PDLI5 について

PDLI5 について
利用可能な構造
ＰＤＢ	オルソログ検索: PDBe RCSB
PDB IDコードのリスト
	2UZC、2DAR
識別子
エイリアス	PDLIM5、ENH、ENH1、LIM、L9、PDZ、LIMドメイン5
外部ID	OMIM : 605904; MGI : 1927489; HomoloGene : 21289; GeneCards : PDLIM5; OMA :PDLIM5 - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト）
クロ。	染色体4（ヒト）
終わり	94,668,227 bp
遺伝子の位置（マウス）
クロ。	染色体3（マウス）
終わり	142,101,457 bp
RNA発現パターン
	トップの表現
	上腕二頭筋の骨格筋組織; ; 腹直筋の骨格筋組織; ; 右心室; ; 上腕三頭筋; ; 臀筋; ; 胸郭横隔膜; ; 脈絡叢上皮; ; 太ももの筋肉; ; 腓腹筋; ; 舌の体;
	トップの表現
	ヒラメ筋; ; 心室の心筋; ; 房室弁; ; 太ももの筋肉; ; 大腿四頭筋; ; 外側広筋; ; 心室中隔; ; 胸鎖乳突筋; ; 前脛骨筋; ; 腓腹筋の内側頭;
	参照表現データの詳細
	; ; ; ;
	参照表現データの詳細
遺伝子オントロジー
分子機能	タンパク質結合; 金属イオン結合; タンパク質N末端結合; アクチン結合; アクチニン結合; プロテインキナーゼC結合; 細胞間接着に関与するカドヘリン結合; 筋肉のα-アクチニン結合;
細胞成分	細胞質; 細胞接合; ニューロン投影; シナプス後膜; 細胞膜; シナプス; アクチン細胞骨格; 膜; シナプス後密度; 細胞質; ストレスファイバー; Z ディスクドカック; フィラメント状アクチン;
生物学的プロセス	樹状突起棘の形態形成の制御; シナプス形成の調節; 細胞間接着; 心筋細胞の発達に関与する細胞の成長; 心臓の発達; アクチン細胞骨格組織; 筋肉構造の発達;
	出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
	10611
	56376
	ENSG00000163110
	ENSMUSG00000028273
	Q96HC4
	Q8CI51
NM_001011513 ; NM_001011515 ; NM_001011516 ; NM_001256425 ; NM_001256426;
	NM_001256427 ; NM_001256428 ; NM_001256429 ; NM_006457
NM_001190852 ; NM_001190853 ; NM_001190854 ; NM_001190855 ; NM_001190856;
	NM_001190857 ; NM_019808 ; NM_019809 ; NM_022554
NP_001011513 ; NP_001011515 ; NP_001011516 ; NP_001243354 ; NP_001243355;
	NP_001243356 ; NP_001243357 ; NP_001243358 ; NP_006448
NP_001177781 ; NP_001177782 ; NP_001177783 ; NP_001177784 ; NP_001177785;
	NP_001177786 ; NP_062782 ; NP_062783 ; NP_072048
	ウィキデータ
人間の表示/編集	マウスの表示/編集

PDZおよびLIMドメインタンパク質5は、ヒトではPDLIM5遺伝子によってコードされるタンパク質である。^[5]^[6]

この遺伝子によってコードされるタンパク質は、LIM ドメインタンパク質です。LIM ドメインは、タンパク質間相互作用に関与する 50 ～ 60 個のアミノ酸からなるシステインに富んだ二重亜鉛フィンガーです。LIM ドメインを含むタンパク質は、多タンパク質複合体の形成のための足場です。これらのタンパク質は、細胞骨格の組織化、細胞系統の指定、器官の発達、および腫瘍形成に関与しています。コードされるタンパク質は、N 末端に 100 個のアミノ酸からなる PDZ ドメイン、 C 末端に 1 ～ 3 個の LIM ドメインを持つタンパク質ファミリーである Enigma クラスタンパク質のメンバーでもあります。この遺伝子には、異なるアイソフォームをコードする複数の転写バリアントが見つかっていますが、そのすべてが完全に特徴付けられているわけではありません。^[6]

