ハロルブルムラクスプロフンディ

ハロルブルムラクスプロフンディ
科学的分類
ドメイン：	古細菌
王国：	ユーリアキオータ
門:	ユーリアキオータ
クラス：	ハロバクテリア
注文：	ハロフェラ目
家族：	ハロルブラス科
属:	ハロルブルム
種：	H. ラクスプロフンディ; フランツマンら 1989
二名法名
	ハロルブルムラクスプロフンディ;
同義語
	Halobacterium lacusprofundi Franzmann et al. 1989年 ;

Halorubrum lacusprofundiは、 Halorubraceae科に属する桿菌で、好塩性古細菌である。 1980年代に南極のディープレイクから初めて分離された^{。 [3]}

ゲノム

H. lacusprofundiにはいくつかの株が発見されている。ACAM 32 株のゲノム配列は2008 年に完了した。この生物のゲノムは 2 つの環状染色体と 1 つの環状プラスミドで構成されている。染色体 I には2,801 個の遺伝子をコードする2,735,295塩基対が含まれ、染色体 II には 522 個の遺伝子をコードする 525,943 塩基対が含まれる。単一のプラスミドには 402 個の遺伝子をコードする 431,338 塩基対が含まれる。^[4]H. lacusprofundi (R1S1)の少なくとも 1 つの株には、小胞に包まれたウイルス様粒子を使用するメカニズムを介して行われる水平遺伝子伝達を可能にするプラスミド (pR1SE) が含まれている。^[5]^[6]^[7]

研究

β-ガラクトシダーゼ酵素は、低温、高塩分環境でタンパク質がどのように機能するかを理解するために広範囲に研究されてきました。^[8]^[9]

参考文献

^ 「LPSN - 命名法に基づいた原核生物の名前のリスト」のページ種: Halorubrum lacusprofundi 。 Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen 。2022 年9 月 10 日に取得。
^ 「NCBI」の「Taxonomy browser (Halorubrum lacusprofundi)」のページ。 2022年9月10日閲覧。
^ Franzmann PD, Stacklebrandt E, Sanderson K, Volkman JK, Camberon DE, Stevenson PL, McMeekin TA, Burton HR (1988). 「Halobacterium lacusprofundii sp . nov.、南極のディープレイクから分離された好塩性細菌」。系統的および応用微生物学。11 (1): 20–27。doi :10.1016/S0723-2020(88)80044-4。
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[LPSN-1] 「LPSN - 命名法に基づいた原核生物の名前のリスト」のページ種: Halorubrum lacusprofundi 。 Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen 。2022 年9 月 10 日に取得。

[NCBI-2] 「NCBI」の「Taxonomy browser (Halorubrum lacusprofundi)」のページ。 2022年9月10日閲覧。

[Frazmann1998-3] Franzmann PD, Stacklebrandt E, Sanderson K, Volkman JK, Camberon DE, Stevenson PL, McMeekin TA, Burton HR (1988). 「Halobacterium lacusprofundii sp . nov.、南極のディープレイクから分離された好塩性細菌」。系統的および応用微生物学。11 (1): 20–27。doi :10.1016/S0723-2020(88)80044-4。

[4] Anderson IJ、DasSarma P、Lucas S、Copeland A、Lapidus A、Del Rio T、Tice H、Dalin E、Bruce DC、Goodwin L、Pitluck S、Sims D、Brettin TS、Detter JC、Han CS、Larimer F、Hauser L、Land M、Ivanova N、Richardson P、Cavicchioli R、DasSarma S、Woese CR、Kyrpides (2016)。「南極のHalorubrum lacusprofundiタイプ株ACAM 34の完全なゲノム配列」。Standards in Genomic Sc iences。11 ( 1 ): 70。doi : 10.1186/ s40793-016-0194-2。PMC 5018182。PMID 27617060。

[5] ^ Erdmann S、Tschitschko B、Zhong L、 Raftery MJ、Cavicchioli R (2017 年 9 月 9 日)。「南極のハロアーキア由来のプラスミドは特殊な膜小胞を使用してプラスミドのない細胞に拡散し感染する」。Nature Microbiology。2 ( 10 ) : 1446–1455。doi : 10.1038 /s41564-017-0009-2。PMID 28827601。S2CID 38729395。

[6] ^ Gophna U、Altman-Price N（2022年9月 8日）。「古細菌における遺伝子水平伝播：メカニズムからゲノム進化まで」。Annual Review of Microbiology。76（1）：481–502。doi ：10.1146 /annurev-micro- 040820-124627。ISSN 0066-4227。

[7] Gebhard LJ、Vershinin Z、Alarcón-Schumacher T、Eichler J、Erdmann S（2023年6月）。「Halorubrum lacusprofundiにおけるN-グリコシル化によるウイルス-宿主相互作用への影響」。ウイルス。15 （ 7 ）：1469。doi ：10.3390/ v15071469。PMC 10384203。PMID 37515157。

[8] Karan R, Capes MD, DasSarma P, DasSarma S (2013). 「南極のハロアーキア Halorubrum lacusprofundi 由来のポリエクストリーム好性 β-ガラクトシダーゼのクローニング、過剰発現、精製、および特性評価」BMC Biotechnol . 13 : 10.1186/1472-6750-13-3. doi : 10.1186/1472-6750-13-3 . PMC 3556326. PMID 23320757 .

[9] Laye VJ、Karan R、Kim JM、Pecher WT、DasSarma P、DasSarma S (2017)。「南極のポリエクストリーム好性β-ガラクトシダーゼにおいて低温で酵素活性を高める重要なアミノ酸残基」。PNAS。114 ( 47 ) : 12530–35。Bibcode : 2017PNAS..11412530L。doi : 10.1073 / pnas.1711542114。PMC 5703305。PMID 29109294。