マジックペンゲル：色の探求

物語は、あなた（主人公 - このキャラクターはゲームの「二人称」感を保つために表示されず、デフォルトの名前も付けられていませんが、見えないキャラクターは少年であることが示唆されています）が誰かの庭で目を覚まし、ペンゲルを見つけるところから始まります。謎の声が、ペンゲルを使って好きなものを何でも描くことができ、その形が冒険の仲間になると告げます。あなたは最初のドゥードルにするために簡単な形を描きますが、ドゥードルは崖から落ち、少女に助けられます。その後、ドゥードルは逃げ出します。少女はあなたに説教した後、ゾーイと名乗り、次に彼女の（養）兄であるタロウを紹介します。彼女はあなたをトーナメントが開催されているアリーナに連れて行き、決闘の方法を教えます。あなたは勝ち、ゾーイはあなたが獲得したカラーの一部を税金として徴収した王国の衛兵に腹を立てます。

人間界を支配する王は腐敗しており、純粋な心を持つ人々を強制的に落書きを描かせて働かせようとしていることが明らかになる。王の優秀な落書き師の一人、ガリレオ（ゾーイとタロウの父親）が行方不明になり、王はゾーイとタロウの故郷を奪うことで復讐を企んでいる。ゾーイとタロウはガリレオの行方を知らず、ボトルに手紙を入れて海に投げ込み、父親を探している。ゾーイとタロウが故郷の抵当権を返済し、父親を探すのを手伝い、最終的には落書き王を倒すために、トーナメントに参加して資金を集めなければならない。

『マジックペンゲル』は、キャラクターの自由度の高さで知られており、プレイヤーは自分だけのキャラクターを作成できます。『落書き王国』シリーズの第2作目である『グラフィティキングダム』とは異なり、「主人公」は存在しません。物語は、プレイヤーがゾーイとタロウの世界に吸い込まれることを中心に展開します。しかし、物語の中で重要な役割を果たす少数の主要キャラクターと、多数の脇役キャラクターが登場します。

• ペンゲルとは、命を吹き込まれた落書きを描く能力を持つ生き物です。物語が進み、決闘に勝利するにつれて、より強力な落書きを生み出すことができるようになります。ペンゲルを宿せるのは、純粋な心を持つ者だけです。にもかかわらず、意地悪な人を含め、ほとんどの人がペンゲルを宿していますが、一度自分の落書きに腹を立てたゾーイはペンゲルを持っていません。
• ゾーイはプレイヤーの親友で、王を嫌う頑固な少女です。デンカという少年によると、彼女はデンカの恋人だそうですが、ゾーイはデンカに好意を抱いているようなそぶりは一切見せません。以前はペンゲルを使うことができましたが、養父が姿を消した際にドゥードルズを責め、怒りを募らせました。その結果ペンゲルが消え、それ以来ずっと罪悪感に苛まれていると告白しています。周囲の誰もがガリレオの死を信じようとしないにもかかわらず、ゾーイはそれを信じようとしません。物語の最後で、ゾーイとタロウは引っ越してしまいます。
• 太郎は、ゾーイの義理の兄弟であり、有名な落書き師ガリレオの息子です。太郎は無邪気で、時々泣き虫な少年で、ゾーイを尊敬していますが、ゾーイがいつも怒って彼を赤ん坊呼ばわりするので腹を立てています。確かに彼はよく泣きますが、ペンゲルを使いこなすことができ、意外にも優れたデュエリストです。ごく稀に、海辺の闘技場であなたと対戦することになります。
• モノモノは、ある日突然ゾーイとタロウの家に現れた謎の少年。彼は自然物から色を奪い取ることでカラージェムを作り出す能力を持っている。実はモノモノはガリレオが描いた落書きで、ガリレオが彼に言葉を教え、息子のように育てたのだという。モノモノはゾーイとタロウが送った瓶を頼りに島にやって来た。ガリレオの真実、つまり彼が既に死んでいることを告げるためだ。その後、モノモノは落書き王の生まれ変わりであることが明らかになり、プレイヤーはゲームの最後に彼を倒さなければならない。
• ガリレオは、王に仕えることを避けるために逃亡した世界的に有名な落書き師で、息子と養女を残し、古い家以外何も残さなかった。彼は留守の間、寂しさを紛らわすためにモノという名の落書きを描いていたが、モノが幼いうちに亡くなってしまった。彼の死因、そしてゾーイとタロウを助けに戻るつもりがあったのか、あるいは王と戦うつもりがあったのかは不明である。
• キング：人間界の腐敗した支配者であるキングは、熟練の決闘者たちに自分のために絵を描くことを強要する。やがて、この行為に激怒したドゥードルキングは、世界からすべての色を奪い去ってしまう。
• キバ：ガリレオの親友だったと主張する男。ゾーイとタロウは最初は彼に好感を抱くが、後に彼が国王のために働く二重スパイであることが判明する。