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リボタイピングは、rRNAベースの系統解析からの情報を使用して細菌を同定および特徴付ける分子技術です。[1]これは、臨床診断や食品、水、飲料中の微生物群集の分析に広く使用されている迅速かつ特異的な方法です。[1]
すべての細菌はリボソーム遺伝子を持っていますが、正確な配列は種ごとに異なり、遺伝子の指紋として機能します。したがって、特定の16S遺伝子を配列し、データベースと比較することで、特定の種を特定することができます。[2]
技術
リボタイピングでは、細菌のゲノムDNAを特定の制限酵素で消化します。各制限酵素は特定のヌクレオチド配列でDNAを切断し、異なる長さの断片を生成します。[3]
次に、これらの断片はゲル電気泳動にかけられ、サイズに応じて分離されます。断片が懸濁されているゲルに電界を印加すると、DNA 断片 (リン酸基の存在によりすべて負に帯電) がマトリックスを通って電界の正に帯電した端に向かって移動します。小さな断片はマトリックス内をより容易かつ迅速に移動するため、大きな断片よりも開始位置からより遠くまで到達します。
ゲルマトリックス内での分離後、DNA断片はナイロン膜上に移され、標識された16Sまたは23S rRNAプローブとハイブリダイズされます。この方法では、そのようなrRNAをコードする断片のみが視覚化され、分析することができます。[4] その後、パターンはデジタル化され、コンピューターデータベース内の参照生物と比較してDNAの起源を特定するために使用されます。[1]
概念的には、リボタイピングは、染色体DNAの制限断片をクローンプローブ（ランダムにクローン化されたプローブ、または毒性因子などの特定のコード配列に由来するプローブ）で調べることに似ている。[5]
参照
参考文献
- ^ abc マディガン、マイケル・T. (2012).微生物の生物学. ピアソン. p. 491. ISBN 978-0-321-73551-5。
- ^ 「微生物の多様性の調査：過去と現在」。learn.genetics.utah.edu 。 2016年3月15日閲覧。
- ^ 「制限酵素 | ASU - 生物学者に聞く」askabiologist.asu.edu 。 2016年3月13日閲覧。
- ^ "ribotype". courses.cit.cornell.edu . 2016年3月13日閲覧。
- ^ Grimont, F., および PA Grimont. 1986. リボソームリボ核酸遺伝子制限パターンは分類ツールとしての可能性を秘めている。Ann. Inst. Pasteur Microbiol. 137B:165–175