42Bを含むコイルドコイルドメイン

CFAP73
識別子
エイリアス	CFAP73、MIA2、CCDC42B、コイルドコイルドメインを含む42B、繊毛および鞭毛関連タンパク質73
外部ID	MGI : 3779542; HomoloGene : 53205; GeneCards : CFAP73; OMA :CFAP73 - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト） クロ。 染色体12（ヒト）[1] バンド 12q24.13 始める 113,149,724 bp [1] 終わり 113,159,276 bp [1]
遺伝子の位置（マウス） クロ。 5番染色体（マウス）[2] バンド 5 5 始める 120,766,400 bp [2] 終わり 120,772,300 bp [2]
RNA発現パターン ブギー 人間 マウス（相同遺伝子） トップの表現 右子宮管 鼻粘膜の嗅覚領域 鼻上皮 耳下腺 気管支上皮細胞 腹直筋の骨格筋組織 上腕二頭筋 上腕二頭筋の腱 精巣上体頭 右心室 トップの表現 精子細胞 精母細胞 睾丸 視床下部 胚盤胞 胚 卵巣 桑実胚 肺 海馬本体 参照表現データの詳細 バイオGPS 該当なし
遺伝子オントロジー 分子機能 ダイニン複合体結合 細胞成分 運動繊毛 軸糸外側二重体 細胞質 細胞骨格 繊毛 細胞投影 生物学的プロセス 内部ダイニンアームアセンブリ 繊毛運動 出典:Amigo / QuickGO
オルソログ 種 人間 ねずみ エントレズ 387885 546886 アンサンブル ENSG00000186710 ENSMUSG00000094282 ユニプロット A6NFT4 J3QPZ5 RefSeq (mRNA) NM_001144872 NM_001195094 RefSeq (タンパク質) NP_001138344 NP_001182023 場所 (UCSC) 12 章: 113.15 – 113.16 Mb 5 章: 120.77 – 120.77 Mb PubMed検索 [3] [4]
ウィキデータ
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コイルドコイルドメイン含有タンパク質42BはCCDC42Bとしても知られ、タンパク質コード遺伝子CCDC42Bによってコードされるタンパク質である。^[5]

CCDC42B遺伝子は、12番染色体のプラス鎖の長腕の位置24.13に位置しています。CCDC42B遺伝子は113,587,663塩基対から始まり、113,597,081塩基対で終わります。CCDC42Bの一部はDDX54遺伝子と重複しています（113,594,978-113,623,284）。CCDC42Bのサイズは9,419塩基で、分子量は35,914 Daです。^{[5] [6] [7]} CCDC42B mRNAは1514 bpを含み、113,587,663から113,597,081に位置しています。CCDC42Bタンパク質は308 AAを含み、113,587,663から113,595,484に位置しています。プロモーター領域 (GXP_642107) には 859 bp が含まれており、113,586,906 から 113,587,764 に位置すると予測されます。ヒト CCDC42B 遺伝子には、DDX54、RASAL 1、および DTX1 という 3 つの隣接遺伝子があります。

DDX54 遺伝子は、推定 RNA ヘリカーゼの DEAD タンパク質ファミリーのメンバーです。この遺伝子は、Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD) の保存モチーフを持つ DEAD ボックス タンパク質をコードします。DEAD ボックス タンパク質ファミリーは、RNA スプライシング、リボソーム アセンブリ、翻訳の開始、核およびミトコンドリアのスプライシング、精子形成、胚形成、細胞の成長と分裂など、RNA の二次構造の変化を伴う細胞プロセスに関連しています。RASAL 1 タンパク質は、細胞の増殖と分化の制御を可能にする GDP 結合型の Ras を不活性化することによって Ras 機能を抑制する機能を果たす GAP1 ファミリーのメンバーです。DTX1 は、ユビキチン化を促進し、MEKK1 の分解を可能にすることによって、ユビキチン リガーゼ タンパク質として機能します。 DTX1 のユビキチンリガーゼ活性は、細胞運命決定を制御する細胞間コミュニケーションに関連するシグナル伝達経路である Notch 経路を制御します。

近縁種には Mammalia を含め、遠縁種には Mammalia を除外したヒト CCDC42B タンパク質間データベースのBasic Alignment Search Tool (BLAST) ^[8]では、妥当な E 値を持つ複数のオルソログ種と、ヒト CCDC42B に対するオルソログの関連性に応じて高、中、低のカバレッジが得られました。CCDC42B 遺伝子の保存性が高いため、95%～53% のパーセンテージ同一性範囲を持つ複数の厳密なオルソログ (哺乳類) が得られました。アカ​​ゲザル、クジラ、ブタ、ウシ、マウスです。遠縁のホモログ (非哺乳類) では CCDC42B 遺伝子の保存性が低く、パーセンテージ同一性範囲は 23%～40% です。ショウジョウバエ、爬虫類、両生類、魚類です。

