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インターカナディアンは、1949年に設立されたケベックエアをルーツとしています。ケベックエアは、ブリティッシュ・エアクラフト・コーポレーション（BAC）のワンイレブン、ボーイング727-100、ボーイング737-200、フォッカーF28フェローシップなどのジェット機に加え、コンベア580、フェアチャイルドF-27、ホーカーシドレーHS748などのターボプロップ機やその他のプロペラ機を、ケベック州、ニューブランズウィック州、およびカナダ東部の各地の路線で運航する、中堅の地域航空会社へと成長しました。1986年、ケベックエアは、カナディアン・エアラインズ・インターナショナルの親会社であるパシフィック・ウェスタン航空のオーナーであるPWAコーポレーションに買収され、同じくPWAコーポレーションに買収されたモントリオールを拠点とする別の航空会社、ノルデアの地域子会社と合併しました。
1980年代後半、インターカナディアンは機材を刷新し、フォッカー100型双発ジェット機の北米におけるローンチカスタマーとなり、 ATR42型ターボプロップ機のカナダ初の運航会社となった。同時期に、カナディアン航空インターナショナルはインターカナディアンの経営権を地元の実業家ミシェル・ルブランに売却したが、インターカナディアンはカナディアンのコードシェアパートナーとして運航を継続した。
1990年、インターカナディアンはコードシェア協定を破棄し、モントリオール、オタワ、トロント、ハリファックス間の高密度路線でカナディアン航空インターナショナルおよびエア・カナダと競合し始めた。この新たな事業計画は失敗に終わり、インターカナディアンは1991年に裁判所の保護下に入った。その後、カナディアン航空インターナショナルが同社を買い戻し、カナディアンのケベック州フィーダー航空会社としての役割に戻し、フォッカー100を処分し、機材をATR 42に統一した。1996年、インターカナディアンは、当時カナダ最大の地域航空会社であり、カナディアン航空インターナショナルの傘下にあったカナディアン・リージョナル航空の完全子会社となった。
1998年9月、カナディアン・リージョナルはインター・カナディアンを、ロバート・マイヒルとそのパートナーが所有するトロントを拠点とする投資会社、カナディアン・インベスターズ・グループに売却した。同時に、カナディアン・エアラインズ・インターナショナルはエア・アトランティックとのコードシェア協定を破棄し、エア・アトランティックのカナダ大西洋岸地域の路線をインター・カナディアンに移管した。また、オンタリオ州のカナディアン・リージョナル航空の路線もいくつか移管した。その結果、インター・カナディアンは規模がほぼ倍増し、保有機材はATR 42型機10機からATRプロペラ機16機とフォッカーF28フェローシップ双発機3機に増え、東はニューファンドランド州セントジョンズから西はオンタリオ州スーセントマリーまでを結ぶ路線網を運航するようになった。1999年7月、同社はエンブラエルERJ-135型リージョナルジェット機6機の発注を発表したが、これらのジェット機は同社によって運航されることはなかった。
インターカナディアンは、コードシェア提携先であるカナディアン・エアラインズ・インターナショナル（エア・カナダに買収された）の経営破綻と同時に、1999年11月27日に運航を停止した。同社は2000年4月に破産手続きに入り、格納庫施設と整備ライセンスはエクセルテック・エアロスペースに買収された。
1999年に運航を停止した当時、インターカナディアンはカナダ国内の28都市に就航していた。