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| ハロフェラ目 | |
|---|---|
科学的分類 
| |
| ドメイン： | 古細菌 |
| 王国： | ユーリアキオータ |
| クラス： | ハロバクテリア |
| 注文： | Haloferacales Gupta et al. 2015年 |
| 家族[1] [2] | |
ハロフェラ目は、好塩性、化学有機栄養性、または従属栄養性の古細菌の一種で、ハロアーキア綱に。 [3]この目のタイプ属はハロフェラックスである。[4]
Haloferacalesという名前は、この目のタイプ属を指すラテン語のHaloferaxと、目を表す接尾辞「-ales」に由来しています。これらを合わせると、Haloferacales は命名上のタイプがHaloferax属である目を指します。
生化学的特性と分子シグネチャー
メンバーは好塩菌で、化学有機栄養生物または従属栄養生物であり、海洋天日塩田や死海などの高塩分環境から分離されます。一部のメンバーは運動性があり、ガス小胞を含んでいます。形態は多様で、桿菌、球菌、平らな四角形などがあります。この目のメンバーは中性 pH で最適に成長します。この目の DNA G+C 含有量は 55-66 mol% です。[3]
この目は、DNAジャイレースB、プロリルt-RNA合成酵素、アシルCoA合成酵素、アスパルチル/グルタミルtRNAアミドトランスフェラーゼサブユニットBに存在する5つの保存されたシグネチャータンパク質（CSP）と4つの保存されたシグネチャーインデル（CSI）の存在によって、他のハロバクテリアと確実に区別できます。 [3]
歴史的系統学と現在の分類学
2021年現在、ハロフェラ目はハロフェラ科とハロルブラ科の2つの科から構成されています。[4]この目のメンバーは、以前は異なる生化学的特徴と異なる生態学的ニッチを持つ、系統学的に無関係な大きな種のグループであったハロバクテリア綱から区別されていました。 [5] [6]形態学的および生理学的特徴の多様な範囲により、属レベルを超えて綱内の進化的関係を明らかにすることは困難でした。
2015年、Guptaらは、保存されたタンパク質と16S rRNA配列のいくつかの異なるデータセットから構築されたさまざまな系統樹の分岐パターンと、比較ゲノム解析に基づいて、Halobacteria綱をHalobacteriales、Haloferacales、Natrialbalesの目に分類することを提唱しました。この目に特有の分子マーカー、具体的には保存されたシグネチャーインデルも、系統樹とは独立した分類を裏付ける証拠として特定されました。[3]これらのCSIの存在に基づいて、各目は互いに、また他の種と確実に区別できます。
系統発生
現在受け入れられている分類法は、原核生物の命名法リスト（LPSN）[2]と国立生物工学情報センター（NCBI） [1]に基づいています。
参照
参考文献
- ^ ab Sayers; et al. 「Haloferacales」。国立生物工学情報センター(NCBI) 分類データベース。 2023年5月17日閲覧。
- ^ ab JP Euzéby. 「Haloferacales」。命名法で定められた原核生物名のリスト(LPSN) 。 2023年5月17日閲覧。
- ^ abcd グプタ、ラディ S.;ナウシャド、ソハイル;ベイカー、シェリダン (2015-03-01)。 「ハロバクテリア綱とその2つの主要分岐群の系統ゲノム解析と分子サイン：ハロバクテリア綱を改正された目ハロバクテリアレス目と、新規の科を含む2つの新しい目ハロフェラカレス目（11月）とナトリアルバレス（11月）に分割する提案」ハロフェラ科 11 月とナトリアルバ科 11 月。系統的および進化的微生物学の国際ジャーナル。65 (Pt_3): 1050–1069。土井：10.1099/ijs.0.070136-0。ISSN 1466-5026。
- ^ ab “Order: Haloferacales” lpsn.dsmz.de . 2021年6月27日閲覧。
- ^ ウィリアム・D・グラント;亀倉正博；マクゲニティ、テリー J.ヴェントーサ、アントニオ (2015-09-14)。 「好塩菌教室。11月」。Bergey の古細菌と細菌の体系化マニュアル: 1–1。土井：10.1002/9781118960608.cbm00026。
- ^ Oren, Aharon (2012-02-01). 「Halobacteriaceae科の分類学：原核生物系統学の概念を変えるパラダイム」International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 62 (2): 263–271. doi : 10.1099/ijs.0.038653-0 . ISSN 1466-5026.
- ^ 「The LTP」 。 2023年5月10日閲覧。
- ^ 「LTP_all tree in newick format」。2023年5月10日閲覧。
- ^ 「LTP_06_2022 リリースノート」(PDF) 。 2023年5月10日閲覧。
- ^ 「GTDBリリース08-RS214」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。
- ^ "ar53_r214.sp_label".ゲノム分類データベース. 2023年5月10日閲覧。
- ^ 「分類の歴史」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。