インド

HNRNPD
利用可能な構造
電子データ	オルソログ検索: D6RF44 PDBe D6RF44 RCSB
PDB IDコードのリスト
	1HD0、1HD1、1IQT、1WTB、1X0F、2Z5N
識別子
エイリアス	HNRNPD、AUF1、AUF1A、HNRPD、P37、hnRNPD0、異種核リボ核タンパク質D
外部ID	オミム：601324; MGI : 101947;ホモロジーン: 22410;ジーンカード：HNRNPD; OMA :HNRNPD - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト）
クロ。	染色体4（ヒト）
終わり	82,374,503 bp
遺伝子の位置（マウス）
クロ。	染色体5（マウス）
終わり	100,126,797 bp
RNA発現パターン
	トップの表現
	神経節隆起; ; 心室帯; ; 鼻咽頭上皮; ; 上腕二頭筋の腱; ; 幽門; ; 子宮内膜; ; 歯肉上皮; ; 乳管; ; 胚上皮; ; 扁桃腺;
	トップの表現
	胎児の尾; ; 性器結節; ; 胚葉上層; ; 心室帯; ; 下顎突出; ; 上顎突出; ; 網膜の神経層; ; 腹壁; ; 神経節隆起; ; 体節;
	参照表現データの詳細
	; ; ; ;
	参照表現データの詳細
遺伝子オントロジー
分子機能	テロメアDNA結合; タンパク質結合; アデニン-チミンに富むDNA結合の副溝; mRNA結合; ヒストン脱アセチル化酵素結合; 転写因子結合; クロマチン結合; mRNA 3'-UTR AUリッチ領域結合; DNA結合; 核酸結合; RNA結合; 配列特異的DNA結合; 配列特異的二本鎖DNA結合;
細胞成分	細胞質; 細胞質; 細胞外エクソソーム; 核質; 核; シナプス; リボ核タンパク質複合体;
生物学的プロセス	電気刺激に対する反応; 肝細胞の脱分化; アミノ酸刺激に対する細胞反応; 転写の正の制御、DNAテンプレート; エストラジオールに対する反応; mRNAの安定化; ラパマイシンに対する反応; プトレシンに対する細胞反応; 小脳の発達; 遺伝子発現の負の調節; スプライソソームを介したmRNAスプライシング; 翻訳の積極的な規制; RNA処理; 肝臓の発達; 転写、DNAテンプレート; 概日リズムの調節; カルシウムイオンに対する反応; リン酸ナトリウムに対する反応; 3'-UTRを介したmRNAの不安定化; mRNAの安定性の調節; 一酸化窒素に対する細胞反応; リズミカルなプロセス; エストラジオール刺激に対する細胞反応; 脳の発達; RNA分解プロセス; 翻訳の概日リズム; 転写の調節、DNAテンプレート; 遺伝子発現の正の調節; RNAポリメラーゼIIによるmRNA転写; テロメアキャッピングの正の調節; テロメラーゼRNA逆転写酵素活性の正の調節; テロメア維持の調節; RNA代謝プロセス;
	出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
	3184
	11991
	ENSG00000138668
	ENSMUSG00000000568
	Q14103
	Q60668
	NM_031370 ; NM_001003810 ; NM_002138 ; NM_031369
	NM_001077265 ; NM_001077266 ; NM_001077267 ; NM_007516
	NP_001003810 ; NP_002129 ; NP_112737 ; NP_112738
	NP_001070733 ; NP_001070734 ; NP_001070735 ; NP_031542
	ウィキデータ
人間の表示/編集	マウスの表示/編集

異種核リボ核タンパク質D0 （HNRNPD）は、 AUリッチエレメントRNA結合タンパク質1（AUF1）としても知られ、ヒトではHNRNPD遺伝子によってコードされるタンパク質です。^[5]^{[6]この遺伝子の}選択的スプライシングにより、4つの転写バリアントが生じます。

関数

この遺伝子は、普遍的に発現する異種核リボ核タンパク質(hnRNP)のサブファミリーに属します。hnRNP は核酸結合タンパク質であり、異種核 RNA (hnRNA) と複合体を形成します。RNA 上の相互作用部位は、特定の配列モチーフに偏っていることがよくあります。^{[7]これらのタンパク質は}核内のプレ mRNAと関連しており、プレ mRNA の処理や mRNA 代謝および輸送の他の側面に影響を与えるようです。すべての hnRNP は核内に存在しますが、一部は核と細胞質の間を行き来しているようです。hnRNP タンパク質は、明確な核酸結合特性を持っています。この遺伝子によってコードされるタンパク質には、RNA に結合する準 RRM ドメインの繰り返しが 2 つあります。これは核と細胞質の両方に局在します。このタンパク質は、mRNA の安定性の調節に関与しています。^[6]

