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基礎種畜または基礎血統とは、ある品種、あるいはその品種内の特定の血統の祖先、つまり基礎となる動物を指します。現代の多くの品種は、特定の名前の付いた基礎動物に遡ることができますが、ある特定の集団（在来種を含む、あるいは意図的かつ特定の選択育種プログラムに関連する動物の集団）が、新たな特定の集団の基礎となる遺伝的基盤の一部を提供する場合、その動物の集団をまとめて基礎血統と呼ぶことがあります。
基礎祖先を表す用語は性別によって異なり、最も一般的なのは父親を「基礎父」、母親を「基礎母」と呼ぶことである。対象となる種によっては、より専門的な用語が用いられる場合もあり、例えば雌馬は「基礎牝馬」 、雌猫は「基礎女王」、雌犬は「基礎雌犬」などである。
遺伝的に異なる親または系統の子孫は、異なる種または異なる品種であっても、技術的には雑種と呼ばれます。[ 1 ]メンデル遺伝学では、基礎世代は、互いに交配される最初の無関係な親（「P」）のセットです。これらの親から生まれた第一世代の雑種の子孫は、 F1雑種（F1 ）または子1雑種と呼ばれ、後続の世代はF2などと表記されます。[ 2 ]
関連する概念には以下が含まれます。
犬の繁殖において、米国で標準化された公式に認められた犬種となるには、数世代にわたる綿密な記録を保持する必要があります。このプロセスを促進するために、アメリカンケネルクラブは、 60を超える新興犬種および実験犬種のための犬種登録制度であるファウンデーションストックサービスプログラム（FSS）を運営しており、ブリーダーはこれを通じて新しい犬種のAKCによる完全な承認を得ることができます。[ 7 ]
馬の繁殖では、通常、基礎となる種牡馬の数は基礎となる雌馬の数よりもはるかに少ない。場合によっては、名前の付いた基礎となる雌馬が古い血統記録に全く記載されていないこともある。逆に、サラブレッドの繁殖のように、血統の系統が雌の末尾まで遡って調べられる場合もある。すべてのメンバーが特定の基礎となる種牡馬まで遡って調べられることを要求する品種は、閉鎖された種牡馬登録簿を持ち、他の動物との交配を禁止または厳しく制限している。サラブレッド[ 8 ] 、アンダルシアン、アラビアンは、閉鎖された種牡馬登録簿を持つ品種の例である。
確立された表現型と命名された基礎血統を持つ一部の品種では、通常はその品種の起源となった基礎品種からの外部血統が、品種の遺伝的基盤にさらに貢献することを認めている場合があり、そのため、これらの品種は少なくとも部分的に開放された血統登録簿を持っています。部分的に開放された血統登録簿の例としては、アメリカン・クォーター・ホースがあり、片親がクォーター・ホース、もう片親がサラブレッドである動物の限定的な登録を今でも認めています。温血種の多くなど、比較的新しい品種では、血統登録簿はほぼ開放されており、登録される馬はさまざまな血統を持つ可能性がありますが、まず厳格な血統登録簿の選考プロセスを通過する必要があります。
モーガン種のように、単一の名前の付いた基礎種牡馬を持つ品種もあれば、リピッツァーナ種やアメリカン・クォーター・ホース[ 9 ]のように、複数の基礎種牡馬を持つ品種もある。特に古い馬種の場合、基礎種牡馬の一部または全部が不明な場合もある。しかし、十分に文書化された品種登録簿を持つ品種では、基礎動物のすべてまたはほぼすべてが特定できる。たとえば、サラブレッドには3頭の主要な基礎種牡馬と、24頭または25頭のマイナーな基礎種牡馬、そして74頭の基礎牝馬がいる。品種内の基礎血統の例として、イギリスのクラベット・アラビアン・スタッド牧場のクラベット系統が挙げられる。これらの動物は92年間同じプログラムで繁殖され、世界中に輸出され、品種に大きな影響を与えた。今日、一部のアラビアンブリーダーは、この繁殖プログラムのみから派生した馬を専門に扱っている。同様に、スタンダードブレッド種においても、クレイ・トロッティング・ホースは、その品種の中で明確な基礎系統を形成している。
他の品種の基礎となる血統から形成された品種の例として、必ずしも個々の動物の名前が付けられているわけではないハックニー馬が挙げられます。ハックニー馬は、サラブレッドとノーフォークトロッターの血統を受け継いでいます。また、品種や在来種が文書記録よりも古い場合、基礎となる血統は神話や伝説で語られることがあります。例えば、ムハンマドの伝説上の馬であるアル・ハムサ（「5頭」）は、アラビア馬の基礎となる牝馬であると伝説で伝えられています。
「基礎」という言葉は、特に現代の品種の外観が元の系統から大きく変化している場合、元の基礎系統に似た表現型を持つ馬にも用いられることがあります。また、特に新しい交配によって元の表現型が変化した場合、最も古い基礎系統のごく一部にのみ遡る動物を指す場合もあります。