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ウィーン大疫病は、1679年にオーストリアのウィーンで発生した。ウィーンは、オーストリア・ハプスブルク家の皇帝の居城であった。当時の記録によると、この病気はペスト菌（Yersinia pestis）によって引き起こされる腺ペストであったと考えられている。この菌は、クマネズミなどの齧歯類に寄生するノミによって媒介される。この疫病はウィーンを壊滅的な状態に陥れ、1680年代初頭まで断続的に流行し、推定7万6千人の住民が命を落とした。
ドナウ川沿いに位置するウィーンは、東西を結ぶ主要な交易拠点でした。こうした交易の盛んさゆえに、14世紀の「黒死病」の第一波以来、ウィーンでは断続的にペストの流行が発生していました。街は人口密度が高く、建物が密集していました。当時の記録によると、公共の下水道や排水設備はなく、悪臭を放つ家庭ごみの山が街路に散乱していました。さらに、衣類、絨毯、穀物などを数ヶ月間保管していた倉庫には、ネズミが大量に発生していました。当時の基準から見ても、ウィーンの都市環境は非常に不衛生で汚く、そのため、ヨーロッパ各地でペストはしばしば「ウィーンの死」と呼ばれていました。
ウィーンで活動していた宗教団体「聖三位一体兄弟団」は、 1679年の疫病流行時に、子供と大人両方を対象とした特別病院を設立した。病院で提供された基本的な看護は簡素なものであったが、市内の他の医療や公衆衛生対策に比べれば、概してはるかに優れたものであった。医師たちは催吐剤、瀉血、そして有害な軟膏の塗布によって患者を治療した。疫病犠牲者の遺体は市の郊外に運ばれ、焼却のために大きな野外の穴に置かれた。しかし、これらの穴はほぼ満杯になるまで数日間外気にさらされていたため、ネズミの感染が継続した。
ウィーン市民は、大疫病とその後の疫病の流行から街が救われたことを記念して、有名なバロック様式のカールス教会や、それに付随する高さ69フィートのペスト柱（ペスト柱）などの記念碑を建立した。
「ウィーン大疫病」として知られるようになったものは、実際にはドイツ、オーストリア、ボヘミア、および近隣地域に広がるはるかに大規模な流行のごく一部に過ぎなかった。この 疫病は、2つの反対方向からこの地域に持ち込まれたようである。それは長年西ヨーロッパで猛威を振るい、交易路を通って東へと広がっていった。 1650年代にオランダで発生したと考えられている1665年から1666年のロンドン大疫病は、約10万人の死者を出した。これは一連の流行の最初の大きな流行であった。1666年にはケルンとライン川で深刻な疫病が猛威を振るい、その地域では1670年まで続いた。オランダでは1667年から1669年にかけて疫病が発生したが、1672年以降は明確な記録はない。フランスでは1668年に最後の疫病流行が見られた。[ 1 ]
1675年から1684年にかけて、オスマン帝国（トルコとバルカン半島の一部）で新たなペストの流行が発生した。この流行は北アフリカ、ボヘミア、ポーランド、ハンガリー、オーストリア、ザクセンへと広がり、概ね北へと進行した。マルタ島では1675年から1676年にかけての流行で1万1000人が命を落とした。
1679年のウィーンのペストは非常に深刻で、少なくとも7万6000人の死者を出した。ヨーロッパのこの地域の他の都市でも同様の犠牲者が出た。例えば、 1681年のプラハではペストにより8万3000人が亡くなった。ドレスデンは1680年に、マクデブルクとハレは1682年に被害を受けた。ハレでは、人口約1万人のうち4397人が死亡したと記録されている。北ドイツの多くの都市の人口はこれらの年に減少した。1683年までにペストはドイツから姿を消し、1707年の流行まで続いた。[ 1 ]
1679年の大疫病は、「親愛なるアウグスティン」の伝説を生み出した。アウグスティンは人気のストリートミュージシャンで、伝説によると、夜遅くに酔っぱらって疫病患者の遺体が埋められた穴に落ちたという。アウグスティンは疫病に感染しなかったが、それはアルコールの影響だったのかもしれない。
オーガスティンは、人気の民謡「オー・デュ・リーバー・オーギュスティン」で思い出されます。