インタラクション

HnRNP DはSAFB ^[8]およびHsp27 ^[9]と相互作用することが示されている。また、Mef2c mRNAなどのmRNAと相互作用することが報告されている。^[10]

参考文献

^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000138668 – Ensembl、2017 年 5 月
^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000000568 – Ensembl、2017 年 5 月
^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ Dempsey LA、Li MJ、DePace A、Bray-Ward P、Maizels N (1998 年 8 月)。「ヒト HNRPD 遺伝子座は 4q21 にマッピングされ、高度に保存されたタンパク質をエンコードします」。Genomics . 49 ( 3): 378–384. doi : 10.1006/geno.1998.5237 . PMID 9615222。
^ ab 「Entrez Gene: HNRPD 異種核リボ核タンパク質 D (AU リッチ要素 RNA 結合タンパク質 1、37kDa)」。
^ Mazan-Mamczarz K、Kuwano Y、Zhan M、White EJ、Martindale JL、Lal A、Gorospe M (2009年1月)。「RNA結合タンパク質AUF1の標的mRNAにおけるシグネチャーモチーフの同定」。核酸研究。37 ( 1 ):204–14。doi :10.1093 / nar/gkn929。PMC 2615618。PMID 19033365。
^ Arao Y, Kuriyama R, Kayama F, Kato S (2000 年 8 月). 「核マトリックス関連因子 SAF-B は AUF1/hnRNP D の特定のアイソフォームと相互作用する」. Arch. Biochem. Biophys . 380 (2): 228–36. doi :10.1006/abbi.2000.1938. PMID 10933876.
^ Sinsimer KS、Gratacós FM、Knapinska AM、Lu J、Krause CD、Wierzbowski AV、Maher LR、Scrubadato S、Rivera YM、Gupta S、Turrin DK、De La Cruz MP、Pestka S、Brewer G (2008 年 9 月)。「AUF1 タンパク質複合体の新規サブユニットである Chaperone Hsp27 は、AU リッチ要素を介した mRNA の崩壊に作用する」。Mol . Cell. Biol . 28 (17): 5223–37. doi :10.1128/MCB.00431-08. PMC 2519747. PMID 18573886 。
^ Panda AC、Abdelmohsen K、Yoon JH、Martindale JL、Yang X、Curtis J、Mercken EM、Chenette DM、Zhang Y、Schneider RJ、Becker KG、de Cabo R、Gorospe M (2014 年 8 月)。「RNA 結合タンパク質 AUF1 は MEF2C 発現レベルを制御することで筋形成を促進する」。Mol Cell Biol . 34 (16): 3106–19. doi :10.1128/MCB.00423-14. PMC 4135590 . PMID 24891619。

