ホモサピエンス種のタンパク質コード遺伝子
| LSM6 |
|---|
|
| 利用可能な構造 |
|---|
| ＰＤＢ | オルソログ検索: PDBe RCSB |
|---|
|
|
| 識別子 |
|---|
| エイリアス | LSM6、YDR378C、LSM6ホモログ、U6小核RNAおよびmRNA分解関連 |
|---|
| 外部ID | オミム: 607286; MGI : 1925901;ホモロジーン: 38271;ジーンカード：LSM6; OMA :LSM6 - オルソログ |
|---|
|
| 遺伝子の位置（マウス） |
|---|
 | | クロ。 | 染色体8（マウス）[2] |
|---|
| | バンド | 8|8 C1 | 始める | 79,531,494 bp [2] |
|---|
| 終わり | 79,547,769 bp [2] |
|---|
|
| RNA発現パターン |
|---|
| ブギー | | 人間 | マウス（相同遺伝子） |
|---|
| トップの表現 | - 単球
- 顆粒球
- 付録
- リンパ節
- アキレス腱
- 腹部の脂肪
- 神経節隆起
- 横行結腸粘膜
- 右肺
- ランゲルハンス島
|
| | トップの表現 | - 手
- 心内膜クッション
- 房室弁
- 腹壁
- 胚
- 真皮
- 胚
- 心室帯
- 胚葉上層
- 耳小胞
|
| | 参照表現データの詳細 |
|
|---|
| バイオGPS |  | | 参照表現データの詳細 |
|
|---|
|
| 遺伝子オントロジー |
|---|
| 分子機能 | | | 細胞成分 |
- 細胞質
- 細胞質
- 核質
- 小さな核リボ核タンパク質複合体
- スプライソソーム複合体
- 細胞外エクソソーム
- 核
- Pボディ
- U6 スナバ
- 核小体
- sno(s)RNA含有リボ核タンパク質複合体
- U4/U6 x U5 トリスnRNP複合体
- U2型プレ触媒スプライソソーム
- Lsm2-8複合体
| | 生物学的プロセス |
- tRNA処理
- mRNA処理
- RNAスプライシング
- 脱アデニル化mRNAのエキソヌクレアーゼ分解
- rRNA処理
- スプライソソームを介したmRNAスプライシング
- SSU-rRNAの成熟
| | 出典:Amigo / QuickGO |
|
|
| ウィキデータ |
|
U6 snRNA関連Sm様タンパク質LSm6は、ヒトではLSM6遺伝子によってコードされるタンパク質である。[5] [6] [7]
Sm 様タンパク質は、Sm タンパク質ファミリーとの配列相同性に基づいて、さまざまな生物で同定されました( SNRPD2、MIM 601061 を参照)。Sm 様タンパク質には、ループとして折り畳まれる可変長のリンカーによって分離された 2 つの領域で構成される Sm 配列モチーフが含まれています。
Sm様タンパク質は、pre-mRNAスプライシングに重要なtri-snRNP粒子中に存在する安定したヘテロマーを形成すると考えられています。[OMIM提供] [7]
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000164167 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000031683 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ Salgado-Garrido J、Bragado-Nilsson E 、Kandels-Lewis S、Seraphin B (1999 年 8 月)。「Sm および Sm 様タンパク質は、進化の深い起源を持つ 2 つの関連複合体に集合する」。EMBO J. 18 (12): 3451–62. doi :10.1093/emboj/18.12.3451. PMC 1171424. PMID 10369684 。
- ^ Achsel T、Brahms H、Kastner B、Bachi A、Wilm M、Luhrmann R (1999 年 12 月)。「ドーナツ型のヒト Sm 様タンパク質ヘテロマーが U6 snRNA の 3' 末端に結合し、in vitro で U4/U6 二重鎖形成を促進する」。EMBO J. 18 ( 20): 5789–802. doi :10.1093/emboj/18.20.5789. PMC 1171645. PMID 10523320 。
- ^ ab "Entrez Gene: LSM6 LSM6 ホモログ、U6 小核 RNA 関連 (S. cerevisiae)"。
さらに読む
- Friesen WJ、Dreyfuss G (2000)。「Sm および Sm 様 (Lsm) タンパク質の特定の配列は、脊髄性筋萎縮症遺伝子産物 (SMN) との相互作用を媒介する」。J . Biol. Chem . 275 (34): 26370–5. doi : 10.1074/jbc.M003299200 . PMID 10851237。
- Eystathioy T、 Peebles CL、 Hamel JC、et al. (2002)。「抗Sm血清中のhLSm4に対する自己抗体と7量体LSm複合体」。Arthritis Rheum。46 ( 3): 726–34。doi : 10.1002/ art.10220。PMID 11920408 。
- Strausberg RL、Feingold EA、Grouse LH、他 (2003)。「15,000 を超える完全長のヒトおよびマウス cDNA 配列の生成と初期分析」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 99 ( 26): 16899–903。Bibcode : 2002PNAS ... 9916899M。doi : 10.1073/ pnas.242603899。PMC 139241。PMID 12477932。
- Ingelfinger D、Arndt-Jovin DJ、Lührmann R 、Achsel T (2003)。「ヒト LSm1-7 タンパク質は、mRNA 分解酵素 Dcp1/2 および Xrnl と、異なる細胞質フォーカスで共存します」。RNA。8 ( 12 ) : 1489–501。doi : 10.1017/S1355838202021726。PMC 1370355。PMID 12515382。
- Lehner B、Sanderson CM (2004)。「ヒトmRNA分解のためのタンパク質相互作用フレームワーク」。Genome Res . 14 (7): 1315–23. doi :10.1101/gr.2122004. PMC 442147. PMID 15231747 。
- Gerhard DS、Wagner L、Feingold EA、他 (2004)。「NIH 完全長 cDNA プロジェクトの現状、品質、拡大: 哺乳類遺伝子コレクション (MGC)」。Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 。
- Rual JF、Venkatesan K、Hao T、他 (2005)。「ヒトタンパク質間相互作用ネットワークのプロテオームスケールマップに向けて」。Nature . 437 ( 7062 ) : 1173–8。Bibcode :2005Natur.437.1173R。doi : 10.1038 /nature04209。PMID 16189514。S2CID 4427026。
