フランス国旗は、船舶がフランス船籍であることを示すために海上で掲揚される旗である。長年にわたり、このような国旗は数多く存在し、また、国旗のモチーフに基づいた陸上の旗も存在する。
現在のフランス商船旗は、フランス国旗と全く同じではありません。どちらも青、白、赤の三色ですが、フランス商船旗では、青30%、白33%、赤37%の割合でこれらの色が使われています。これは、遠くから動いているのを見たときに、縦の列の幅が均等に見えるようにするためです。さらに、赤い縦の列をやや太くすることで、海上での視認性を高めることも意図されています。
他の国の軍旗と同様に、14世紀初頭のフランスの軍旗は王家の紋章をあしらった旗であり、青地に金色の百合の紋章が描かれていた。時には白い十字架が描かれることもあった。
1365年、シャルル5世は青地に金色のフランス百合を3つあしらった旗に変更した。しかし、1514年頃の記録にも、百合と十字の旗が使われていたことが時折記されている。
この時代の挿絵の中には、赤い背景に白い十字が描かれたものも時折見られるが、これは主に紋章に限られる。しかし、1450年以降は、これら二つのデザインが並んで描かれることが多くなった。

ブルボン家の時代になると、王室の色は融合し、青、赤、白が王室の色となりました。フランス王アンリ4世は、側近全員にこれらの色の服を着せました。これらの色は、これらの理由、あるいはその他の理由から、フランスの旗の色にもなりました。無地の白い旗はフランスの帆船艦隊を示し、赤い旗はガレー船を示し、青い旗は商船が掲げました。これらがすべて無地の旗であったかどうかはやや不明瞭です。例えば、1661年には、商船での白い旗の使用は明確に禁止され、商人は代わりに「フランス国民の古い旗」を掲げるように指示されました。当時の旗は、青地に白い十字があり、その上に王室の紋章が描かれているものでした。
それから10年ほど後、商船隊の規則が改正され、すべて白でない限り、あらゆる種類の旗の使用が許可されるようになった。これにより、フランスの旗には2つの新しいタイプが生まれた。一つは、フランスの旗として掲揚される地域旗または地方旗、もう一つは、すべて白とみなされない範囲でできるだけ多くの白を表現することを目的とした個人デザインである。
フランス革命までは、ほとんどの商人は青と白で構成された旗を掲げていた。しかし、1790年に革命が起こり、3色すべてが1つの旗に統合され、新しい旗は赤、白、青の3つの等しい列からなるカントン(左上隅)を持つ白旗となった。白地は革命の人々の好みには高貴すぎたため、フランス共和暦2年雨季27日(1794年2月15日)に、旗と旗章は現在のフランス国旗のデザイン、すなわち青、白、赤の3つの等しい幅の列に変更された。同じ旗が1848年3月7日に再び国旗として制定された。
旗竿の先端が風を受けて動く際に短く見えるという効果を打ち消すため、1853年5月17日に旗竿の縦横比が新たに規定され、30:33:37となった。
フランス植民地で使用されていた旗の多くは、イギリス帝国全土の植民地で採用されたイギリスの軍旗と似ているが、ユニオン・フラッグの代わりにフランスの三色旗を使用している点が異なる。

フランス海軍旗は、国旗と比べて色がやや濃い青色であることと、縞の比率が異なる点で特徴づけられる。国旗の縞の比率は1:1:1であるのに対し、海軍旗の縞の比率は30:33:37である。これらの違いは、視覚的な理由から19世紀に定められたものである。
海軍旗は掲揚される
軍艦旗の寸法は、船の大きさ、状況(式典か通常の航海か)、および位置(船尾、バウスプリット、またはマスト)によって異なります。
フランス海軍航空隊(Aéronautique navale )の航空機の記章は、通常の記章とは異なり、黒い錨が描かれている。

FNFL旗は、自由フランス海軍と共に戦った艦船、またはそのような艦船にちなんで名付けられた艦船に掲揚される。
FNFLの船のうち2隻、練習用スクーナーのÉtoileとBelle Pouleは現在も現役で使用されている。
現代の艦船の多くは、フランス海軍で戦った艦船の名前を冠している。これは、その名前がフランス海軍の伝統となっているため(例えば、ウラガン)、あるいは特に重要な艦船にちなんで名付けられたため(例えば、アコニット)である。そのような艦船には以下のようなものがある。
さらに、航空母艦シャルル・ド・ゴールも、 FNFL(フランス海軍旗)を創設したシャルル・ド・ゴール将軍を称えて、この旗を掲揚している。

軍事勲章旗は、戦功報告書で表彰された艦船に掲揚される。
各ジャックは戦功十字章を身につけており、その色は、言及されている戦いで勝利を収めた戦いに応じて異なっている。
乗組員は対応する四つ葉の帽子を着用する。


マストヘッドペナントは「戦旗」と呼ばれ、正式な指揮官がいる海軍艦艇を示します。該当する場合、このペナントは、乗船している高位の士官または大臣のジャックに置き換えられます。
フランス沖で5ヶ月以上任務に就いている艦船は、祖国を離れていた月数に応じてマストヘッドペナントを1メートルずつ長くするという伝統がある。特筆すべき例として、1940年9月9日にダカールに向けて出航し、ドイツ占領下のフランスから離れたフランス海軍(FNFL)と共に解放まで戦った巡洋艦ジョルジュ・レイグが挙げられる。同艦が1944年9月13日にトゥーロン港に入港した際、マストヘッドペナントは60メートルにも達していた。
大臣、将官、または師団長が乗船している場合は、以下の旗をマストの頂上に掲揚する。