CCDC42B遺伝子には、 CCDC42'（CCDC42A） という主要なパラログが1つだけあります。

ヒトのCCDC42B遺伝子は、約58種の相同遺伝子種で発見されています。^[5] CCDC42Bは、多くの哺乳類相同遺伝子種で、非哺乳類相同遺伝子種と比較して保存性が高くなっています。CCDC42B遺伝子は、いくつかの厳密な相同遺伝子（哺乳類）で保存性が高くなっています：チンパンジー、アカゲザル、イヌ、ウシ、マウス、ラット、ニワトリ、および95％～69％の範囲の相同性。CCDC42B遺伝子は、遠い相同遺伝子（非哺乳類）である鳥類、爬虫類、両生類、魚類では保存性が低く、相同性は23％～40％の範囲です。この図は、CCDC42Bの保存性に関する厳密な相同遺伝子と遠い相同遺伝子の比較を示しています（紫色：一致するアミノ酸残基、青色：保存された残基、ピンク色：類似の残基、白色：異なる残基）

^{Biology Workbench [9]}によると、種間での CCDC42B の分岐を示す系統樹が構築されました。ヒト配列と比較したオルソログ種の同一性パーセントと分岐時間の関係を以下に示します。この図は、さまざまな種における CCDC42B 遺伝子の進化の歴史を示しています (オルソログ スペースに表示)。近縁種の同一性パーセントは高く、アミノ酸の保存性が高いという統計的証拠を示しています。ヒト CCDC42B と遠縁の種は同一性パーセントが低く、アミノ酸残基の保存性が低いことを裏付けています。この図は、CCDC42B の進化で発生した変化の量と遺伝子の変異率を強調しています。

^{SAPSツール[9]}によると、ヒトCCDC42Bタンパク質は8つのエクソンの308アミノ酸で構成されています。成熟したCCDC42Bタンパク質の分子量は35.9 kdal（35,914 Da）です。ヒトCCDC42Bの等電点は7.01で、その特定のpHではCCDC42Bタンパク質は正味電荷を持ちません。タンパク質配列のN末端はMet（M）で構成されています。疎水性親水性の総平均は、CCDC42B（ヒト）では-0.694、遠縁のオルソログであるDrosophila melanogaster CG10750では-0.398と予測されました。GRAVYが陰性であることから、両方のタンパク質が可溶性で親水性であることが確認されました。 CCDC42B の理論的な不安定性指数 (II) は 63.73、CG10750 は 45.20 と予測されており、これは両方のタンパク質が試験管内で不安定であることを示しています。哺乳類の網状赤血球 (in vitro) での CCDC42B と CG10750 の半減期はどちらも 30 時間であると予測されており、これは代謝率の制御を担う酵素の半減期に相当します。上記の結果から、CCDC42B と CG10750 はアミノ酸組成とタンパク質特性において類似点があることが確認されました。このように、CCDC42B の多くの特性は近縁種と遠縁種にわたって保存されています。

ヒトCCDC42B遺伝子には9つのイントロンが含まれており、8つの異なるmRNA転写産物が生成されます。4つの選択的スプライシングバリアントと4つの非スプライシングバリアントです。選択的スプライシングの結果、2つの非常に優れたタンパク質、3つの優れたタンパク質、および3つの非コードタンパク質がコードされます。^[10]

機能不明のCCDC42Bタンパク質には、真核生物ファミリーに属し、34 ～ 159 アミノ酸の範囲に位置する機能不明のコイルドコイルドメイン(DUF4200) が含まれています。DUF4200 ドメインは真核生物で保存されています。コイルドコイル構造は、ねじれを形成するために互いに巻き付いた 2 つのアルファヘリックスで構成されています。ヘプタド繰り返しパターン (abcdefg)n は、コイルドコイル構造の配列を形成します。ここで、a と d は疎水性、e と g は極性または荷電です。

ExPASyプロテオミクスツール^[13]は、主にCCDC42Bタンパク質の転写後修飾を解析するために使用されました。ヒトCCDC42BのN末端アセチル化（A2）は、6つのオルソログのうち5つで対応していました。ショウジョウバエは位置1〜3にAla、Gly、Ser、Thrがないため、N末端アセチル化はヒトCCDC42Bで保存されています。ヒトCCDC42Bタンパク質は保存されたSUMO化部位を持ち、位置285のリジン（K）は6つのオルソログのうち5つで保存されていたため、ほとんど近縁の生物でリジンの保存が見られました。リン酸化イベントは主にCCDC42Bで発生し、シグナル伝達経路に関与していることが示唆されています。ヒト CCDC42B の位置 8 のチロシンのリン酸化部位 (Y8) は、6 つのオルソログ種すべてで完全に保存されていました (この部位は硫酸化部位に対応していました)。また、ヒト CCDC42B タンパク質の他のリン酸化部位もオルソログで保存されていました (多重配列アラインメントで示されています)。ヒト CCDC42B タンパク質の同じアミノ酸残基は、競合的なリン酸化と O 結合型グリコシル化を受けます。しかし、グリコシル化部位は主にセリンおよびスレオニン残基に発生し、これらはセリン/スレオニンキナーゼによってリン酸化されます。したがって、Ser/Thr 残基のリン酸化はO-GlcNAcの処理を​​妨げます。ヒト CCDC42B タンパク質は、位置 293 にアラニン (A) の GPI 修飾部位を保存しており、これは 6 つのオルソログのうち 4 つで保存されていました。

