KHドメイン

KHドメイン
ヒトタンパク質ビジリンの KH ドメインの構造。
識別子
シンボル	ＫＨ_１
パファム	PF00013
ファム一族	CL0007
エコド	327.11.2
インタープロ	著作権
頭いい	ケニア
SCOP2	1vig / スコープ / SUPFAM
利用可能なタンパク質構造: パファム   構造 / ECOD   ＰＤＢ RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBサム 構造の概要 ＰＤＢ 1dt4 ​、1dtj ​、1e3h ​、1e3p ​、1ec6 ​、1j4w ​、1j5k ​、1k1g ​、1khm ​、1tua ​、1vig ​、1vih ​、1we8 ​、1wvn ​、1x4m ​、1x4n ​、1ztg ​、1zzi ​、1zzj ​、1zzk ​、2axy ​、2ba0 ​、2bl5 ​、2cpq ​、2cte ​、2ctf ​、2ctj ​、2ctk ​、2ctl ​、2ctm ​、2fmr ​、2je6 ​、2jea ​、2p2r ​、2pqu ​、2py9 ​、2z0s

Kホモロジー（KH）ドメインは、ヒト異種核リボ核タンパク質（hnRNP）Kで初めて同定されたタンパク質ドメインである。約70個のアミノ酸からなる進化的に保存された配列であるKHドメインは、さまざまな核酸結合タンパク質に存在している。KHドメインはRNAに結合し、RNA認識において機能することができる。^[1]これはいくつかのタンパク質に複数のコピーとして存在し、協調的または独立して機能することができる。例えば、4つのKHドメインを持つAUリッチエレメントRNA結合タンパク質KSRPでは、KHドメイン3と4は独立した結合モジュールとして機能し、AUリッチRNAターゲットの異なる領域と相互作用する。^[1]核磁気共鳴（NMR）によって決定されたFMR1の最初のKHドメインとhnRNP KのC末端KHドメインの溶液構造は、ベータ-アルファ-アルファ-ベータ-ベータ-アルファ構造を明らかにした。^{[2] [3]} KHドメインタンパク質であるNOVA1に対する自己抗体は、腫瘍随伴性オプソクローヌス運動失調症を引き起こす。KHドメインはリボソームタンパク質S3のN末端に見られる。このドメインは、通常のKHドメインと比較して異なる折り畳み構造を持つという点で珍しい。^[4]

KHドメインはRNAまたは一本鎖DNAに結合します。核酸はドメインの片側を横切る拡張構造で結合します。結合は、アルファヘリックス1、アルファヘリックス2、GXXGループ（高度に保存された配列モチーフを含む）、および可変ループの間に形成される溝で発生します。^[5]結合溝は本質的に疎水性であり、複合体を安定化するためにさまざまな追加のタンパク質特異的相互作用があります。Valverdeと同僚は、「他のタイプの一本鎖核酸結合モチーフで一般的である核酸塩基とタンパク質の芳香族側鎖のスタッキング相互作用は、KHドメインの核酸認識では顕著に欠けている」と述べています。^[5]

構造的には、グリシンによってタイプ I とタイプ II と呼ばれる 2 つの異なるタイプの KH ドメインが特定されています。^[4]タイプ I ドメインは主に真核生物のタンパク質に見られ、タイプ II ドメインは主に原核生物に見られます。両方のタイプは最小限のコンセンサス配列モチーフを共有していますが、構造的な折り畳みは異なります。タイプ I KH ドメインには 3 つのストランド ベータ シートがあり、3 つのストランドはすべて反平行です。タイプ II ドメインでは、3 つのベータ ストランドのうち 2 つが平行方向にあります。タイプ I ドメインは通常、タンパク質内に複数のコピーで見られますが、タイプ II は通常、タンパク質ごとに 1 つのコピーで見られます。^[5]

AKAP1 ; ANKHD1 ; ANKRD17 ; ASCC1 ; BICC1; DDX43 ; DDX53 ; DPPA5; ERAL1; FMR1 ; FUBP1 ; FUBP3; FXR1 ; FXR2 ; GLD1; HDLBP ; HNRPK ; IGF2BP1 ; IGF2BP2 ; IGF2BP3 ; KHDRBS1 ; KHDRBS2; KHDRBS3 ; KHSRP ; KRR1 ; MEX3A; MEX3B ; MEX3C; MEX3D ; ノヴァ1 ; ノヴァ2 ; PCBP1 ; PCBP2 ; PCBP3 ; PCBP4 ; PNO1 ; PNPT1; QKI ; SF1 ; TDRKH ;