ラベップ1

ラベップ1
利用可能な構造
ＰＤＢ	オルソログ検索: PDBe RCSB
PDB IDコードのリスト
	1P4U、1TU3、1X79、4N3Y、4N3Z、4Q9U
識別子
エイリアス	RABEP1、RAB5EP、RABPT5、ラバプチン、RAB GTPase 結合エフェクタータンパク質 1
外部ID	オミム：603616; MGI : 1860236;ホモロジーン: 3451;ジーンカード：RABEP1; OMA :RABEP1 - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト）
クロ。	染色体17（ヒト）
終わり	5,386,340 bp
遺伝子の位置（マウス）
クロ。	11番染色体（マウス）
終わり	70,833,931 bp
RNA発現パターン
	トップの表現
	腹直筋の骨格筋組織; ; アキレス腱; ; 上腕二頭筋; ; 腓骨神経; ; 中心後回; ; 内淡蒼球; ; C1セグメント; ; 上腕二頭筋の骨格筋組織; ; 腓腹筋; ; 中側頭回;
	トップの表現
	海馬歯状回顆粒細胞; ; 胎児の尾; ; 黒質; ; バレル皮質; ; 副腎; ; 性器結節; ; 上前頭回; ; 坐骨神経; ; 海馬のI領域; ; 一次視覚野;
	参照表現データの詳細
	; ;
	参照表現データの詳細
遺伝子オントロジー
分子機能	成長因子活性; タンパク質ホモ二量体化活性; タンパク質結合; GTPase活性化活性; タンパク質ドメイン特異的結合;
細胞成分	細胞内膜で囲まれた細胞小器官; 細胞質小胞; エンドサイトーシス小胞; 細胞質; リサイクルエンドソーム; エンドソーム; 初期エンドソーム; 初期エンドソーム膜; タンパク質含有複合体;
生物学的プロセス	膜融合; アポトーシスの過程; タンパク質輸送; GTPase活性の正の調節; 小胞輸送; エンドサイトーシス; シグナル伝達受容体の活性の調節; ゴルジ体から細胞膜への輸送; 繊毛膜へのタンパク質の局在; シグナル伝達;
	出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
	9135
	54189
	ENSG00000029725
	ENSMUSG00000020817
	Q15276
	O35551
	NM_001083585 ; NM_001291581 ; NM_001291582 ; NM_004703
	NM_001291141 ; NM_001291142 ; NM_001291143 ; NM_019400
	NP_001077054 ; NP_001278510 ; NP_001278511 ; NP_004694
	NP_001278070 ; NP_001278071 ; NP_001278072 ; NP_062273
	ウィキデータ
人間の表示/編集	マウスの表示/編集

Rab GTPase結合エフェクタータンパク質1は、ヒトではRABEP1遺伝子によってコードされる酵素である。^[5]^[6]これはラバプチンタンパク質ファミリーに属する。

インタラクション

RABEP1 は以下と相互作用することが示されています:

AP1G1、^[7]^[8]
GGA1 , ^[7]
GGA2 , ^[7]
RAB4A、^[9] および
RAB5A . ^[5]^[9]^[10]^[11]

