UCSFキメラ

UCSFキメラ
	キメラメインウィンドウ (FSH と受容体、1xwd) とシーケンスウィンドウ (異なる種の FSH 受容体のアライメント)。
開発者	UCSF バイオコンピューティング、視覚化、情報科学リソース (RBVI)
安定版リリース	1.17.3 / 2023年7月6日; 16か月前
オペレーティング·システム	Microsoft Windows、OS X、Linux
タイプ	分子モデリング
ライセンス	非営利目的であれば無料
Webサイト	キメラ

UCSF Chimera（または単にChimera）は、分子構造と関連データのインタラクティブな視覚化と分析を行う拡張可能なプログラムであり、密度マップ、超分子アセンブリ、配列アラインメント、ドッキング結果、トラジェクトリ、コンフォメーションアンサンブルが含まれます。^[1]高品質の画像と動画を作成できます。Chimeraには完全なドキュメントが含まれており、非営利目的で無料でダウンロードできます。

Chimeraは、カリフォルニア大学サンフランシスコ校のバイオコンピューティング、視覚化、情報科学リソース（RBVI）によって開発されました。開発は国立衛生研究所（NIGMS助成金P41-GM103311）によって部分的にサポートされています。次世代プログラムはUCSF ChimeraXです。^[2]

一般的な構造解析

原子の自動識別
水素添加と部分電荷割り当て
高品質の水素結合、接触、衝突検出
測定: 距離、角度、表面積、体積
重心、軸、平面、および関連する測定値の計算
アミノ酸ロータマーライブラリ、タンパク質ラマチャンドランプロット、タンパク質接触マップ
構造構築と債券のローテーション
分子動力学軌道再生（多くの形式）、距離および角度プロット
タンパク質の構造変化、あるいは異なるタンパク質の構造変化
色、半径、"ワーム"による属性（B 係数、疎水性など）の表示
シンプルなテキストファイル入力によるカスタム属性の簡単な作成
ドッキング結果のインタラクティブなスクリーニングを容易にする ViewDock ツール
豊富なコマンドセット、強力な仕様構文
多くのフォーマットを読み取り、PDBとMol2を書き込む
ウェブおよびProtein Data Bank、CATHまたはSCOP (ドメイン)、EDS (密度マップ)、EMDB (密度マップ)、ModBase (比較モデル)、CASTp (タンパク質ポケット測定)、Pub3D (小分子構造)、VIPERdb (二十面体ウイルスカプシド)、UniProt (機能注釈付きタンパク質配列)、その他から取得
PDB2PQR電荷/半径割り当て、APBS静電計算、AutoDock Vina 単一リガンドドッキングへのインターフェース

プレゼンテーション画像と動画

高解像度画像
奥行き表現、インタラクティブな影、シルエットのエッジ、多色の背景などの視覚効果
標準的な分子表現（棒、球、リボン、分子表面）
らせんと鎖のパイプと板、ロリポップやはしごの横木を含むヌクレオチドオブジェクト
異方性B因子を示す楕円体
非分子幾何学的物体
密度マップやその他のボリュームデータのレンダリング（下記参照）
テキスト、シンボル、矢印、カラーキーによるラベル付け
異なる構造を異なる角度で切り取ることができる
バンドルされたPOV-Rayによるオプションのレイトレーシング
X3Dやその他の形式へのシーンのエクスポート
インタラクティブに映画を作成するためのシンプルなグラフィカルインターフェース
シーンはアニメーションのタイムラインに沿ってキーフレームとして配置できます
あるいは、映画の内容と録画をスクリプト化することができます。豊富な関連コマンドセット
動画録画はモーフィングとMD軌跡再生と統合されています

ボリュームデータツール

多くの形式のボリュームデータマップ（電子密度、静電ポテンシャルなど）の読み取り、いくつかの書き込み
インタラクティブなしきい値調整、複数の等値面（メッシュまたはソリッド）、透明なレンダリング
原子座標を地図に当てはめ、地図を地図に当てはめる
密度マップは原子座標から作成できる
マーカーを地図上に配置して滑らかなパスで接続できます
個々のデータ平面または複数の直交平面の表示
ボリュームデータの時系列再生とモーフィング
地図を分割および編集するための多くのツール
ガウス平滑化、フーリエ変換、その他のフィルタリングと正規化
測定: 表面積、表面に囲まれた体積、地図の対称性、その他

シーケンス構造ツール

多くの配列アライメント形式が読み込まれ、書き込まれ
配列アラインメントを作成、編集できる
シーケンスは自動的に構造に関連付けられます
シーケンス構造のクロストーク：一方を強調すると、もう一方も強調される
Webサービスによるタンパク質BLAST検索
Clustal OmegaおよびMUSCLE Web サービスによる多重配列アラインメント
ホモロジーモデリングとループ構築のためのMODELLERへのインターフェース
既存の配列アライメントの有無にかかわらず構造の重ね合わせ
複数の重ね合わせから構造に基づく配列アラインメントを生成する
保存を計算し、関連する構造上の値を表示するためのいくつかの方法
関連する構造の空間的変動を示すRMSDヘッダー（配列上のヒストグラム）
ヒストグラムや色付きシンボルを含むユーザー定義のヘッダー
UniProtとCDDの特徴注釈は配列上の色付きボックスとして表示されます
Newick形式のツリーを読み取り/表示

参照

参考文献

^ Pettersen, EF; Goddard, TD; Huang, CC; Couch, GS; Greenblatt, DM; Meng, EC; Ferrin, TE (2004). 「UCSF Chimera - 探索的研究および分析のための視覚化システム」J Comput Chem . 25 (13): 1605–12. CiteSeerX 10.1.1.456.9442 . doi :10.1002/jcc.20084. PMID 15264254. S2CID 8747218.
^ Goddard, TD; Huang, CC; Meng, EC; Pettersen, EF; Couch, GS; Morris, JH; Ferrin, TE (2017). 「UCSFキメラックス：視覚化と分析における現代の課題への対応」.タンパク質科学. 27 (1): 14–25. doi :10.1002/pro.3235. PMC 5734306. PMID 28710774 .

外部リンク

公式サイト
プログラムのダウンロード
プログラムドキュメント
キメラ画像ギャラリーとアニメーションギャラリー
キメラに関する出版物
バイオコンピューティング、視覚化、情報科学のリソース
カリフォルニア大学サンフランシスコ校
UCSF ChimeraX ウェブサイト

[1] Pettersen, EF; Goddard, TD; Huang, CC; Couch, GS; Greenblatt, DM; Meng, EC; Ferrin, TE (2004). 「UCSF Chimera - 探索的研究および分析のための視覚化システム」J Comput Chem . 25 (13): 1605–12. CiteSeerX 10.1.1.456.9442 . doi :10.1002/jcc.20084. PMID 15264254. S2CID 8747218.

[2] Goddard, TD; Huang, CC; Meng, EC; Pettersen, EF; Couch, GS; Morris, JH; Ferrin, TE (2017). 「UCSFキメラックス：視覚化と分析における現代の課題への対応」.タンパク質科学. 27 (1): 14–25. doi :10.1002/pro.3235. PMC 5734306. PMID 28710774 .