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| Orn/Lys/Arg 脱炭酸酵素、N 末端ドメイン | |||||||||
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 乳酸菌由来の PLP 依存性オルニチン脱炭酸酵素の結晶構造 30a から 3.1 オングストロームの解像度まで | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | OKR_DC_1_N | ||||||||
| パム | PF03709 | ||||||||
| ファム一族 | CL0304 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| プロサイト | PDOC00585 | ||||||||
| SCOP2 | 1ord / スコープ / SUPFAM | ||||||||
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| Orn/Lys/Arg 脱炭酸酵素、主要ドメイン | |||||||||
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乳酸菌由来の PLP 依存性オルニチン脱炭酸酵素の結晶構造 30a から 3.1 オングストロームの解像度まで | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | OKR_DC_1 | ||||||||
| パム | PF01276 | ||||||||
| ファム一族 | CL0061 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| プロサイト | PDOC00585 | ||||||||
| SCOP2 | 1ord / スコープ / SUPFAM | ||||||||
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| Orn/Lys/Arg 脱炭酸酵素、C 末端ドメイン | |||||||||
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乳酸菌由来の PLP 依存性オルニチン脱炭酸酵素の結晶構造 30a から 3.1 オングストロームの解像度まで | |||||||||
| 識別子 | |||||||||
| シンボル | OKR_DC_1_C | ||||||||
| パム | PF03711 | ||||||||
| インタープロ | 著作権 | ||||||||
| プロサイト | PDOC00585 | ||||||||
| SCOP2 | 1ord / スコープ / SUPFAM | ||||||||
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分子生物学では、グループIIIピリドキサール依存性脱炭酸酵素は、オルニチン脱炭酸酵素EC 4.1.1.17、リジン脱炭酸酵素EC 4.1.1.18、アルギニン脱炭酸酵素EC 4.1.1.19からなる細菌酵素ファミリーです。[1]
ピリドキサール-5'-リン酸依存性アミノ酸 脱炭酸酵素は、アミノ酸配列に基づいて4つのグループに分けられます。グループIIIは、原核生物のオルニチンおよびリジン脱炭酸酵素と、原核生物の生分解型アルギニン脱炭酸酵素で構成されています。[1]
構造
これらの酵素は、いくつかの保存された ドメインで構成されています。N末端ドメインはフラボドキシンのような折り畳みを持ち、全体の 3D構造における位置から「ウィング」ドメインと呼ばれています。ラクトバチルス30a由来のオルニチン脱炭酸酵素(L30a OrnDC) は、リジン、アルギニン、またはオルニチンに作用する、大型のピリドキサール-5'-リン酸依存性脱炭酸酵素の代表です。L30a OrnDC の結晶構造は、3.0 Åの解像度で解明されています。C6対称性によって関連した6 つの二量体が、酵素活性のある12 量体(約 10 6 Da )を構成しています。L30a OrnDC の各モノマーは、5 つの連続した折り畳みドメインで説明できます。アミノ末端ドメイン(残基1 から 107) は、「ウィング」ドメインと呼ばれる 5 本鎖のベータシートで構成されています。各二量体の2つの翼ドメインは十二量体の中心に向かって内側に突出しており、十二量体の安定化に寄与している。 [2] 主要ドメインには保存されたリジン残基が含まれており、ピリドキサールリン酸基が結合する部位である。[2]
参照
参考文献
- ^ ab Sandmeier E, Hale TI, Christen P (1994年5月). 「ピリドキサール-5'-リン酸依存性アミノ酸脱炭酸酵素の多様な進化的起源」. Eur. J. Biochem . 221 (3): 997–1002. doi : 10.1111/j.1432-1033.1994.tb18816.x . PMID 8181483.
- ^ ab Momany C、Ernst S、Ghosh R、Chang NL、Hackert ML (1995 年 10 月)。「Lactobacillus 30a 由来の PLP 依存性オルニチン脱炭酸酵素の結晶構造 (3.0 Å 分解能)」。J. Mol. Biol . 252 (5): 643–55. doi :10.1006/jmbi.1995.0526. PMID 7563080。