さらに読む

Tay N、Chan SH、Ren EC (1992)。「B 型肝炎ウイルスエンハンサー II の転写活性化因子として機能する、新規の異種核リボ核タンパク質 C 様タンパク質の同定とクローニング」。J . Virol . 66 (12): 6841–8. doi :10.1128/JVI.66.12.6841-6848.1992. PMC 240284. PMID 1433497 。
Lahiri DK、Thomas JO (1986)。「hnRNP Cタンパク質のcDNAクローンと一本鎖DNA結合タンパク質UP2との相同性」。Nucleic Acids Res . 14 (10): 4077–4094. doi :10.1093/nar/14.10.4077. PMC 339847. PMID 3754960 。
Kajita Y, Nakayama J, Aizawa M, Ishikawa F (1995). 「UUAG 特異的 RNA 結合タンパク質、異種核リボ核タンパク質 D0。2xRBD-Gly ファミリーの共通モジュール構造と結合特性」。J . Biol. Chem . 270 (38): 22167–75. doi : 10.1074/jbc.270.38.22167 . PMID 7673195。
Zhang W、Wagner BJ、Ehrenman K、Schaefer AW、DeMaria CT、Crater D、DeHaven K、Long L、Brewer G (1993 年 12 月)。「AU リッチ要素 RNA 結合タンパク質 AUF1 の精製、特性評価、および cDNA クローニング」。Mol . Cell. Biol . 13 (12): 7652–65. doi :10.1128/MCB.13.12.7652. PMC 364837. PMID 8246982 。
Wagner BJ、Long L、Rao PN、 Pettenati MJ、Brewer G (1996 年 6 月)。「A+U リッチ要素 RNA 結合タンパク質 AUF1 をコードする遺伝子のヒト染色体 4 および X への局在と物理的マッピング」。Genomics。34 ( 2 ): 219–22。doi : 10.1006 /geno.1996.0269。PMID 8661052 。
Kiledjian M、DeMaria CT、Brewer G、Novick K (1997)。「アルファグロビンmRNA安定性複合体の成分としてのAUF1（異種核リボ核タンパク質D）の同定」。Mol . Cell. Biol . 17 (8): 4870–6. doi :10.1128/MCB.17.8.4870. PMC 232339. PMID 9234743 。
Wagner BJ、DeMaria CT、Sun Y、Wilson GM、Brewer G (1998 年 3 月)。「ヒト AUF1 遺伝子の構造とゲノム構成: 選択的プレ mRNA スプライシングにより 4 つのタンパク質アイソフォームが生成」。Genomics . 48 ( 2): 195–202. doi :10.1006/geno.1997.5142. PMID 9521873。
Siomi MC、Fromont M、Rain JC、Wan L、Wang F、Legrain P、Dreyfuss G (1998 年 7 月)。「多様な生物におけるトランスポーター核輸入経路の機能的保全」。Mol . Cell. Biol . 18 (7): 4141–8. doi :10.1128/MCB.18.7.4141. PMC 108998. PMID 9632798 。
Tolnay M、Vereshchagina LA、Tsokos GC (1999)。「異種核リボ核タンパク質 D0B は配列特異的 DNA 結合タンパク質である」。Biochem . J. 338 ( 2): 417–25. doi :10.1042/0264-6021:3380417. PMC 1220068. PMID 10024518 。
Nagata T, Kurihara Y, Matsuda G, Saeki J, Kohno T, Yanagida Y, Ishikawa F, Uesugi S, Katahira M (1999 年 3 月)。「hnRNP D0 の N 末端 UUAG 特異的 RNA 結合ドメインの構造と RNA との相互作用」。J. Mol. Biol . 287 (2): 221–37. doi :10.1006/jmbi.1999.2616. PMID 10080887。
Laroia G、Cuesta R、 Brewer G 、 Schneider RJ (1999)。「熱ショック-ユビキチン-プロテアソーム経路によるmRNA崩壊の制御」。Science。284 ( 5413): 499–502。Bibcode : 1999Sci ...284..499L。doi :10.1126/science.284.5413.499。PMID 10205060 。
Blaxall BC、Dwyer-Nield LD、Bauer AK、Bohlmeyer TJ、Malkinson AM、Port JD (2000 年 6 月)。「腫瘍性肺組織における mRNA 結合タンパク質、AU リッチ要素 mRNA 結合タンパク質 (AUF1) および Hu 抗原 R (HuR) の異なる発現と局在」。Mol . Carcinog . 28 (2): 76–83. doi :10.1002/1098-2744(200006)28:2<76::AID-MC3>3.0.CO;2-0. PMID 10900464. S2CID 25180996。
Moraes KC、Quaresma AJ、Maehnss K、Kobarg J (2003 年 1 月)。「mRNA 結合タンパク質 AUF1 (hnRNP D) のアイソフォームと選択的に相互作用するタンパク質の同定と特性」。Biol . Chem . 384 (1): 25–37. doi :10.1515/BC.2003.004. PMID 12674497. S2CID 30993043。
Arao Y, Kuriyama R, Kayama F, Kato S (2000). 「核マトリックス関連因子 SAF-B は AUF1/hnRNP D の特定のアイソフォームと相互作用する」Arch. Biochem. Biophys . 380 (2): 228–236. doi :10.1006/abbi.2000.1938. PMID 10933876.
Grosset C、Chen CY、Xu N、Sonenberg N、Jacquemin-Sablon H、Shyu AB (2000 年 9 月)。「翻訳的に結合した mRNA ターンオーバーのメカニズム: タンパク質複合体を介したポリ (A) テールと c-fos RNA コーディング決定因子との相互作用」。Cell。103 ( 1 ) : 29–40。doi : 10.1016 / S0092-8674 (00) 00102-1。PMID 11051545。S2CID 18135412 。
Katahira M, Miyanoiri Y, Enokizono Y, Matsuda G, Nagata T, Ishikawa F, Uesugi S (2001 年 8 月). 「hnRNP D0 (AUF1) の C 末端 RNA 結合ドメインの構造、RNA および DNA との相互作用、および DNA との複合体形成時のバックボーンダイナミクスの変化」J. Mol. Biol . 311 (5): 973–88. doi :10.1006/jmbi.2001.4862. PMID 11531333.
Lapucci A、Donnini M、Papucci L、Witort E、Tempestini A、Bevilacqua A、Nicolin A、Brewer G、Schiavone N、Capaccioli S (2002 年 5 月)。「AUF1 は、アポトーシス中の bcl-2 mRNA の不安定化に関与する bcl-2 A + U に富むエレメント結合タンパク質です」 ( PDF)。J . Biol. Chem . 277 (18): 16139–46。doi : 10.1074/ jbc.M201377200。PMID 11856759。
Tolnay M、Juang YT、Tsokos GC (2002)。「タンパク質キナーゼ A は、異種核リボ核タンパク質 D のエクソン 2 でエンコードされたトランスアクチベータードメインの活性を階層的に強化するが、グリコーゲン合成酵素キナーゼ 3 ベータはこれを阻害する」。Biochem . J. 363 ( Pt 1): 127–36. doi :10.1042/0264-6021:3630127. PMC 1222459. PMID 11903055 .
Pioli PA、Hamilton BJ、Connolly JE、Brewer G、Rigby WF (2002 年 9 月)。「乳酸脱水素酵素は、AUF1 と直接相互作用する AU に富んだ要素結合タンパク質です」。J . Biol. Chem . 277 (38): 35738–45. doi : 10.1074/jbc.M204002200 . PMID 12107167。
Shchors K、Yehiely F、Kular RK、Kotlo KU、Brewer G、Deiss LP (2002 年 12 月)。「3' 非翻訳領域由来の細胞死阻害 RNA (CDIR) は AUF1 および熱ショックタンパク質 27 に結合する」。J . Biol. Chem . 277 (49): 47061–72. doi : 10.1074/jbc.M202272200 . PMID 12356764。

