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サイトの種類 | 科学的サポート |
|---|---|
| 利用可能 | 英語 |
| メールアドレス | cyverse.org |
| コマーシャル | いいえ |
| 発売 | 2008 |
iPlant Collaborative は、2017年にCyverseに改名され、米国国立科学財団（NSF）が資金提供した協力協定によって設立された仮想組織で、植物科学（植物学）のためのサイバーインフラストラクチャを構築しています。[1] NSFはサイバーインフラストラクチャを物理インフラストラクチャに例え、「…分散型コンピューター、情報通信技術と人員および統合コンポーネントを組み合わせたもので、現代の科学研究の取り組みを強化するための長期的なプラットフォームを提供します」と述べています。[2] 2013年9月、国立科学財団がiPlantへの資金提供を2回目の5年間に更新し、範囲をすべての非ヒト生命科学研究に拡大したことが発表されました。[3]
このプロジェクトは、 TeraGridなどのコンピューティング リソースとバイオインフォマティクスおよび計算生物学ソフトウェアを組み合わせたコンピューティング システムとソフトウェアを開発します。その目標は、データ アクセスと処理効率を改善し、研究者間のコラボレーションを容易にすることです。主に米国を拠点として、国際的にコラボレーションを行っています。
歴史
生物学はますますコンピュータに依存するようになっています。[4]植物生物学は新しい技術の台頭とともに変化しています。[5]バイオインフォマティクス、計算生物学、DNA配列決定、地理情報システムなどの出現により、コンピュータは、医学、バイオ燃料、生物多様性、農業、干ばつ耐性、植物育種、持続可能な農業などの課題に対する解決策を探している植物の研究者を大いに支援することができます。[6]これらの問題の多くは従来の分野を横断しており、多様な背景と専門分野を持つ植物科学者間のコラボレーションを促進することが必要です。[6] [7] [8]
2006年、NSFは「植物科学のためのサイバーインフラストラクチャ共同体という新しいタイプの組織」を創設するための提案を募集し、プログラムディレクターにクリストファー・グリアを据えて「植物科学サイバーインフラストラクチャ共同体」(PSCIC)と題したプログラムを立ち上げた。[9]提案は受け入れられ(「共同体」という単語を名詞として使用する慣例を採用)、iPlantは2008年2月1日に正式に設立された。[1] [9] 資金は5年間で年間1000万ドルと見積もられた。[10]
リチャード・ジョーゲンセンは提案段階を通じてチームを率い、 2008年から2009年まで主任研究者（PI）を務めた。 [10]グレゴリー・アンドリュース、ヴィッキー・チャンドラー、スダ・ラム、リンカーン・スタインは2008年から2009年まで共同主任研究者（Co-PI）を務めた。2009年後半にスティーブン・ゴフがPIに指名され、ダニエル・スタンツィオーネがCo-PIに加わった。[1] [11] [12] 2014年5月現在、Co-PIのスタンツィオーネに代わり、コールド・スプリング・ハーバーのドリーン・ウェア、アリゾナ大学のニラヴ・マーチャントとエリック・ライオンズ、テキサス先端コンピューティングセンターのマシュー・ヴォーンの4人の新しいCo-PIが就任した。[13]
iPlantプロジェクトは、国立生態分析合成センター（NCEAS）、ELIXIR、[14] 、2010年9月に開始された竹技術プロジェクトなどの取り組みで研究コミュニティによって採用されている情報システム技術の使用である、いわゆるe-Scienceをサポートしています。 [15] [16] iPlantは、「研究コミュニティの計算ニーズをサポートし、植物生物学の主要な問題の解決に向けた進歩を促進するための基盤を構築するように設計されています。」[6] [17]
このプロジェクトは共同作業として機能し、より広範な植物科学コミュニティから何を構築するかについての意見を求めています。[18] その意見に基づいて、大規模なデータセットをより簡単に使用できるようになり、[19]研究分野内および研究分野間で既存のデータコレクションを共有するためのコミュニティ主導の研究環境が作成され、[20]来歴を追跡しながらデータを共有しています。[21] [22] 共同作業のために研究されたモデルの1つはWikipediaでした。[23] [24]
最近のいくつかの国立科学財団の賞では、受賞者が従うべき設計パターン、または受賞者が共同作業を行う協力者として、iPlantが賞の説明の中で明示的に言及されています。[25]
機関