参考文献

^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000029725 – Ensembl、2017 年 5 月
^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000020817 – Ensembl、2017 年 5 月
^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ ab Stenmark H, Vitale G, Ullrich O, Zerial M (1995年11月). 「ラバプチン-5はエンドサイトーシス膜融合における小型GTPase Rab5の直接的なエフェクターである」. Cell . 83 (3): 423–32. doi : 10.1016/0092-8674(95)90120-5 . PMID 8521472.
^ 「Entrez Gene: RABEP1 ラバプチン、RAB GTPase 結合エフェクタータンパク質 1」。
^ abc Mattera R、Arighi CN、 Lodge R、Zerial M、Bonifacino JS (2003 年 1 月)。「GGA と Rabaptin-5-Rabex-5 複合体との二価相互作用」。EMBO ジャーナル。22 ( 1 ) : 78–88。doi :10.1093/emboj/cdg015。PMC 140067。PMID 12505986。
^ Nogi T, Shiba Y, Kawasaki M, Shiba T, Matsugaki N, Igarashi N, Suzuki M, Kato R, Takatsu H, Nakayama K, Wakatsuki S (2002年7月). 「γ-アダプチン耳ドメインによる補助タンパク質リクルートメントの構造的基礎」. Nature Structural Biology . 9 (7): 527–31. doi :10.1038/nsb808. PMID 12042876. S2CID 42630285.
^ ab Vitale G、Rybin V、Christoforidis S、Thornqvist P、McCaffrey M、Stenmark H、Zerial M (1998 年 4 月)。「異なる Rab 結合ドメインが Rabaptin-5 と GTP 結合 Rab4 および Rab5 の相互作用を仲介する」。The EMBO Journal。17 ( 7 ): 1941–51。doi : 10.1093 / emboj/17.7.1941。PMC 1170540。PMID 9524117 。
^ Xiao GH、Shoarinejad F、Jin F、Golemis EA、Yeung RS (1997 年 3 月)。「結節性硬化症 2 遺伝子産物である tuberin は、エンドサイトーシスの調節において Rab5 GTPase 活性化タンパク質 (GAP) として機能する」。The Journal of Biological Chemistry。272 ( 10): 6097–100。doi : 10.1074 /jbc.272.10.6097。hdl : 20.500.12613 /9244。PMID 9045618 。
^ Valsdottir R、Hashimoto H、Ashman K、Koda T、Storrie B、Nilsson T (2001 年 11 月)。「ゴルジ体と ER 間の逆行性輸送の調節因子である rab33b の推定エフェクターとしての rabaptin-5、rabex-5、および GM130 の特定」。FEBS Letters。508 ( 2 ) : 201–9。doi: 10.1016 / s0014-5793(01)02993-3。PMID 11718716。S2CID 21545088 。

