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| コンテンツ | |
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| 説明 | 炭水化物活性酵素データベース |
| 接触 | |
| 研究センター | AFMB、フランス国立科学研究センター |
| 研究室 | グリコゲノミクスグループ |
| 主な引用 | ロンバードら（2014）[1] |
| アクセス | |
| Webサイト | http://www.cazy.org/ |
| ツール | |
| ウェブ | http://research.ahv.dk/cazy
http://mothra.ornl.gov/cgi-bin/cat/cat.cgi http://csbl.bmb.uga.edu/dbCAN/ |
CAZy は炭水化物活性酵素 (CAZymes) のデータベースです。[1] [2] このデータベースには、複合炭水化物 (二糖類、オリゴ糖類、多糖類、複合糖質)の合成、代謝、認識に関与する酵素の分類と関連情報が含まれています。データベースには、グリコシド加水分解酵素のファミリー、[3]グリコシルトランスフェラーゼ、[4] 多糖類リアーゼ、[5]炭水化物エステラーゼ、[6]および非触媒炭水化物結合モジュールが含まれています。[7] CAZy データベースには、リグノセルロースの分解に関与する補助活性酸化還元酵素 の分類も含まれています。[8]
CAZyは、1999年に設立され、タンパク質配列に基づくCAZymesファミリー分類[1]へのオンラインでの継続的な更新アクセスを提供しています。これは、もともと1990年代初頭にグリコシド加水分解酵素を分類するために開発されました。 [9]新しいエントリは、 GenBankの毎日のリリースに表示された後すぐに追加されます。ハイスループットDNAシーケンシングの急速な進化により、CAZyデータベース[1] [2] [9]は指数関数的に成長し続けており、現在では数十万の配列をカバーしています。[10] CAZyは、フランス国立科学研究センターとエクス・マルセイユ大学に所属する研究センターであるAFMBのグリコゲノミクスグループによって引き続きキュレーションおよび開発されています。[11] [12]
CAZyデータベースは、2007年に研究コミュニティ主導のウィキベースのCAZymes百科事典として立ち上げられたCAZypediaと連携しています。 [13]
分類
CAZy は、ベルナール・ヘンリサットによって導入された分類法を使用して、進化的に関連するグリコシル加水分解酵素のファミリーを識別します。[3] [9] [14]これらのファミリーには識別番号が与えられており、たとえばグリコシル加水分解酵素ファミリー 1には、 TIM バレルフォールドを持つ酵素が含まれます。これらのファミリーは、構造上の類似性を共有する 14 の異なる氏族にクラスター化されています。CAZy には、94 のグリコシルトランスフェラーゼ酵素ファミリー、[4] 22 の多糖類溶解酵素ファミリー[5]および 16 の炭水化物エステラーゼファミリーが含まれます。
参考文献
- ^ abcd Lombard, V.; Golaconda Ramulu, H.; Drula, E.; Coutinho, PM; Henrissat, B. (2014). 「2013 年の炭水化物活性酵素データベース (CAZy)」。Nucleic Acids Research . 42 (D1): D490–D495. doi :10.1093/nar/gkt1178. PMC 3965031 . PMID 24270786.
- ^ ab Cantarel BL、Coutinho PM、Rancurel C、Bernard T、Lombard V、Henrissat B (2009 年 1 月)。「炭水化物活性酵素データベース (CAZy): グリコゲノミクスの専門リソース」。Nucleic Acids Res . 37 (データベース 号): D233–8。doi :10.1093/nar/gkn663。PMC 2686590。PMID 18838391。
- ^ ab Henrissat, B.; Davies, G. (1997). 「グリコシド加水分解酵素の構造および配列に基づく分類」Current Opinion in Structural Biology . 7 (5): 637–644. doi :10.1016/S0959-440X(97)80072-3. PMID 9345621.
- ^ ab Coutinho, PM; Deleury, E.; Davies, GJ; Henrissat, B. (2003). 「グリコシルトランスフェラーゼの進化する階層的ファミリー分類」. Journal of Molecular Biology . 328 (2): 307–317. doi :10.1016/S0022-2836(03)00307-3. PMID 12691742.
- ^ ab Lombard, V.; Bernard, T.; Rancurel, C.; Brumer, H.; Coutinho, PM; Henrissat, B. (2010). 「グリコーゲノミクスのための多糖類リアーゼの階層的分類」.生化学ジャーナル. 432 (3): 437–444. doi : 10.1042/BJ20101185 . PMID 20925655.
- ^ Nakamura, Aline M.; Nascimento, Alessandro S.; Polikarpov, Igor (2017). 「炭水化物エステラーゼの構造多様性」.バイオテクノロジー研究とイノベーション. 1 (1): 35–51. doi : 10.1016/j.biori.2017.02.001 .
- ^ アルメンタ、シルビア;モレノ・メンディエタ、シルビア。サンチェス・クアピオ、ザイラ;サンチェス、セルヒオ。ロドリゲス＝サノハ、ロミナ（2017）。 「炭水化物結合モジュールの分子工学の進歩」。タンパク質。85 (9): 1602–1617。土井：10.1002/prot.25327。PMID 28547780。S2CID 26493197 。
- ^ Levasseur A、Drula E、Lombard V、Coutinho PM 、 Henrissat B (2013 年 3 月)。「補助酸化還元酵素を 統合するための CAZy データベースの酵素レパートリーの拡張」。Biotechnol Biofuels。6 ( 1): 41。doi : 10.1186 /1754-6834-6-41。PMC 3620520。PMID 23514094。
- ^ abc Davies GJ、 Sinnott ML (2008)。「多様性の分類：炭水化物活性酵素の配列に基づく分類」（PDF）。The Biochemist。30（4）：26–32。doi ：10.1042 / BIO03004026。
- ^ 現在の統計は、グリコシドヒドロラーゼ、グリコシルトランスフェラーゼ、多糖類リアーゼ、炭水化物エステラーゼ、補助活性、および炭水化物結合モジュールの各セクション ページで確認できます。
- ^ 「About」. CAZy.org . 2014年9月3日閲覧。
- ^ 「AFMB UMR 7257 - UMR7257 : CNRS - AIX MARSEILLE UNIV」。www.afmb.univ-mrs.fr 。 2014年9月3日閲覧。
- ^ CAZypediaコンソーシアム（ 2018年）。「CAZypediaの10年：炭水化物活性酵素の生きた百科事典」。糖鎖生物学。28 （ 1）：3–8。doi ：10.1093/glycob/cwx089。hdl：21.11116 /0000-0003-B7EB- 6。PMID 29040563。
- ^ Henrissat, B. (1991). 「アミノ酸配列の類似性に基づくグリコシル加水分解酵素の分類」. The Biochemical Journal . 280 (Pt 2): 309–316. doi :10.1042/bj2800309. PMC 1130547. PMID 1747104.
外部リンク
- 「CAZy - 糖質活性酵素データベース」。建築と高分子生物学の機能、CNRS、プロヴァンス大学、地中海大学。
- 「CAZypedia」。炭水化物活性酵素の百科事典。