iPlantプロジェクトの主たる機関は、ツーソンのBIO5研究所内にあるアリゾナ大学です。[26] 2008年の開始以来、コールドスプリングハーバー研究所、ノースカロライナ大学ウィルミントン校、テキサス大学オースティン校テキサス先端コンピューティングセンターなどの他の機関で人員が働いていました。[27]パデュー大学とアリゾナ州立大学は、当初のプロジェクトグループの一部でした。[10]
2009年3月に始まった 系統学のグランドチャレンジの取り組みでiPlantから支援を受けた他の協力機関には、イェール大学、フロリダ大学、ペンシルベニア大学などがある。[27] 形質進化グループはテネシー大学で主導された。[28] iPlantを採用した視覚化ワークショップは2011年にバージニア工科大学 で開催されました。[29]
NSFは資金提供の下請け契約は米国内にとどまることを義務付けているが、2009年にミュンヘン工科大学[27]、2010年にトロント大学[ 29]との国際協力が開始された。 [30] イーストメイン評価＆コンサルティングは外部からの監視、助言、支援を行っている。[31]
サービス
iPlantプロジェクトは、サイバーインフラストラクチャをさまざまな方法で利用できるようにし、主要なユーザーがアクセスできるようにするためのサービスを提供しています。この設計は、サービスを提供する研究コミュニティのニーズに応じて成長することを目的としていました。[6]
発見環境
Discovery Environment は、コミュニティが推奨するソフトウェア ツールをシステムに統合し、高性能スーパーコンピュータを使用してテラバイト単位のデータを処理し、これらのタスクをはるかに高速に実行します。この環境には、これを行うために必要な複雑さをエンド ユーザーから隠すように設計されたインターフェイスがあります。目標は、コマンドライン インターフェイスの使用に慣れていない非技術者エンド ユーザーがサイバー インフラストラクチャを利用できるようにすることでした。[6] [32]
iPlant 基本 API
開発者向けのアプリケーションプログラミングインターフェース（API）のセットにより、認証、データ管理、高性能スーパーコンピューティングリソースなどのiPlantサービスに、ローカルで作成されたカスタムソフトウェアからアクセスできるようになります。[6] [33]
雰囲気
Atmosphereは、事前に設定された頻繁に使用される分析ルーチン、関連アルゴリズム、データセットに簡単にアクセスでき、計算集約型およびデータ集約型のバイオインフォマティクスタスクに対応するクラウドコンピューティングプラットフォームです。 [6] Eucalyptus仮想化プラットフォーム を使用しています。[34] [35]
iPlant セマンティック ウェブ
iPlantセマンティックウェブの取り組みでは、植物科学に焦点を当てたオントロジーを使用したセマンティックウェブリンクに、iPlantが作成したシンプルセマンティックウェブアーキテクチャとプロトコル（ SSWAP ）と呼ばれるアーキテクチャ、プロトコル、プラットフォームを使用しています。[6] [36] [37] SSWAPは、 Webオントロジー言語（OWL）に基づくオントロジーを備えたRESTfulウェブサービスの概念に基づいています。[38] [39]
分類名解決サービス
分類名解決サービス（TNRS）は、植物名を修正し標準化するための無料ユーティリティです。植物名がスペルミス、古い（新しい同義語が好まれるため）、不完全な場合、コンピュータで大規模なリストを処理することが困難になるため、このサービスが必要です。[6] [40] [41]
マイプラント
My-Plant.orgは、植物生物学者、教育者などが集まり、情報や研究を共有し、協力し、植物科学の最新の動向を追跡するためのソーシャルネットワーキングコミュニティです。 [6] [42] My-Plantネットワークは、植物自体の系統学と同様の方法で、クレード という用語を使用してユーザーをグループ化します。[42]これは、コンテンツ管理システムとしてDrupalを 使用して実装されました。[42]
DNA地下鉄
DNA Subwayウェブサイトは、グラフィカルユーザーインターフェイス（GUI）を使用してDNA配列注釈を生成し、植物ゲノム中の遺伝子およびトランスポゾンファミリーのメンバーを探索し、系統解析を実施します。注釈と比較ゲノムのワークフローを簡素化することで、教員や学生が高度なDNA分析を利用できるようにします。[6] [43]これは、 Dolan DNA Learning Center によってiPlant用に開発されました。[44] [45]
参考文献
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外部リンク
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