さらに読む

Xiao GH、Shoarinejad F、Jin F、Golemis EA、Yeung RS (1997 年 3 月)。「結節性硬化症 2 遺伝子産物である tuberin は、エンドサイトーシスの調節において Rab5 GTPase 活性化タンパク質 (GAP) として機能する」。The Journal of Biological Chemistry。272 ( 10 ): 6097–100。doi : 10.1074 /jbc.272.10.6097。hdl : 20.500.12613 /9244。PMID 9045618 。
Vitale G、Rybin V、Christoforidis S、Thornqvist P、McCaffrey M、Stenmark H、Zerial M (1998 年 4 月)。「異なる Rab 結合ドメインが Rabaptin-5 と GTP 結合 Rab4 および Rab5 の相互作用を仲介する」。The EMBO Journal。17 ( 7 ) : 1941–51。doi : 10.1093/emboj/17.7.1941。PMC 1170540。PMID 9524117 。
Neve RL、Coopersmith R、McPhie DL、Santeufemio C、Pratt KG、Murphy CJ、Lynn SD (1998 年 10 月)。「神経成長関連タンパク質 GAP-43 はラバプチン-5 と相互作用し、エンドサイトーシスに関与する」。The Journal of Neuroscience。18 ( 19 ): 7757–67。doi : 10.1523 / JNEUROSCI.18-19-07757.1998。PMC 6793001。PMID 9742146。
Swanton E、Bishop N、 Woodman P (1999 年 12 月)。「ヒトのラバプチン 5 はアポトーシス中にカスパーゼ 3 によって選択的に切断される」。The Journal of Biological Chemistry。274 ( 53 ): 37583–90。doi : 10.1074/jbc.274.53.37583。PMID 10608812 。
Nagelkerken B、Van Anken E、Van Raak M、Gerez L、Mohrmann K、Van Uden N、Holthuizen J、Pelkmans L、Van Der Sluijs P (2000 年 3 月)。「小型GTPアーゼrab4aの新規エフェクターであるラバプチン4は、核周囲のリサイクリング小胞に動員される。」生化学ジャーナル。346 (3): 593–601。土居：10.1042/0264-6021:3460593。PMC 1220890。PMID 10698684。
Hirst J、Lui WW、Bright NA、Totty N、Seaman MN、Robinson MS (2000 年 4 月)。「トランスゴルジネットワークと液胞/リソソーム間の輸送を促進するガンマアダプチンおよび VHS ドメインを持つタンパク質ファミリー」。The Journal of Cell Biology。149 ( 1): 67–80。doi : 10.1083 /jcb.149.1.67。PMC 2175106。PMID 10747088。
コロブコ IV、コロブコ EV、キセレフ SL (2000 年 11 月)。「MAK-Vプロテインキナーゼはマウスのエンドサイトーシスを調節する」。分子および一般遺伝学。264 (4): 411-8。土井：10.1007/s004380000293。PMID 11129044。S2CID 21231710 。
Zhu Y、Doray B、Poussu A 、Lehto VP 、Kornfeld S (2001 年 6 月)。「マンノース 6 リン酸受容体のリソソーム酵素選別モチーフへの GGA2 の結合」。Science。292 ( 5522 ): 1716–8。Bibcode : 2001Sci ...292.1716Z。doi : 10.1126 /science.1060896。PMID 11387476。S2CID 9453730 。
Valsdottir R、Hashimoto H、Ashman K、Koda T、Storrie B、Nilsson T (2001 年 11 月)。「ゴルジ体と ER 間の逆行性輸送の調節因子である rab33b の推定エフェクターとしての rabaptin-5、rabex-5、および GM130 の同定」。FEBS Letters。508 ( 2 ) : 201–9。doi : 10.1016 /S0014-5793(01) 02993-3。PMID 11718716。S2CID 21545088 。
de Renzis S、Sönnichsen B 、Zerial M (2002 年 2 月)。「二価 Rab エフェクターは初期エンドソームのサブコンパートメント組織と分類を制御する」。Nature Cell Biology。4 ( 2) : 124–33。doi : 10.1038 /ncb744。PMID 11788822。S2CID 6596498。
Mattera R、Arighi CN、Lodge R、Zerial M 、 Bonifacino JS (2003 年 1 月)。「GGA と Rabaptin-5-Rabex-5 複合体との二価相互作用」。EMBO ジャーナル。22 ( 1 ): 78–88。doi : 10.1093 /emboj/cdg015。PMC 140067。PMID 12505986。
Mattera R、Puertollano R、Smith WJ、Bonifacino JS (2004 年 7 月)。「 GGA タンパク質の三重らせん束サブドメインは、重複しているが異なる部位を介して複数のパートナーと相互作用します」。The Journal of Biological Chemistry。279 ( 30): 31409–18。doi : 10.1074/ jbc.M402183200。PMID 15143060。
Jin J、Smith FD、Stark C、Wells CD、Fawcett JP、Kulkarni S、Metalnikov P、O'Donnell P、Taylor P、Taylor L、Zougman A、Woodgett JR、Langeberg LK、Scott JD、Pawson T (2004 年 8 月)。「細胞骨格調節と細胞組織化に関与する生体内 14-3-3 結合タンパク質のプロテオーム、機能、およびドメインベースの分析」。Current Biology。14 ( 16 ) : 1436–50。Bibcode : 2004CBio ...14.1436J。doi : 10.1016 /j.cub.2004.07.051。PMID 15324660。
木村和也、若松A、鈴木裕、太田隆、西川隆、山下R、山本J、関根正、釣谷和、若栗博、石井S、杉山隆、斉藤和久、磯野裕、入江R、櫛田直、米山隆、大塚 R、神田 K、横井 T、近藤 H、我妻 M、村川 K、石田 S、石橋 T、高橋-藤井 A、棚瀬 T、永井 K、菊池 H、中井 K、磯貝哲、菅野Ｓ（2006年1月）。「転写調節の多様化: ヒト遺伝子の推定上の代替プロモーターの大規模な同定と特性評価」。ゲノム研究。16 (1): 55-65。土井：10.1101/gr.4039406。PMC 1356129。PMID 16344560。
Ewing RM、Chu P、Elisma F、Li H、Taylor P、Climie S、McBroom-Cerajewski L、Robinson MD、O'Connor L、Li M、Taylor R、Dharsee M、Ho Y、Heilbut A、Moore L、Zhang S、Ornatsky O、Bukhman YV、Ethier M、Sheng Y、Vasilescu J、Abu-Farha M、Lambert JP、Duewel HS、Stewart II、Kuehl B、Hogue K、Colwill K、Gladwish K、Muskat B、Kinach R、Adams SL、Moran MF、Morin GB、Topaloglou T、Figeys D (2007)。「質量分析法によるヒトタンパク質間相互作用の大規模マッピング」。分子システム生物学。3 (1): 89。doi : 10.1038/msb4100134。PMC 1847948。PMID 17353931 。

