Loading article…
| シュードモナス・シトロネロリス | |
|---|---|
科学的分類 
| |
| ドメイン： | 細菌 |
| 門: | シュードモナドタ |
| クラス： | ガンマプロテオバクテリア |
| 注文： | シュードモナス目 |
| 家族： | シュードモナス科 |
| 属: | シュードモナス |
| 種： | P.シトロネロリス
|
| 二名法名 | |
| シュードモナス・シトロネロリス ゼイバート 1960
| |
| タイプ株 | |
| ATCC 13674 CCUG 17933 | |
シュードモナス・シトロネロリスは、ピルビン酸カルボキシラーゼのメカニズムの研究に使用されるグラム陰性桿菌です。 [1]アメリカ合衆国バージニア州北部の松の木の下の森林土壌から初めて分離されました。 [2]
特徴
シュードモナス・シトロネロリスはグラム陰性の桿菌です。米国バージニア州北部の松の木の下の森林土壌から初めて分離されました。[2] 1本の極鞭毛を持ち、運動することができます。
植物との関係
P. citronellolis は寒天培地上で、蛍光緑色色素を生成する円形の白色コロニーを形成します。また、バイオフィルムを形成し、ほとんどの抗生物質に耐性があります。この細菌は宿主植物（松またはバジル）と生物学的関係を持っています。植物細胞の伸長と分裂を誘発するホルモンの一種を生成し、その結果、局所的に利用可能な栄養素が増加します。[3]
代謝ポテンシャル
P. citronellolisの研究は、グルコースに関する代謝と酵素活性を研究するためのモデルとして使用できる可能性があるため重要です。また、ポリエチレンの生分解にも使用できる可能性があります。[4]
ゲノム
ゲノムサイズは6,951,444 bpで、DNAコードサイズは6,028,113 bpです。平均GC含有量は67.11%、4,665,300 bpです。予測された6169個の遺伝子のうち、6071個（98.41%）はタンパク質CDSであり、そのうち4762個の遺伝子は機能が予測されていました。合計96個のRNA遺伝子が予測され、そのうち15個はrRNAでした。[3]
Pseudomonas citronellolis の DNA をテンプレートの 16sR 配列決定用に分離したところ、25 μl の希釈ゲノム DNA が明らかになりました。DNA を増幅するためのプライマーとして、BOXAIR、反復性外遺伝子回文配列ベースの PCR 分析 (REP-PCR)、および腸内細菌反復性遺伝子間コンセンサス (ERIC) を使用しました。29 株の P. citronellolis のPCR では、8 ～ 12 の増幅バンドが得られました。これらは、9,000 bp ～ 100 bp のサイズで非常に区別しやすいものでした。REP-PCR では、最も複雑な増幅バンド パターンが生成され、これは、さまざまな油性ヘドロ汚染土壌サンプルから分離された P. citronellolis 株間の多様性を反映しています。P . citronellolis 株のリボタイプパターンは、rRNA スペーサー領域の多型性を強く示唆する複数のアンプリコンを示しました。このゲノム実験にはプラスミドは含まれておらず、その存在の証拠は得られなかった。[5]
16S rRNA分析に基づいて、 P. citronellolisはP. aeruginosaグループに分類されました。[6] P. citronellolisは、細菌が合成したポリエステルの一種である「直鎖モノカルボン酸およびジカルボン酸」からポリヒドロキシアルカノエートを生合成できることもわかっています。[7]
P. citronellolis P3B5 ゲノムには、ラクタム系抗生物質に耐性があると予測される 6 つのラクタマーゼをコードする遺伝子が含まれています。さらに、このゲノムには、トリメトプリムなどの他の抗生物質に対する耐性をもたらす排出ポンプをコードする遺伝子も含まれています。P3B5 ゲノムは、アルカンを分解できるようにする遺伝子をコードしています。ストレス耐性と植物に依存するライフスタイルと相まって、この生物は植物修復アプローチの興味深い候補となっています。いくつかの AB に対する耐性が観察され、いくつかの ABR 遺伝子が検出されましたが、ABR 遺伝子の動員の可能性を示す証拠は見つかりませんでした。[4]
参考文献
- ^ Seubert W, Remberger U (1961). 「 Pseudomonas citronellolis由来ピルビン酸カルボキシラーゼの精製と作用機序」Biochem. Z. 334 : 401–14. PMID 13750403.
- ^ ab Seubert W (1960 年 3 月). 「微生物によるイソプレノイド化合物の分解。I. イソプレノイド分解細菌 Pseudomonas citronellolis n. sp. の分離と特性」。Journal of Bacteriology . 79 (3): 426–34. doi : 10.1128/jb.79.3.426-434.1960. PMC 278703. PMID 14445211.
- ^ ab Remus-Emsermann MN、Schmid M、Gekenidis MT、Pelludat C、Frey JE、Ahrens CH、Drissner D (2016)。「Pseudomonas citronellolis P3B5、炭化水素汚染サイトの微生物葉状修復の候補」。Standards in Genomic Sc iences。11 : 75。doi : 10.1186 / s40793-016-0190-6。PMC 5037603。PMID 28300228。
- ^ ab Bhatia M、Girdhar A、Tiwari A 、 Nayarisseri A ( 2014)。「新規 Pseudomonas 種による低密度ポリエチレンの生分解への影響: in vitro から in silico へのアプローチ」 。SpringerPlus。3 : 497。doi : 10.1186 / 2193-1801-3-497。PMC 4409612。PMID 25932357。
- ^ Bhattacharya D、Sarma PM、Krishnan S、Mishra S、Lal B (2003 年 3 月)。「油性スラッジ汚染地から分離された Pseudomonas citronellolis 株間の遺伝的多様性の評価」。応用環境微生物学。69 ( 3 ): 1435–41。doi : 10.1128/AEM.69.3.1435-1441.2003。PMC 150093。PMID 12620826。
- ^ Anzai Y, Kim H, Park JY, Wakabayashi H, Oyaizu H (2000年7月). 「16S rRNA配列に基づくシュードモナスの系統学的所属」. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 50 (4): 1563–89. doi :10.1099/00207713-50-4-1563. PMID 10939664.
- ^ Choi MH 、 Yoon SC (1994 年 9 月)。「3-メチル分岐基質を含むさまざまな炭素源で増殖した Pseudomonas citronellolis のポリエステル生合成特性」。応用環境微生物学。60 ( 9 ): 3245–54。doi :10.1128/aem.60.9.3245-3254.1994。PMC 201795。PMID 16349378。
外部リンク
- BacDive の Pseudomonas citronellolis の標準株 - 細菌多様性メタデータ