小さな核小体RNA U3

ユー3
ユー3
	後生動物 U3 RNA の二次構造と配列の保存
識別子
シンボル	ユー3
代替記号	RNU3P2、
Rfam	RF00012
NCBI遺伝子	26844
HGNC	10176
オミム	180710
その他のデータ
RNAタイプ	スノーRNA
ドメイン	真核生物;
PDB構造	PDBe

分子生物学では、U3 snoRNA は主に核小体に存在する非コード RNAです。U3 にはC/D ボックスモチーフがあり、技術的には snoRNAのボックス C/D クラスのメンバーになりますが、他の C/D ボックス snoRNA とは異なり、他の RNA の 2'- O-メチル化を誘導することは示されていません。むしろ、U3 は、プレ rRNA 処理中にリボソーム RNA (rRNA)の部位特異的切断を誘導すると考えられています。 ^[1]

ボックス C/D 要素は、すべての U3 snoRNA に見られる 6 つの短い配列要素、つまりボックス A、A'、B、C、C'、および D のサブセットです。^[2] U3 snoRNA の二次構造は、小さな5'ドメイン (ボックス A と A') と、より大きな3'ドメイン (ボックス B、C、C'、および D) を特徴とし、2 つのドメインは一本鎖ヒンジで連結されています。ボックス B と C は、U3 snoRNA に特有の B/C モチーフを形成し、ボックス C' と D は C'/D モチーフを形成します。後者は、他の snoRNA に見られる C/D モチーフと機能的に類似しています。5' ドメインとヒンジ領域は、プレ rRNA 結合ドメインとして機能します。3' ドメインには、保存されたタンパク質結合部位があります。ボックス B/C モチーフとボックス C'/D モチーフはどちらも、U3 snoRNA の核保持に十分です。ボックスC'/Dモチーフは、U3 snoRNAの核小体局在、安定性、および高メチル化にも必要です。^{[3]ボックスB/CとC'/Dモチーフは両方とも特定の}タンパク質相互作用に関与しており、U3 snoRNAのrRNA処理機能に必要です。

種特異的二次構造モデル

精製されたsnoRNP中のU3A RNAの化学マッピングによって決定されたS. cerevisiaeの^{二次構造は入手可能である。 [4]}ヒトの構造モデルも提案されている。^[5]酵母やヒトと同様に、原生動物の原生生物Entamoeba histolytica（原始的真核生物）は、U3 snoRNAの同じ保存された二次構造を採用した。^[6]後生動物、真菌、植物、および基底真核生物に特有の4つのコンセンサス構造が提案されている。^[7]

参照

参考文献

^ Cléry, A.; Senty-Ségault, V.; Leclerc, F.; Raué, A.; Branlant, C. (2007 年 2 月)。「U3 小型核小体 RNA の B/C モチーフを Snu13p-Rrp9p タンパク質ペアの認識部位として特定する配列および構造的特徴の分析」。分子細胞生物学。27 (4): 1191–1206。doi : 10.1128 /MCB.01287-06。ISSN 0270-7306。PMC 1800722。PMID 17145781。
^ Zwieb, C (1997). 「uRNAデータベース」. Nucleic Acids Res . 25 (1): 102–103. doi : 10.1093/nar/25.1.102. PMC 146409. PMID 9016512.
^ Speckmann, W; Narayanan A; Terns R; Terns MP (1999). 「U3 小型核小体 RNA の核保持要素」Mol Cell Biol . 19 (12): 8412–8421. doi :10.1128/MCB.19.12.8412. PMC 84939. PMID 10567566 .
^ Méreau A、Fournier R、Grégoire A、他 (1997 年 10 月)。「Saccharomyces cerevisiae U3A snoRNP の in vivo および in vitro 構造機能解析: タンパク質-RNA 接触およびプレリボソーム RNA との塩基対相互作用」。J. Mol. Biol . 273 (3): 552–71. doi :10.1006/jmbi.1997.1320. PMID 9356246。
^ Granneman S、Vogelzangs J、Lührmann R、van Venrooij WJ、Pruijn GJ、Watkins NJ (2004 年 10 月)。「U3 snoRNP の核小体下局在における pre-rRNA 塩基対形成と 80S 複合体形成の役割」。Mol . Cell. Biol . 24 (19): 8600–10. doi :10.1128/MCB.24.19.8600-8610.2004. PMC 516741. PMID 15367679 。
^ Srivastava A、Ahamad J、Ray AK、Kaur D、Bhattacharya A、Bhattacharya S (2014)。寄生性原生生物 Entamoeba histolytica における U3 snoRNA および小サブユニットプロセソーム成分の解析。Mol Biochem Parasitol。193(2):82-92。doi: 10.1016/j.molbiopara.2014.03.001。Epub 2014 年 3 月 12 日
^ Marz M, Stadler PF (2009). 「真核生物U3 snoRNAの比較分析」. RNA Biol . 6 (5): 503–7. CiteSeerX 10.1.1.380.4189 . doi :10.4161/rna.6.5.9607. PMID 19875933. S2CID 13055120.