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000029725 – Ensembl、2017 年 5 月

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000020817 – Ensembl、2017 年 5 月

[3] 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[4] 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[pmid8521472-5] Stenmark H, Vitale G, Ullrich O, Zerial M (1995年11月). 「ラバプチン-5はエンドサイトーシス膜融合における小型GTPase Rab5の直接的なエフェクターである」. Cell . 83 (3): 423–32. doi : 10.1016/0092-8674(95)90120-5 . PMID 8521472.

[entrez-6] 「Entrez Gene: RABEP1 ラバプチン、RAB GTPase 結合エフェクタータンパク質 1」。

[pmid12505986-7] Mattera R、Arighi CN、 Lodge R、Zerial M、Bonifacino JS (2003 年 1 月)。「GGA と Rabaptin-5-Rabex-5 複合体との二価相互作用」。EMBO ジャーナル。22 ( 1 ) : 78–88。doi :10.1093/emboj/cdg015。PMC 140067。PMID 12505986。

[pmid12042876-8] Nogi T, Shiba Y, Kawasaki M, Shiba T, Matsugaki N, Igarashi N, Suzuki M, Kato R, Takatsu H, Nakayama K, Wakatsuki S (2002年7月). 「γ-アダプチン耳ドメインによる補助タンパク質リクルートメントの構造的基礎」. Nature Structural Biology . 9 (7): 527–31. doi :10.1038/nsb808. PMID 12042876. S2CID 42630285.

[pmid9524117-9] Vitale G、Rybin V、Christoforidis S、Thornqvist P、McCaffrey M、Stenmark H、Zerial M (1998 年 4 月)。「異なる Rab 結合ドメインが Rabaptin-5 と GTP 結合 Rab4 および Rab5 の相互作用を仲介する」。The EMBO Journal。17 ( 7 ): 1941–51。doi : 10.1093 / emboj/17.7.1941。PMC 1170540。PMID 9524117 。

[pmid9045618-10] Xiao GH、Shoarinejad F、Jin F、Golemis EA、Yeung RS (1997 年 3 月)。「結節性硬化症 2 遺伝子産物である tuberin は、エンドサイトーシスの調節において Rab5 GTPase 活性化タンパク質 (GAP) として機能する」。The Journal of Biological Chemistry。272 ( 10): 6097–100。doi : 10.1074 /jbc.272.10.6097。hdl : 20.500.12613 /9244。PMID 9045618 。

[pmid11718716-11] Valsdottir R、Hashimoto H、Ashman K、Koda T、Storrie B、Nilsson T (2001 年 11 月)。「ゴルジ体と ER 間の逆行性輸送の調節因子である rab33b の推定エフェクターとしての rabaptin-5、rabex-5、および GM130 の特定」。FEBS Letters。508 ( 2 ) : 201–9。doi: 10.1016 / s0014-5793(01)02993-3。PMID 11718716。S2CID 21545088 。