外部リンク

PDBe-KBは、ヒト異種核リボ核タンパク質D0（HNRPD）のPDBで利用可能なすべての構造情報の概要を提供します。

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000138668 – Ensembl、2017 年 5 月

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000000568 – Ensembl、2017 年 5 月

[3] 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[4] 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[pmid9615222-5] Dempsey LA、Li MJ、DePace A、Bray-Ward P、Maizels N (1998 年 8 月)。「ヒト HNRPD 遺伝子座は 4q21 にマッピングされ、高度に保存されたタンパク質をエンコードします」。Genomics . 49 ( 3): 378–384. doi : 10.1006/geno.1998.5237 . PMID 9615222。

[entrez-6] 「Entrez Gene: HNRPD 異種核リボ核タンパク質 D (AU リッチ要素 RNA 結合タンパク質 1、37kDa)」。

[7] Mazan-Mamczarz K、Kuwano Y、Zhan M、White EJ、Martindale JL、Lal A、Gorospe M (2009年1月)。「RNA結合タンパク質AUF1の標的mRNAにおけるシグネチャーモチーフの同定」。核酸研究。37 ( 1 ):204–14。doi :10.1093 / nar/gkn929。PMC 2615618。PMID 19033365。

[pmid10933876-8] Arao Y, Kuriyama R, Kayama F, Kato S (2000 年 8 月). 「核マトリックス関連因子 SAF-B は AUF1/hnRNP D の特定のアイソフォームと相互作用する」. Arch. Biochem. Biophys . 380 (2): 228–36. doi :10.1006/abbi.2000.1938. PMID 10933876.

[pmid18573886-9] Sinsimer KS、Gratacós FM、Knapinska AM、Lu J、Krause CD、Wierzbowski AV、Maher LR、Scrubadato S、Rivera YM、Gupta S、Turrin DK、De La Cruz MP、Pestka S、Brewer G (2008 年 9 月)。「AUF1 タンパク質複合体の新規サブユニットである Chaperone Hsp27 は、AU リッチ要素を介した mRNA の崩壊に作用する」。Mol . Cell. Biol . 28 (17): 5223–37. doi :10.1128/MCB.00431-08. PMC 2519747. PMID 18573886 。

[10] Panda AC、Abdelmohsen K、Yoon JH、Martindale JL、Yang X、Curtis J、Mercken EM、Chenette DM、Zhang Y、Schneider RJ、Becker KG、de Cabo R、Gorospe M (2014 年 8 月)。「RNA 結合タンパク質 AUF1 は MEF2C 発現レベルを制御することで筋形成を促進する」。Mol Cell Biol . 34 (16): 3106–19. doi :10.1128/MCB.00423-14. PMC 4135590 . PMID 24891619。