プロイセン海軍省(Marineministerium)(1861年 - 1871年)は、フランクフルト国民議会(1848年 - 1849年)がその「帝国艦隊」である帝国艦隊のために設立した省から発展した。1866年からは北ドイツ連邦の海軍省としても機能した。

1848年6月、フランクフルト国民議会は最初の海軍省を創設し、実業家のアルノルト・ドゥクヴィッツが海軍大臣(Minister für Marineangelegenheiten)に就任した。1849年5月にフランクフルト国民議会が閉会した後、オーストリアの陸軍元帥アウグスト・フォン・ヨフムスが復活したドイツ連邦の海軍大臣に就任した。 1849年12月にフランクフルト国民議会の暫定中央権力(Provisorische Zentralgewalt)が終焉すると、最初の海軍省は解散し、海軍に関する権限は再びドイツ連邦の各加盟国の主権下に入った。プロイセン陸軍大臣の部局として、ベルリンに王立海軍部隊(Königliche Marine-Abteilung)が設立され、1848年から1853年までヴァンゲンハイム・ボーグン中佐が指揮を執った。彼は海軍最高司令部(Oberkommando der Marine [要出典] )の下でプロイセン海軍を統治した。その後、1853年11月14日にプロイセン王室内閣令(König Kabinettsordre)により海軍部門は海軍本部(Admiralität)に統合され、統一された指揮権と行政権限が与えられた。1859年から1860年まで、ヤン・シュレーダー提督がプロイセン海軍行政(Marineverwaltung)の長官を務めた。
1861年、プロイセン政府は新しい海軍省を創設した。ヴィルヘルム1世がプロイセン王になった後、1861年4月16日、プロイセン海軍本部は内閣の命令により解散された。プロイセン公アーダルベルトの指揮下にある海軍最高司令部は独立し、国王に直接従属するようになった。ヤン・シュレーダー提督の引退後、海軍の管理は新しい海軍省の管轄となり、1873年までプロイセン陸軍大臣アルブレヒト・フォン・ローンの管轄下にあった。海軍省評議会は海軍省と海軍最高司令部の海軍問題を調整することになっていたが、提案することしかできなかった。
海軍省は、ダンツィヒ(現在のグダニスク)造船所、ゲーステミュンデ(現在のブレーマーハーフェン)、キール、シュトラールズントの補給所、オルデンブルクの海軍本部補給所(Admiralitätskommissariat) 、ヤーデ・バイト(現在のヴィルヘルムスハーフェン)の基地の責任を負っていた。海軍最高司令部は艦隊の責任を負っていた。この二重組織はうまく機能しなかった。2つの組織の間には実りのない仕事や摩擦が多かった。
1870 年に普仏戦争が勃発し、アダルベルト王子が陸軍の野戦司令官に転属したことにより、変化の可能性が生まれました。内閣の命令により、海軍最高司令部の任務は 1870 年 6 月 29 日に海軍省に移管されました。次に、技術部門と一般管理部門が設立されました。既存の権限分割は廃止され、中央政府が設立されました。部門間の摩擦はほぼ完全になくなりました。
プロイセン陸軍大臣の職務が大幅に増加したため、ヴィルヘルム1世は1871年11月30日に海軍省を陸軍省から新設の海軍本部に移管しました。この海軍本部は数か月後にドイツ帝国海軍本部となりました。
