ファーマGKB

ファーマGKB

コンテンツ
説明	薬理ゲノム学知識ベース
キャプチャされたデータの種類	薬理ゲノム学と薬理遺伝学
生物	人間
接触
研究センター	スタンフォード大学
主な引用	22992668 のID
発売日	2000
アクセス
Webサイト	ホームページ
ダウンロードURL	ダウンロード
ウェブサービスURL	api.pharmgkb.org
その他
ライセンス	クリエイティブ・コモンズ BY-SA 4.0 www.pharmgkb.org/page/dataUsagePolicy
キュレーションポリシー	はい

薬理ゲノム知識ベース（PharmGKB）は、ヒトの遺伝的変異が薬物反応に与える影響に関する知識の集約、キュレーション、統合、普及を担う、公開されているオンライン知識ベースです。 ^[1]これは、国立衛生研究所（NIH）国立一般医学研究所（NIGMS）によって資金提供されており、 NIH薬理ゲノム研究ネットワーク（PGRN）のパートナーです。 2000年の設立以来、スタンフォード大学で管理されています。^[2]

PharmGKBの主な目標は、人の遺伝子構成の変異が薬物に対する反応にどのように影響するかを研究者が理解するのを支援することです。これは、薬理ゲノム学または薬理遺伝学（PGx）と呼ばれる分野です。この目標を達成するために、PharmGKBは一次文献からPGx情報を手動でキュレートし、それを知識ベースに保存します。この情報は集約できるため、PharmGKBは一貫した遺伝子変異-薬物反応相互作用を特定できます。大量の裏付けとなる証拠がある変異-薬物相互作用は、潜在的な臨床実装の候補として検討できます。^[3]強力なPGx文献証拠が存在するケースを活用するために、PharmGKBは臨床薬理遺伝学実装コンソーシアム（CPIC）を共同設立しました。これは、ピアレビューされた、無料で利用できる臨床医向けの遺伝子型ベースの薬物投与ガイドラインの作成と普及を担当する組織です。^{[4] [5] [6]} PharmGKBは、国際ワルファリン薬理遺伝学コンソーシアム（IWPC）や国際クロピドグレル薬理遺伝学コンソーシアム（ICPC）などのさまざまな国際コンソーシアムグループとも協力し、大規模なPGxデータセットのコラボレーションと分析を促進しています。^{[7] [8]}

PharmGKBのウェブサイトには、以下のセクションで説明するような、さまざまな種類のPGx関連情報が掲載されています。PharmGKBには、遺伝子変異（一塩基多型（SNP）やハプロタイプ、一部のコピー数変異（CNV）やインデルを含む）、遺伝子、薬物、表現型（疾患や副作用を含む）、PubMed ID（PMID）に関するPGxコンテンツがあります。^[1]

バリアント注釈は、単一の出版物で報告されているように、特定の遺伝子多型が薬物反応とどのように関連しているかを説明する要約です。薬物反応の例には、薬物有害反応、薬物の有効性の変化、薬物の代謝速度の変化などがあります。キュレーターは過去と現在の文献をレビューし、PGx関連の結果を含む研究をこれらのバリアント注釈を通じて知識ベースに追加します。バリアントと薬物の関連は、負の場合も正の場合もあり、ゲノムワイド関連研究、臨床試験、機能的in vitro研究など、さまざまな研究タイプから得られます。すべてのバリアント注釈には標準化された文章が含まれており、知識ベース全体の研究間で結果を簡単に比較および対比できます。遺伝子変異と薬物表現型の関連を記録することに加えて、研究規模、人口民族、 p値、対立遺伝子頻度などの重要な研究パラメータも注釈に記載されます^{[1] [3] [8]}

臨床注釈は、同じ変異体と薬剤表現型の関連性について論じているすべての変異注釈を結合し、関連性の 1 つの要約としてまとめます。臨床注釈は要約テキストで構成され、各遺伝子型と他の遺伝子型との比較による関連性として記述されます。この要約テキストの下に、臨床注釈には、この特定の変異体と薬剤表現型の関連性を裏付けるすべての変異注釈のリストが含まれます。各臨床注釈には、関連性の信頼性の尺度となる証拠レベルも与えられます。臨床注釈の証拠レベルは手動で評価され、肯定的な結果と否定的な結果を示した研究の数、p値、研究規模などの基準に基づいています。^{[1] [3] [8]}

• レベル 1A : CPIC または医学会承認の PGx ガイドラインにおける変異型薬剤の組み合わせの臨床注釈、または薬理ゲノム研究ネットワーク (PGRN) サイトまたは他の主要な医療システムで実装されているもの。
• レベル 1B : 証拠の優位性が関連性を示している変異体と薬剤の組み合わせに関する臨床注釈。関連性は、有意な p 値を持つ複数のコホートで再現される必要があり、効果サイズが強力であることが望ましい。
• レベル 2A : 変異体が PharmGKB で定義された非常に重要な薬理遺伝子 (VIP) 内にある場合に、レベル 2B に該当する変異体と薬剤の組み合わせの臨床注釈。レベル 2A の変異体は既知の薬理遺伝子内にあるため、機能的意義がある可能性が高くなります。
• レベル 2B : 関連性について中程度の証拠がある変異体と薬剤の組み合わせに関する臨床注釈。関連性は再現される必要がありますが、統計的有意性を示さない研究や、効果サイズが小さい研究が存在する可能性があります。
• レベル 3 : 単一の有意な (まだ複製されていない) 結果に基づく変異体と薬剤の組み合わせの注釈、または複数の研究で評価されたが関連性の明確な証拠がない変異体と薬剤の組み合わせの注釈。
• レベル4 :症例報告、有意でない研究、またはin vitro、分子または機能アッセイの証拠のみに基づく注釈。^{[3] [9]}

