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ザクセン公ヨハン・フリードリヒ2世（ドイツ語: Johann Friedrich II. von Sachsen、1529年1月8日- 1595年5月19日）は、ヴェッティン家のエルネスティーネ系の王子であった。名目上はザクセン公の称号を名乗っていたが、実際にはザクセンのコーブルク公国とアイゼナハ公国を統治していた。
ヨハン・フリードリヒ2世は、ザクセン選帝侯ヨハン・フリードリヒ1世とクレーフェのシビラの長男であった。彼は弟のヨハン・ヴィルヘルムとともに、法学者バシリウス・モンナーの指導の下、総合的な教育を受けた。2人の兄弟はアウリック会議に招かれ、そこで若いうちから外交の知識を深めることができた。[ 1 ]
ミュールベルクの戦い（1547年4月24日）で父が捕虜となった後、ヨハン・フリードリヒ2世は弟のヨハン・ヴィルヘルムと共に、父の後を継いで一族が保持していた領地の摂政となった。父の死後（1554年）、兄弟は父から相続した領地を円満に分割したが、ヨハン・フリードリヒ2世は一族の領地の唯一の摂政としての地位を維持した。分割条約でアイゼナハとコーブルクを獲得したにもかかわらず、ヨハン・フリードリヒ2世は一族の当主を務める間、ゴータを居城とした。
ヨハン・フリードリヒの政治的野望は、依然として「ザクセン選帝侯」の称号に対する一族の権利の回復と、父の投獄によって失われた領地の回復に向けられていた。1563年、彼の寵臣ヴィルヘルム・フォン・グルムバッハ将軍はヴュルツブルクを攻撃し、都市を占領・略奪し、参事会と司教に領地の返還を強要した。その結果、グルムバッハは皇帝の追放処分を受けたが、ヨハン・フリードリヒ2世は皇帝マクシミリアン2世の軍撤退命令に従うことを拒否した。その間、グルムバッハはザクセン選帝侯アウグストゥスの暗殺を企て、支援を求める布告が出された。このため、ドイツ国内外の同盟関係は崩壊した。
1566年11月、ヨハン・フリードリヒは、同年初めにグルムバッハに対して発令されていた皇帝の禁令下に置かれ、アウグストゥスはゴータに向けて進軍した。ゴータ市民の抵抗は見られず、反乱によって町は陥落した。グルムバッハは敵に引き渡され、拷問を受けた後、1567年4月18日にゴータで処刑された。
皇帝は、当時のザクセン選帝侯ヨハン・フリードリヒ2世に対し、帝国禁令（ライヒザハト）を発布した。帝国全体の利益を維持するために、特定の君主に対して介入する帝国執行令（ライヒゼクセクティオン）も発動され、ヨハン・フリードリヒの実弟ヨハン・ヴィルヘルムもこれに加わった。1566年、ゴータ城が包囲された後、ヨハン・フリードリヒは最終的に敗北し、残りの人生を皇帝の囚人として過ごした。彼の財産は皇帝によって没収され、ヨハン・ヴィルヘルムに引き渡され、彼はザクセン公国全体の唯一の君主となった。
1555年5月26日、ワイマールでヨハン・フリードリヒ2世は最初の妻となるヘッセンのアグネス（ザクセン選帝侯妃）と結婚した。その6か月後、彼女は流産し、同年11月4日に亡くなった。
1558年6月12日、ワイマールでヨハン・フリードリヒ2世は2番目の妻となるプファルツ選帝侯フリードリヒ3世（1559年）の娘、ジンメルン＝シュポンハイム伯爵夫人エリーザベトと結婚した。彼らには4人の息子がいた。
その後、皇帝はヨハン・フリードリヒ2世の生き残った2人の息子を叔父のヨハン・ヴィルヘルムに対抗するために利用し、1572年にエアフルト分割が行われた。ザクセン公国は3つに分割された。長男のヨハン・カジミールはコーブルクを、次男のヨハン・エルンストはアイゼナハを与えられた。ヨハン・ヴィルヘルムはより小さな部分、ヴァイマルの限定された地域のみを保持したが、公国にアルテンブルク、ゴータ、マイニンゲンの各地区を加えた。テューリンゲンには複数のエルンスト家があったため、この分割でテューリンゲンも与えられ、常に隣接していたヴェッティン家（ザクセン公国）の完全な領地はもはや統合されなくなった。ヨハン・ヴィルヘルムからはザクセン＝ヴァイマル家と、後にザクセン＝ヴァイマルから分離した最初のザクセン＝アルテンブルク家が派生した。
ヨハン・フリードリヒ2世は1595年に亡くなり、彫刻家ニコラウス・ベルクナーがコーブルクのモーリツ教会に建てた大きな墓に埋葬された。この墓は、息子のヨハン・カジミールが彼と妻のエリザベートのために建てたものである。棺は現在、教会の地下納骨堂に安置されている。[ 2 ]： 48