インタラクション

PDLIM5はPRKCB1と相互作用することが示されている。^[7]

参考文献

^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000163110 – Ensembl、2017 年 5 月
^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000028273 – Ensembl、2017 年 5 月
^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ Wu M、Li Y、Ji C、Xu J、Zheng H、Zou X、Gu S、Lou Y、Xie Y、Mao Y (2004 年 9 月)。「AD 関連ニューロン糸タンパク質 (AD7c-NTP) の相同遺伝子である新規ヒト遺伝子 PDLIM5 のクローニングと同定」。DNA Seq . 15 ( 2): 144–7。doi : 10.1080 /10425170310001656756。PMID 15346770。S2CID 36916587 。
^ ab 「Entrez Gene: PDLIM5 PDZ および LIM ドメイン 5」。
^ 黒田誠; 徳永千恵; 清原勇; 樋口修; 小西秀; 水野健; ギル GN; 吉川宇 (1996年12月). 「ジンクフィンガーLIMドメインとプロテインキナーゼCのタンパク質間相互作用」. J. Biol. Chem . 271 (49): 31029–32. doi : 10.1074/jbc.271.49.31029 . ISSN 0021-9258. PMID 8940095.

さらに読む

須藤健、知念健、中村勇 (1995)。「ヒト胎児肺 cDNA ライブラリーからの 2058 発現配列タグ (EST)」。ゲノミクス。24 ( 2 ): 276–9。doi : 10.1006 /geno.1994.1616。PMID 7698749 。
Bonaldo MF、Lennon G、Soares MB (1997)。「正規化と減算: 遺伝子発見を容易にする 2 つのアプローチ」。Genome Res . 6 (9): 791–806. doi : 10.1101/gr.6.9.791 . PMID 8889548。
黒田聡、徳永千恵、清原勇、他 (1997)。「ジンクフィンガー LIM ドメインとプロテインキナーゼ C のタンパク質間相互作用」。J . Biol. Chem . 271 (49): 31029–32. doi : 10.1074/jbc.271.49.31029 . PMID 8940095。
Ueki N, Seki N, Yano K, et al. (1999). 「ラットエニグマホモログ（ENH）との相同性を示すヒトLIMタンパク質遺伝子の単離、組織発現、および染色体割り当て」J. Hum. Genet . 44 (4): 256–60. doi : 10.1007/s100380050155 . PMID 10429367.
Nakagawa N, Hoshijima M, Oyasu M, et al. (2000). 「PDZ および LIM ドメインを含む心臓/骨格筋特異的タンパク質 ENH は、PDZ ドメインを介して細胞骨格タンパク質と結合する」。Biochem . Biophys. Res. Commun . 272 (2): 505–12. doi :10.1006/bbrc.2000.2787. PMID 10833443。
Hartley JL、Temple GF、Brasch MA (2001)。「In Vitro 部位特異的組換えを用いた DNA クローニング」。Genome Res . 10 (11): 1788–95. doi :10.1101/gr.143000. PMC 310948 . PMID 11076863。
Wiemann S、Weil B、Wellenreuther R、他 (2001)。「ヒト遺伝子およびタンパク質のカタログに向けて：ヒトcDNAをコードする新規完全タンパク質500種の配列決定および分析」。Genome Res . 11 (3): 422–35. doi :10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166 。
Simpson JC、Wellenreuther R、Poustka A、et al. (2001)。「大規模cDNAシーケンシングによって同定された新規タンパク質の系統的細胞内局在」。EMBO Rep . 1 (3): 287–92. doi :10.1093/embo-reports/kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614 。
Strausberg RL、Feingold EA、Grouse LH、他 (2003)。「15,000 を超える完全長のヒトおよびマウス cDNA 配列の生成と初期分析」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 99 ( 26): 16899–903。Bibcode : 2002PNAS ... 9916899M。doi : 10.1073/ pnas.242603899。PMC 139241。PMID 12477932。
