これは、 1227年にチャガタイ・ハーンが国を継承してから、 1687年にジュンガルとその属国によって権力から追放されるまで、チャガタイ・ハーン国の君主として君臨したチャガタイ・ハーンの一覧です。チャガタイ・ハーンの権力は様々でした。その始まりから、ハーン国はモンゴル国家の中で最も弱いものの1つであり、その支配者はしばしば野心的な征服者の名ばかりの存在でした(カイドゥとティムールを参照)。
注:以下のリストは不完全です。小規模な領地を支配していたものの、比較的重要性の低い傍系は含まれていません。

国家の残党は、ホージャ族の二つの対立する分派、アクタグリクとカラタグリクに支配された。ジュンガル族の影響下にある連合体であるホージャ族のアクタグリク分派はカシュガルで権力を握り、ヤヒヤ・ホージャの息子であるアフマド・ホージャがハーンに即位した。ヤルカンドではカラタグリクが権力を握り、ホージャ・ダニヤルがハーンに即位したことで、カシュガルとヤルカンドの間で内戦が勃発した。1713年、ヤルカント・ハン国の残存勢力であるアルティシャル(6都市の連合体)は、ツェワン・ラプタン率いるジュンガル・ハン国の属国となり、6都市すべてから毎年1タンガの銀貨を貢納することになった。ヤルカンドには10万タンガ、カシュガルには6万7千タンガが貢納額として定められ、この時、ジュンガル人は貢納金の徴収を担当するカラ・タグリクを設置した。1752年、アルティシャルはカラ・タグリクの指導者ホジャ・ダニヤルの息子ホジャ・ユスプの指導の下、ジュンガル・ハン国に対する反乱を起こし、独立を回復した。 1755年、アフマド・ホジャの息子でアッパク・ホジャの曾孫にあたるアク・タグリクのブルハン・アッディン・ホジャとジャハン・ホジャは、イリ川渓谷でジュンガルの捕虜から清軍によって救出され、アルティシャールに送られ、同国に対する清朝の委任統治権を主張した。続くカラとの血みどろの戦争でタグリク兄弟は勝利を収め、1756年にアルティシャールの完全な支配を確立したが、その後は清朝への服従を拒否した。1759年、アルティシャールは清朝に征服され、1760年にその領土に南路省が設置された。一方、1756年に清朝によって滅ぼされた旧ジュンガル・ハン国の領土には北路省が設置された。
マンスール・ハーンの後継者たちは、ヤルカンドに拠点を置く大ハーンとは対照的に、トゥルファンに拠点を置く小ハーンの称号を保持していた。
ジュンガル族に併合された。1756年に清朝によってジュンガル・ハン国が滅ぼされた後、王朝の残党は半自治的なクムル・ハン国として20世紀まで存続し、最後の統治者マクスード・シャーは1930年に死去した。