ピモル

ピモル
	ビューアーと GUI が表示された PyMOL インスタンス。
原作者	ウォーレン・ライフォード・デラノ
開発者	シュレディンガー株式会社
初回リリース	2000年; 25年前
安定リリース	3.0.0 / 2024年4月9日
リポジトリ	github.com/schrodinger/pymol-open-source ;
書かれた	C、C++、Python
オペレーティング·システム	クロスプラットフォーム: macOS、Unix、Linux、Windows
プラットフォーム	IA-32、x86-64
利用可能	英語
タイプ	分子モデリング
ライセンス	元々はPythonライセンスであったが、現在はプロプライエタリライセンス
Webサイト	pymol.org/2/

PyMOLは、ウォーレン・ライフォード・デラノによって作成されたソースコードが公開されている[2]分子可視化システムです。当初は、科学・教育コミュニティが普遍的にアクセスできる便利なツールを作成することを目的とした民間ソフトウェア会社であるDeLano Scientific LLCによって商用化されました。現在はSchrödinger, Inc.によって商用化され^ています。元のソフトウェアライセンスは寛容なライセンスであったため、彼らはそれを削除することができました。新しいバージョンはPythonライセンスではなく、カスタムライセンス（広範な使用、再配布、および改変の権利を認めるが、どのバージョンの著作権もSchrödinger, LLC.に譲渡する）の下でリリースされ、^[2]一部のソースコードは公開されなくなりました。^{[3] PyMOLは、}タンパク質などの低分子や生物学的高分子の高品質の3D画像を作成できます。PyMOLは広く使用されています。

PyMOL は、構造生物学で使用できる、ほとんどがオープンソースのモデル視覚化ツールの 1 つです。ソフトウェア名のPyの部分は、プログラムがプログラミング言語Pythonで記述されていることを示しています。

PyMOLはOpenGL Extension Wrangler Library (GLEW)とFreeGLUTを使用し、適応型ポアソン・ボルツマンソルバーを使用してポアソン・ボルツマン方程式を解くことができます。 ^[4] PyMOLはGUIウィジェットにTkを使用し、 Schrödingerを通じてmacOS用のネイティブAquaバイナリを持っていましたが、バージョン2.0のリリースですべてのプラットフォームでPyQtユーザーインターフェイスに置き換えられました。^[5]

歴史と商業化

PyMolの初期のバージョンはPythonライセンスの下でリリースされました。2006年8月1日、DeLano Scientificは同社が配布するコンパイル済みPyMOLビルド（ベータ版を含む）に対して、制御アクセスのダウンロードシステムを採用しました。現在、これらの実行ファイルへのアクセスは有料顧客の登録ユーザーに限定されています。教育用ビルドは学生と教師に無料で提供されています。ただし、現在のソースコードの大部分は引き続き無料で入手でき、古いコンパイル済みビルドも利用可能です。他のプラットフォームのビルドシステムはオープンですが、Windows API（WinAPI、Win32）ビルドシステムは非公式です。ただし、非公式のWindowsバイナリはオンラインで入手できます。^{[6]誰でもPythonライセンスのソースコードから実行ファイル}をコンパイルするか、サポートサービスのサブスクリプション料金を支払ってコンパイル済み実行ファイルにアクセスすることができます。

2010年1月8日、Schrödinger, Inc. はPyMOLを買収することで合意しました。同社は、当時有効なすべてのサブスクリプションを含むPyMOLの開発、保守、サポート、販売を引き継ぎました。また、PyMOLオープンソースコミュニティへのサポートも積極的に続けています。2017年、Schrödingerは配布システムを刷新し、ユーザーインターフェイスをQtに、パッケージ管理をAnacondaに統一し、PyMol v2としてリリースしました。^[5]このバージョンでは、いくつかの新機能が制限され、30日間の試用期間を超えてライセンスなしで使用すると視覚化に透かしが追加されます。全体的なライセンスポリシーはDeLanoシステムと同様です。ソースコードはほとんど引き続き利用可能ですが、今回はBSDライクなライセンスです。^[7]以前のディストリビューションと同様に、wheel形式の非公式Windowsバイナリが利用可能であり、^[6]Linuxディストリビューションでは、オープンソースコードの独自ビルドを提供し続けています。

要素の色

PyMOL は要素ごとにボールの色分けを適用します。

ギャラリー

PyMOLの分子編集機能の例、二面体結合の回転、スカルプティングモードによるインタラクティブな分子緩和。これらは量子化学ソフトウェアの入力ジオメトリを準備するのに便利な機能です。
同じタンパク質構造 ( TEV プロテアーゼ- PDB : 1LVB ) を異なるモードでレンダリングしました。標準漫画、表面、表面のカットスルー、強調表示されたバレル、「QuteMol」のような、「Goodsell」のような、光沢のある表面、およびb 因子パテ。

参照

参考文献

^ 「PyMOL 分子グラフィックスシステム」。SourceForge。
^ abc 「オープンソースPyMOL」。Schrodinger, Inc. 2021年11月5日。 2021年11月7日閲覧。
^ "PyMOL | pymol.org". pymol.org . 2021年11月7日閲覧。オープンソースの哲学PyMOLは商用製品ですが、そのソースコードの大部分は許容ライセンスの下で無料で利用できます。オープンソースプロジェクトはSchrödingerによって維持され、最終的にはPyMOLライセンスを購入したすべての人によって資金提供されています。オープンソースはオープンサイエンスを可能にします。これは、オリジナルのPyMOL作者Warren L. DeLanoのビジョンでした。
^ “APBS”. poissonboltzmann.org . 2020年2月24日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年10月7日閲覧。
^ ab 「PyMOL v2.0 リリースノート」。
^ ab 「Windows 用 Python 拡張パッケージ - Christoph Gohlke」。lfd.uci.edu 。2019年10 月 26 日閲覧。
^ "schrodinger/pymol-open-source". GitHub . 2019年6月24日閲覧。
^ 「色の値」. pymolwiki. 2010年. 2021年9月4日閲覧。

外部リンク

公式サイト
PyMOL ウィキ
読み取り専用 PyMOL Wiki ミラー
シュレディンガーLLC
PyMOL による分子ムービーの作成

[1] 「PyMOL 分子グラフィックスシステム」。SourceForge。

[proprietary-2] 「オープンソースPyMOL」。Schrodinger, Inc. 2021年11月5日。 2021年11月7日閲覧。

[3] "PyMOL | pymol.org". pymol.org . 2021年11月7日閲覧。オープンソースの哲学PyMOLは商用製品ですが、そのソースコードの大部分は許容ライセンスの下で無料で利用できます。オープンソースプロジェクトはSchrödingerによって維持され、最終的にはPyMOLライセンスを購入したすべての人によって資金提供されています。オープンソースはオープンサイエンスを可能にします。これは、オリジナルのPyMOL作者Warren L. DeLanoのビジョンでした。

[4] “APBS”. poissonboltzmann.org . 2020年2月24日時点のオリジナルよりアーカイブ。2020年10月7日閲覧。

[Pymol2-5] 「PyMOL v2.0 リリースノート」。

[builds-6] 「Windows 用 Python 拡張パッケージ - Christoph Gohlke」。lfd.uci.edu 。2019年10 月 26 日閲覧。

[7] "schrodinger/pymol-open-source". GitHub . 2019年6月24日閲覧。

[8] 「色の値」. pymolwiki. 2010年. 2021年9月4日閲覧。