Maeno-Hikichi Y, Chang S, Matsumura K, et al. (2003). 「PKC ε-ENH チャネル複合体は N 型 Ca2+ チャネルを特異的に調節する」Nat. Neurosci . 6 (5): 468–75. doi :10.1038/nn1041. PMID 12665800. S2CID 19964052.
岩本健、垣内千恵、文堂正之、他 (2004)。「主要な精神疾患患者の死後脳の遺伝子発現プロファイルの比較による双極性障害の分子特性評価」。分子精神医学。9 (4): 406–16。doi : 10.1038/ sj.mp.4001437。PMID 14743183。
Petroziello J、Yamane A、Westendorf L、他 (2004)。「抑制サブトラクティブハイブリダイゼーションと発現プロファイリングにより、非小細胞肺癌で過剰発現する遺伝子のユニークなセットが特定される」。Oncogene . 23 (46): 7734–45. doi : 10.1038/sj.onc.1207921 . PMID 15334068。
岩本和人、文藤正人、鷲塚俊他(2004)。「双極性障害および統合失調症患者由来のリンパ芽球様細胞におけるHSPF1およびLIMの発現」。J. ハム。ジュネット。49 (5): 227–31。土井：10.1007/s10038-004-0136-5。PMID 15362566。
Gerhard DS、Wagner L、Feingold EA、他 (2004)。「NIH 完全長 cDNA プロジェクトの状況、品質、および拡張: 哺乳類遺伝子コレクション (MGC)」。Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 。
Wiemann S, Arlt D, Huber W, et al. (2004). 「ORFeome から生物学へ: 機能ゲノミクスパイプライン」Genome Res . 14 (10B): 2136–44. doi :10.1101/gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336 .
Niederländer N、Fayein NA、Auffray C、Pomiès P (2005)。「骨格筋で特異的に発現するエニグマホモログファミリーの新しいヒトアイソフォームの特性」。Biochem . Biophys. Res. Commun . 325 (4): 1304–11. doi :10.1016/j.bbrc.2004.10.178. PMID 15555569。
Kato T, Iwayama Y, Kakiuchi C, et al. (2005). 「双極性障害および統合失調症におけるLIM（PDLIM5）の遺伝子発現および関連解析」Mol. Psychiatry . 10 (11): 1045–55. doi : 10.1038/sj.mp.4001719 . PMID 16044170.
Rual JF、Venkatesan K、Hao T、他 (2005)。「ヒトタンパク質間相互作用ネットワークのプロテオームスケールマップに向けて」。Nature . 437 ( 7062 ) : 1173–8。Bibcode :2005Natur.437.1173R。doi : 10.1038 /nature04209。PMID 16189514。S2CID 4427026。
Horiuchi Y, Arai M, Niizato K, et al. (2006). 「遺伝子発現と統合失調症に関連するPDLIM5遺伝子の多型」Biol. Psychiatry . 59 (5): 434–9. doi :10.1016/j.biopsych.2005.07.041. PMID 16213469. S2CID 22930796.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000163110 – Ensembl、2017 年 5 月

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000028273 – Ensembl、2017 年 5 月

[3] 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[4] 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[pmid15346770-5] Wu M、Li Y、Ji C、Xu J、Zheng H、Zou X、Gu S、Lou Y、Xie Y、Mao Y (2004 年 9 月)。「AD 関連ニューロン糸タンパク質 (AD7c-NTP) の相同遺伝子である新規ヒト遺伝子 PDLIM5 のクローニングと同定」。DNA Seq . 15 ( 2): 144–7。doi : 10.1080 /10425170310001656756。PMID 15346770。S2CID 36916587 。

[entrez-6] 「Entrez Gene: PDLIM5 PDZ および LIM ドメイン 5」。

[pmid8940095-7] 黒田誠; 徳永千恵; 清原勇; 樋口修; 小西秀; 水野健; ギル GN; 吉川宇 (1996年12月). 「ジンクフィンガーLIMドメインとプロテインキナーゼCのタンパク質間相互作用」. J. Biol. Chem . 271 (49): 31029–32. doi : 10.1074/jbc.271.49.31029 . ISSN 0021-9258. PMID 8940095.