CCDC42Bタンパク質は、 α ヘリックスをベースとした二次構造を形成します。CCDC42B の構造には、複数のα ヘリックスとその他のランダム コイルが含まれると予測されます。ヘアピン ループ構造は、 CCDC42Bの 5'UTR および 3'UTR 領域で検出されました。また、ロイシン ジッパー ドメインは、コイルドコイル ドメインと重複していることがわかりました。添付の画像は、ヒト CCDC42B と他の 5 つの相同遺伝子種の比較を示しており、ヒト CCDC42B の二次構造が主にα ヘリックスで構成されていることを裏付けています。

^{CBLAST [20]}によれば、CCDC42Bタンパク質配列は2I1K_A（Chain A、Spodoptera Frugiperda由来のMoesinが3.0オングストロームの解像度でコイルドコイルドメインを明らかにする）とアラインメントされ、E値1.00e-03が得られました。CCDC42Bの164〜243 AAと2I1K_Aの302〜381 AAのアラインメントされた配列は、80アミノ酸残基で両方の配列間で22％の同一性をもたらしました。構造は、2I1K_AとCCDC42Bのアラインメントされた配列のみを示しています。予測構造（青：類似しない残基、赤：保存された残基、灰色：2I1K_AとアラインされていないCCDC42B残基）。

ヒトタンパク質アトラス^[21]の結果、正常なヒト組織でCCDC42Bが発現していることが判明した。ヒト正常組織におけるCCDC42B遺伝子の発現レベルは、Expressed Sequence Tag（EST）技術を用いて解析した78の組織のうち17の組織で高～中程度のレベルで検出された。CCDC42B遺伝子は組織内での発現が狭い。この遺伝子は呼吸上皮と卵管で高く発現し、腸と肝臓で中程度の発現を示し、その他の正常組織では低～全く発現していない。さらに、マイクロアレイおよび免疫組織化学（IHC）発現では、唾液腺、胃、皮膚、骨髄、肺で低レベルのCCDC42B mRNA発現が検出されている。42Bを含むコイルドコイルドメインは癌に関与しており、CCDC42B遺伝子は腫瘍細胞で低～中程度のレベルで発現している。

Genomatixによると、^[22]プロモーター領域は859塩基対から成り、CCDC42B遺伝子の上流113,586,906から113,587,764の領域にある12番染色体のプラス鎖に位置している。プロモーター領域には、CCDC42Bの発現を制御する転写結合因子の部位が含まれていると予測された。添付の画像は、ヒトCCDC42Bのプロモーター領域における重要な転写結合因子を示している。

CCDC42B遺伝子は限られた組織でのみ発現している。この遺伝子は呼吸上皮と卵管で高い発現を示し、腸と肝臓では中程度の発現を示し、その他の正常組織では発現が低いか全くない。42Bを含むコイルドコイルドメインは、いくつかの種類の癌に関与している。CCDC42B遺伝子は腫瘍細胞で低レベルから中程度のレベルで発現している。^{[21] [23] [24]}

2014 年現在、CCDC42B遺伝子/タンパク質はホモサピエンスでは機能が不明です。ただし、ヒト CCDC42B は鞭毛の組み立てと運動に関与していると予測されています。

^{STRING [25]} 、 MINT ^[26]、IntAct ^[27]によると、ヒトCCDC42Bは他のタンパク質と直接相互作用を示さなかった。GeneMania ^[28]を検索すると、図に示すように他のタンパク質との共発現によって他の相互作用が特定されている。CCDC42Bは、他のコイルドコイルドメインを含むタンパク質（CCDC78およびCCDC153）と共発現することが判明した。ヒトCCDC42Bは精巣で低レベルで発現しているため、ヒトはSPATC1（精子形成および中心小体関連1）と相互作用すると予測される。

ヒトCCDC42Bは染色体12（12q24.13）に位置し、骨格変形、軟骨形成不全症、軟骨無形成症、および骨異形成症に関連しています。OMIM ^[29]検索によると、染色体12（12q24.1）はPTPN11遺伝子産物SH-PTP2のヘテロ接合性変異によって引き起こされ、主に顔面発達障害と心臓欠陥を引き起こすヌーナン症候群1に関連しています。

2 つの SNP (Y8、Q280) は、多くの相同遺伝子種で高度に保存されています。そのため、これらの残基はタンパク質の機能を変化させ、ヒトだけでなく、疾患を引き起こす可能性があります。

主要な予測ドメイン、転写後修飾部位、構造形態は概念翻訳に示されている。