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古ウイルス学は、過去に存在したが現在は絶滅したウイルスの研究です。一般に、ウイルスは物理的な化石を残すことができないため、[1]間接的な証拠を使用して過去を再構築します。たとえば、ウイルスは宿主の進化を引き起こす可能性があり、その進化の痕跡は今日発見され、解釈することができます。[2]また、古代の生物の生殖細胞に組み込まれたウイルスの遺伝子断片の一部は、ウイルス化石[2]または内因性ウイルス要素(EVE)として現代に受け継がれています。 [3]レトロウイルスの組み込みに起因する EVE は、内因性レトロウイルス、または ERVとして知られており、 [4]ほとんどのウイルス化石は ERV です。それらは数百万年前の遺伝コードを保存している可能性があるため、「化石」という用語が使用されていますが、鉱物化石でウイルスが検出されたことはありません。[2]最も驚くべきウイルス化石は、非レトロウイルスDNAおよびRNAウイルスに由来する。
用語
EVEには正式な分類システムはありませんが、ウイルスの起源の分類に従って分類されています。実際、ボルチモア分類で定義されている既知のウイルスゲノムタイプと複製戦略はすべて、ゲノム化石記録で発見されています。[5] [6]ウイルス化石のさまざまなタイプを説明するために頭字語が指定されています。
- EVE:内因性ウイルス要素
- ERV:内因性レトロウイルス
- HERV:ヒト内因性レトロウイルス
- NIRV: 非レトロウイルスRNAウイルスに由来するウイルス化石は、非レトロウイルス統合RNAウイルスまたはNIRVと呼ばれています。[7] [8] 他の種類のウイルス化石とは異なり、NIRVの形成には、宿主ゲノムまたは共感染レトロウイルスによってコード化された統合機構を借用する必要があります。[9]
その他のウイルス化石は、ヘパドナウイルス（ B型肝炎ウイルスを含むグループ）などのDNAウイルスに由来する。[10]
復活
DNA化石から絶滅したウイルスを「復活」させる試みが成功したと報告されている。[11]さらに、ロシアのシベリアの永久凍土から採取された3万年前の氷床コアから、ピソウイルス・シベリカムが復活した。[12] [13]
参照
参考文献
- ^ Laidler, JR; Stedman, KM (2010). 「模擬温泉環境下におけるウイルスの珪化」.アストロバイオロジー. 10 (6): 569–576. Bibcode :2010AsBio..10..569L. doi :10.1089/ast.2010.0463. PMID 20735248. S2CID 7274625.
- ^ abc Emerman, M.; Malik, HS (2010). 「古ウイルス学 – 古代ウイルスの現代的影響」. PLOS Biology . 8 (2): e1000301. doi : 10.1371 /journal.pbio.1000301 . PMC 2817711. PMID 20161719.
- ^ Katzourakis, Aris; Gifford, Robert J. (2010年11月18日). 「動物ゲノムにおける内因性ウイルス要素」. PLOS Genetics . 6 (11): e1001191. doi : 10.1371/journal.pgen.1001191 . PMC 2987831. PMID 21124940 .
- ^ Weiss, RA (2006年10月3日). 「内因性レトロウイルスの発見」. Retrovirology . 3:67 . doi : 10.1186/1742-4690-3-67 . PMC 1617120. PMID 17018135 .
- ^ Pakorn Aiewsakun、Aris Katzourakis (2015)。「内因性ウイルス：最近と古代のウイルス進化のつながり」。J . Virol。479–480 : 26–37。doi : 10.1016/j.virol.2015.02.011。PMID 25771486。
- ^ Aris Katzourakis、Robert J. Gifford (2010)。「動物ゲノム内の内因性ウイルス要素」。PLOS Genet . 6 (11): e1001191. doi : 10.1371/journal.pgen.1001191 . PMC 2987831 . PMID 21124940。
- ^ Taylor, DJ; J. Bruenn (2009). 「非レトロウイルスRNAウイルスからの新規真菌遺伝子の進化」BMC Biology . 7 : 88. doi : 10.1186/1741-7007-7-88 . PMC 2805616 . PMID 20021636.
- ^ Koonin, E. (2010). 「賢い者の飼い慣らし: RNAウイルスからの新規真核生物遺伝子」BMC Biology . 8 : 2. doi : 10.1186/1741-7007-8-2 . PMC 2823675 . PMID 20067611.
- ^ Lida, Atsuo (2020). 「哺乳類種におけるRNAウイルスの遺伝的内因性化」(PDF) . bioRxiv . doi : 10.1101/2020.01.19.911933 .
- ^ 「古代の「化石」ウイルスは感染が何百万年も前からあったことを示している」、キャサリン・ハーモン著、サイエンティフィック・アメリカン、 2010年9月29日
- ^ 「絶滅したレトロウイルスを復活させる方法」、サイエンティフィック・アメリカン、 2006年11月2日
- ^ Yong, Ed (2014年3月3日). 「69,000年前の氷から復活した巨大ウイルス」. Nature . doi :10.1038/nature.2014.14801. S2CID 87146458.
- ^ モレル、レベッカ（2014年3月3日）。「3万年前の巨大ウイルスが復活」BBCニュース。