
北バージニア軍第2軍団は、南北戦争の大部分において、南軍北バージニア 軍内の軍事組織であった。 1862年のシャープスバーグの戦いの後、正式に創設され命名されたが、それ以前から軍団組織内の部隊で構成されていた。第2軍団は、初期の著名な指揮官トーマス・J・“ストーンウォール”・ジャクソンの下で、激しい戦闘で名声を確立した。
第二軍団を構成する部隊は、当初はグスタバス・W・スミス少将の指揮下にあるポトマック軍第二軍団として知られていた。この部隊は第二師団としても知られており、最終的にはロバート・E・リー将軍の北バージニア軍に、 DH・ヒル少将の師団の予備部隊として編入された。リーは半島での北軍のジョージ・B・マクレラン少将との戦闘を終えた後、軍を再編成することができ、ジャクソン中将の指揮下にあるこの軍団と、ジェームズ・ロングストリート中将の指揮下にある姉妹軍団を創設した。リーの再編成は、七日間作戦中の師団長の業績評価に基づいていた。

ジャクソン将軍は、1862年7月13日の七日間作戦の終結から、 1863年5月のチャンセラーズビルの戦いで戦死するまで、後に第二軍団となる部隊を指揮した。ジャクソンの正式な中将への昇進は1862年10月10日に行われ、「ジャクソン軍団」は11月6日頃から第二軍団という名称で呼ばれるようになった。ジャクソンは同時に北バージニア方面軍の「バレー地区」を指揮し、リー将軍が主力軍にすぐ近くにいる必要がないときは、バージニア州ウィンチェスター近郊で軍団を運営し、シェナンドー渓谷下流を警備した。ジャクソンはフレデリックスバーグの戦いと、それに続くラッパハノック川沿いの一連の戦闘で軍団を指揮した。同軍団の最大の功績は、チャンセラーズビルの戦いにおいて、ジャクソンが率いた有名な左翼包囲攻撃によって、ジョセフ・フッカー少将率いる北軍ポトマック軍の大部分が壊滅した時であった。しかし、その後のジャクソンの喪失はリーと北バージニア軍にとって壊滅的な打撃となり、リーが軍団指揮の細部に自ら目を向けることなく軍を指揮できるようになった転換点とみなされている。
1863年5月2日から5月30日まで、第2軍団は一時的にA.P.ヒル少将の指揮下にあったが、5月2日にはJ.E.B.スチュアート少将の指揮下に入り、致命傷を負ったジャクソン将軍の決定的な損失が発生した。

チャンセラーズビルの戦い後の掃討作戦と暫定指揮を経て、リー将軍は第2軍団をリチャード・S・ユーウェル中将に正式に任命した。ユーウェルは第二次マナサスの戦いで足を切断したばかりで、最近回復したばかりだった。ユーウェルは師団を指揮し、ジャクソンの下で働いており、この組織に馴染み深い人物だった。ジャクソンは亡くなる前にリーにユーウェルを指揮官として推薦していた。しかし、ユーウェルが指揮を執ったとき、第2軍団の規模は縮小された。リー将軍はAPヒル指揮下の第3軍団の創設を好んだからである。ユーウェルは第2軍団を率いてゲティスバーグ作戦を戦い、第二次ウィンチェスターの戦いで北軍第8軍団を壊滅させ、ロバート・H・ミルロイ少将の部隊を壊滅させた。ユーウェルは1864年の最初の作戦であるウィルダネスの戦いとスポッツィルバニアの戦いでも軍団を指揮し続けた。しかし、軍団司令官としてのユーウェルの能力は衰え、リーは1864年5月29日にユーウェルをリッチモンド方面軍に異動させる必要があると判断した。

ユーウェルの異動に伴い、ジュバル・A・アーリー中将が指揮を引き継ぎ、豊富な経験をもたらした。彼はすでに、ウィルダネスの戦いでユーウェルとヒルが戦線離脱した際に、第2軍団と第3軍団の両方を一時的に指揮していた。アーリーは師団長としての経験が豊富で、ジャクソン将軍とユーウェル将軍の下で勤務した経験があった。そのため、リーは1864年6月、ユリシーズ・S・グラント将軍がリーの戦線を圧迫するのを阻止するため、第2軍団を再び北軍に投入することを決定した。アーリーは、技術的にはシェナンドー渓谷の分離軍として、第2軍団を率いてシェナンドー渓谷を(北へ)進み、モノカシーの戦いの後、ワシントンDC郊外のフォート・スティーブンスにたどり着き、その途中でボルチモア・アンド・オハイオ鉄道とメリーランド州およびペンシルベニア州の田園地帯を襲撃した。しかし侵攻は短命に終わった。北軍はフィリップ・シェリダン少将の指揮下で反撃作戦を展開し、圧倒的な北軍の兵力でアーリーをバージニア州へと押し戻した。シェリダンはアーリーをシェナンドー渓谷へと南下させながら戦い、有名な「渓谷の焼き討ち」を開始した。これは作物、家畜、農場、納屋、家屋を破壊し、行く手にあるものすべてを破壊した。アーリーの渓谷軍(その大部分は第2軍団から来ていた)は、ウィンチェスター、フィッシャーズ・ヒル、シダー・クリークの戦いで大きな損害を被った。11月と12月には、アーリーの軍の大部分がリッチモンドへ戻るよう命じられ、まず11月にカーショー師団が、続いて12月に第2軍団の3個師団が戻った。[ 1 ]

こうして第2軍団は北バージニア軍の主力部隊に合流し、 1864年12月20日、ジョン・B・ゴードン少将が指揮官に任命された。ゴードンは、リー将軍の兵力減少した軍の「左翼」であるこの軍団を、1865年4月9日にバージニア州アポマトックス・コートハウスで降伏するまで指揮した。ゴードンが指揮を執っていた間に行われた重要な戦闘の一つは、フォート・ステッドマンの戦いである。この戦いは軍団による奇襲攻撃で始まり、北軍の予備部隊に撃退されるまで一定の成功を収めた。ゴードンの部隊は、アポマトックス・コートハウス近郊での最後の戦闘でも軍の先頭に立っていた。ゴードンと第2軍団は、南軍歩兵の降伏パレードを先導した。