は、ヌクレオチド、タンパク質、遺伝子、分類学、構造データベースのほか、PubMed、UniSTS、PMC、OMIM、UniGene など、他の多くの NCBI リソースにもリンクされています。
3. 検証ステータス
検証ステータスには、変異を裏付ける証拠のカテゴリーがリストされています。これには、(1) 複数の独立した提出、(2) 頻度または遺伝子型データ、(3) 提出者の確認、(4) 少なくとも2本の染色体におけるすべての対立遺伝子の観察、(5) HapMapによる遺伝子型決定、(6) 1000ゲノムプロジェクトでの配列決定が含まれます。[6]
データ品質の問題
dbSNP で見つかったデータの質は多くの研究グループによって疑問視されており、[8] [9] [10] [11] [12] [13] 、ジェノタイピングやベースコーリングのエラーによる偽陽性率の高さを疑っています。提出者が (1) 非常に類似しているが異なる DNA 配列の無批判なバイオインフォマティクスアラインメント、および/または (2) 類似しているが異なる DNA 配列を区別できないプライマーを使用したPCR を使用すると、これらの間違いが dbSNP に簡単に入力される可能性があります。 [8] Mitchellら(2004) [9] は4 つの研究[10] [11] [12] [13]をレビューし、dbSNP の SNP の偽陽性率は 15～17% であり、偽陽性ではない SNP の約 80% でマイナーアレル頻度が 10% を超えると結論付けました。同様に、Musemeciら(2010) [8]は、dbSNP の二対立遺伝子コーディング SNP の 8.32% が高度に類似した DNA 配列 (つまりパラロガス遺伝子) の産物であり、これらのエントリを一塩基差異 (SND) と呼んでいると述べています。dbSNP のエラー率が高いのは意外ではないかもしれません。人間の 2,370 万の refSNP エントリのうち、検証されているのは 1,450 万のみで、残りの 920 万が候補 SNP となっています。ただし、Musemeciら(2010) [8]によると、refSNP レコードで提供される検証コードでさえ部分的にしか役に立ちません。HapMap 検証のみが SND の数を減らしましたが (3% 対 8%)、この方法のみを受け入れると、dbSNP の実際の SNP の半分以上が除去されます。著者らはまた、Lee グループの提出物の 1 つのソースにエラーが多発していることにも言及しています。これらの提出物の 20% は SND です (提出物全体では 8%)。ただし、著者らが指摘しているように、これらの提出物をすべて無視すると、実際の SNP の多くが除去されてしまいます。
dbSNPのエラーは、候補遺伝子の関連研究[14]やハプロタイプに基づく調査を妨げる可能性があります。[15]エラーは、関連研究で誤った結論を増やす可能性もあります。[8]偽のSNPをテストすることでテストされるSNPの数を増やすと、より多くの仮説テストが必要になります。しかし、これらの偽のSNPは実際には形質に関連付けることができない可能性があるため、真のSNPのみがテストされた場合、厳密なテストに必要なレベルよりもアルファレベルが低下し、偽陰性率が高くなります。Musemeci et al. (2010) [8]は、陰性の関連研究の著者は、以前の研究で偽のSNP (SND)を調べ、分析から除外することを提案しました。
dbSNPからのデータの引用方法
個々の配列は、refSNP クラスター ID 番号 (例: rs206437) で参照できます。dbSNP は、2001 年の Sherry らの論文を使用して参照する必要があります: Sherry, ST, Ward, MH, Kholodov, M., Baker, J., Phan, L., Smigielski, EM, Sirotkin, K. (2001). dbSNP: the NCBI database of genetic variety. Nucleic Acids Research, 29: 308-311. [5]
参照
参考文献
- ^ Wheeler DL、Barrett T、 Benson DA、他 (2007 年 1 月)。「国立バイオテクノロジー情報センターのデータベース リソース」。Nucleic Acids Res . 35 ( データベース号) : D5–12。doi :10.1093/nar/gkl1031。PMC 1781113。PMID 17170002。
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- ^ 「dbSNP および dbVar における非ヒトゲノム生物データのサポートの段階的廃止」 2017 年5 月 9 日 . 2017 年7 月 9 日閲覧。
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外部リンク
- dbSNPホーム
- [1]dbSNPへの登録方法