外部リンク

Rfamの Small nucleolar RNA U3 のページ
uRNADB: U3 ページ (アーカイブ)
UMASS snoRNAdb の U3 エントリ
U3aのSGDエントリー
U3のヒトsnoRNAbaseエントリ

[CléryEtAl2007-1] Cléry, A.; Senty-Ségault, V.; Leclerc, F.; Raué, A.; Branlant, C. (2007 年 2 月)。「U3 小型核小体 RNA の B/C モチーフを Snu13p-Rrp9p タンパク質ペアの認識部位として特定する配列および構造的特徴の分析」。分子細胞生物学。27 (4): 1191–1206。doi : 10.1128 /MCB.01287-06。ISSN 0270-7306。PMC 1800722。PMID 17145781。

[2] Zwieb, C (1997). 「uRNAデータベース」. Nucleic Acids Res . 25 (1): 102–103. doi : 10.1093/nar/25.1.102. PMC 146409. PMID 9016512.

[3] Speckmann, W; Narayanan A; Terns R; Terns MP (1999). 「U3 小型核小体 RNA の核保持要素」Mol Cell Biol . 19 (12): 8412–8421. doi :10.1128/MCB.19.12.8412. PMC 84939. PMID 10567566 .

[pmid9356246-4] Méreau A、Fournier R、Grégoire A、他 (1997 年 10 月)。「Saccharomyces cerevisiae U3A snoRNP の in vivo および in vitro 構造機能解析: タンパク質-RNA 接触およびプレリボソーム RNA との塩基対相互作用」。J. Mol. Biol . 273 (3): 552–71. doi :10.1006/jmbi.1997.1320. PMID 9356246。

[pmid15367679-5] Granneman S、Vogelzangs J、Lührmann R、van Venrooij WJ、Pruijn GJ、Watkins NJ (2004 年 10 月)。「U3 snoRNP の核小体下局在における pre-rRNA 塩基対形成と 80S 複合体形成の役割」。Mol . Cell. Biol . 24 (19): 8600–10. doi :10.1128/MCB.24.19.8600-8610.2004. PMC 516741. PMID 15367679 。

[6] Srivastava A、Ahamad J、Ray AK、Kaur D、Bhattacharya A、Bhattacharya S (2014)。寄生性原生生物 Entamoeba histolytica における U3 snoRNA および小サブユニットプロセソーム成分の解析。Mol Biochem Parasitol。193(2):82-92。doi: 10.1016/j.molbiopara.2014.03.001。Epub 2014 年 3 月 12 日

[pmid19875933-7] Marz M, Stadler PF (2009). 「真核生物U3 snoRNAの比較分析」. RNA Biol . 6 (5): 503–7. CiteSeerX 10.1.1.380.4189 . doi :10.4161/rna.6.5.9607. PMID 19875933. S2CID 13055120.