VIPは、薬物反応に関与する重要な遺伝子の概要です。これらは、特定のPGx関連遺伝子についての理解を深めるために提供され、疾患との関連性を含む遺伝子の背景情報と、その薬理遺伝学の詳細なレビューで構成されています。VIPはPharmGKBウェブサイトでインタラクティブな形式で入手できますが、通常はPharmacogenetics and Genomics誌にも掲載されています。^{[1] [8]} VIPには、その遺伝子内の特に重要な変異の概要へのリンクも提供されており、これらはVIP変異概要として知られています。^[10]

PharmGKB パスウェイは、PGx 関連薬剤の薬物動態(PK) または薬力学(PD)を詳述した証拠に基づく図であり、薬剤の背景とそのPK、PD、PGx に関する説明を提供するテキストが添付されています。パスウェイは通常、Pharmacogenetics and Genomics 誌に掲載されています。^{[1] [8]}パスウェイは、広範な文献レビューの後に手動で作成され、パスウェイ図の接続は文献の引用によってサポートされています。これらのサポート引用は、パスウェイのオンライン バージョンで表示できます。さらに、各パスウェイ図に含まれる情報は、TSV、BioPAX、GPML 形式でダウンロードできます。^{[1] [8]}

PharmGKBは、CPIC、オランダ王立薬学振興協会薬理遺伝学ワーキンググループ（DWPG）、米国リウマチ学会などの専門学会からのPGxベースの薬剤投与ガイドラインを提供しています。^[1] DPWGとその目的や方法の詳細については、PharmGKBのWebサイトをご覧ください。^[11]

CPICは、 NIH薬理ゲノム研究ネットワーク（PGRN）のメンバー、PharmGKBスタッフ、PGxと医学の専門家で構成されています。CPICの目標は、先制的な遺伝子検査結果にアクセスできる臨床医向けに、自由に利用できる査読済みの薬剤投与ガイドラインを作成することです。 ^{[4] [5] [6] CPICガイドラインは、}アロプリノールを服用している患者におけるHLA-B *58:01とスティーブンス・ジョンソン症候群/中毒性表皮壊死症との関連、^[12]およびシンバスタチンを服用している患者におけるSLCO1B1 rs4149056とミオパチーとの関連など、実質的な裏付けとなる証拠があるPGxの関連性について書かれています。 ^{[13] CPICガイドラインは、} Clinical Pharmacology & Therapeutics誌に掲載されているほか、PharmGKBを通じてインタラクティブ形式でも入手できます。^[6] PharmGKBのCPIC投与ガイドラインには、公開されたガイドラインの抜粋、表形式の治療投与量の推奨事項、ガイドラインと補足資料のPDF版が含まれています。PharmGKBは投与ガイドラインツールも提供しており、ユーザーは興味のある遺伝子型を入力すると、関連する投与量の推奨事項を受け取ることができます。ダウンロード可能で計算可能なガイドラインのバージョンはJSON形式でもPharmGKBで入手できます。^[14]

PharmGKB は、米国食品医薬品局(FDA) と欧州医薬品庁(EMA)の両方から PGx 情報を含む医薬品ラベルをキュレートし、注釈を付けています。 ^[1] PGx 情報を含む FDA 承認の医薬品ラベルは、FDA の医薬品ラベルの薬理ゲノムバイオマーカー表ページから取得されるか、キュレーターによって識別されます。EMA 承認の医薬品ラベル (欧州公開評価レポート (EPAR) として知られています) は、FDA バイオマーカー表の医薬品を使用して手動で検索されます。PharmGKB は、内部で作成されたガイドラインに基づいて、各FDAまたはEMAラベルに PGx レベルのタグを付けます。

• 遺伝子検査が必要: ラベルには、この薬を使用する前に遺伝子検査、機能タンパク質アッセイ、細胞遺伝学的研究など、何らかの遺伝子、タンパク質、または染色体検査を実施する必要があることが記載または暗示されています。この要件は、特定の患者サブセットにのみ適用される場合があります。PharmGKB は、変異が薬の適応症であると記載されているラベルを、検査が必要であることを暗示していると見なします。ラベルに検査が「実施されるべき」と記載されている場合も、これは要件として解釈されます。
• 遺伝子検査の推奨: ラベルには、この薬を使用する前に、遺伝子検査、機能タンパク質アッセイ、細胞遺伝学的研究など、何らかの遺伝子、タンパク質、または染色体検査が推奨されることが記載されているか、または暗示されています。この推奨は、特定の患者サブセットにのみ適用される場合があります。PharmGKB は、検査が「考慮すべき」と記載されているラベルを、検査を推奨するものとみなします。
• 実行可能な PGx : ラベルには、遺伝子/タンパク質/染色体変異の遺伝子検査やその他の検査については記載されていませんが、そのような変異による有効性、投与量、または毒性の変化に関する情報は含まれています。ラベルには、特定の患者サブセットにおける薬剤の禁忌が記載されている場合がありますが、遺伝子、タンパク質、または染色体検査を要求または推奨していません。
• 情報提供型PGx：ラベルには、薬剤の代謝や薬力学に関与する遺伝子やタンパク質が記載されているが、これらの遺伝子やタンパク質の変異が異なる反応につながることを示唆する情報はない。^{[15] [16]}

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