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 TRAF2 トリマーのRasMolリボン図レンダリング PDB:1DOA | |
| 原作者 | ロジャー・A・セイル |
|---|---|
| 開発者 | ハーバート・J・バーンスタイン |
| 初回リリース | 1992年 |
| 安定版リリース | 2.7.5.1 / 2009年7月17日 |
| リポジトリ |
|
| 書かれた | Ｃ |
| オペレーティング·システム | Windows、Windows 2000 、 Windows 7 、 Windows 8 、 Windows 8.1 ...、 Windows 7 、 Windows 8.1、 Windows 8.1、 Windows 8.1、 Windows 7.1 |
| プラットフォーム | IA-32、x86-64 |
| 利用可能 | 英語 |
| タイプ | 分子グラフィックス |
| ライセンス | ライセンス |
| Webサイト | ラスモル |
RasMolは、タンパク質データバンク(PDB)にあるような生物学的高分子構造を描写および調査することを主目的として使用される、分子グラフィックス視覚化用に作成されたコンピュータ プログラムです。
歴史
もともとは1990年代初頭にロジャー・セイルによって開発されました。[1]
歴史的に、RasMol は分子生物学者にとって重要なツールでした。これは、極めて最適化されたプログラムにより、（当時の）中程度の性能のパーソナルコンピュータでソフトウェアを実行できたためです。RasMol 以前は、視覚化ソフトウェアはグラフィック ワークステーションで実行されていましたが、コストが高かったため、学者にとってアクセスしにくいものでした。RasMol は構造生物学の研究にとって引き続き重要であり、教育においても重要になっています。
RasMol には複雑なライセンスバージョン履歴があります。バージョン 2.7 シリーズ以降、[2] RasMolソースコードはGNU General Public License (GPL) またはカスタムライセンスRASLICのデュアルライセンスとなっています。[3]バージョン 2.7.5 以降、バイナリ配布に有効なライセンスは GPL のみです。
RasMol には、特定のタンパク質鎖の選択、色の変更など、多くの機能を実行するためのスクリプト言語が含まれています。JmolおよびSiriusソフトウェアでは、この言語がコマンドに組み込まれています。
タンパク質データバンク(PDB) ファイルは、ワールドワイドタンパク質データバンク(wwPDB)のメンバーからダウンロードして視覚化できます。これらのファイルは、通常、 X 線結晶構造解析、タンパク質 NMR分光法、または極低温電子顕微鏡法によって分子の構造を特徴付けた研究者によってアップロードされています。
プロセス間通信
Rasmol は、 UnixプラットフォームではTcl / Tk経由で、Microsoft WindowsではDynamic Data Exchange (DDE)経由で他のプログラムと通信できます。
多重配列アライメントプログラムでは、担当するJavaクラスを他のアプリケーションで自由に使用できます。[4]
参照
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参考文献
- ^ Roger Sayle および E. James Milner-White。「RasMol: すべての人のための生体分子グラフィックス」、Trends in Biochemical Sciences (TIBS)、1995 年 9 月、第 20 巻、第 9 号、374 ページ
- ^ ハーバート・J・バーンスタイン、「RasMol の最近の変更、変異体の組み換え」、生化学科学の動向 (TIBS)、2000 年 9 月、第 25 巻、第 9 号、pp. 453-455
- ^ RASLICライセンス
- ^ 多重アライメントプログラム
外部リンク
ウィキメディア・コモンズには、 RasMolに関連するメディアがあります。
- 公式サイト
- RasMol をダウンロード (製品リリース)
- ソースリポジトリ（安定版）
- ソースリポジトリ（開発）
- 早い
- 後で