はるか上流の要素結合タンパク質1

FUBP1
利用可能な構造
ＰＤＢ	オルソログ検索: PDBe RCSB
PDB IDコードのリスト
	1J4W、2KXH、4LIJ
識別子
エイリアス	FUBP1、FBP、FUBP、hDH V、最上流エレメント結合タンパク質1
外部ID	オミム：603444; MGI : 1196294;ホモロジーン: 48253;ジーンカード：FUBP1; OMA :FUBP1 - オルソログ
遺伝子の位置（ヒト）
クロ。	染色体1（ヒト）
終わり	77,979,110 bp
遺伝子の位置（マウス）
クロ。	染色体3（マウス）
終わり	151,942,463 bp
RNA発現パターン
	トップの表現
	心室帯; ; 神経節隆起; ; アキレス腱; ; 左卵巣; ; 右子宮管; ; 右卵巣; ; 子宮体部; ; 甲状腺の左葉; ; 甲状腺の右葉; ; 子宮頸管;
	トップの表現
	性器結節; ; 胎児の尾; ; 心室帯; ; 上顎突出; ; 下顎突出; ; 胚葉上層; ; 体節; ; 腹壁; ; 神経節隆起; ; 吻側回遊流;
	参照表現データの詳細
	; ; ; ;
	参照表現データの詳細
遺伝子オントロジー
分子機能	タンパク質結合; 核酸結合; 一本鎖DNA結合; DNA結合転写因子活性; DNA結合; RNA結合;
細胞成分	核; 核質;
生物学的プロセス	遺伝子発現の正の調節; 転写の調節、DNAテンプレート; RNAポリメラーゼIIによる転写; 転写、DNAテンプレート;
	出典:Amigo / QuickGO
オルソログ
	8880
	51886
	ENSG00000162613
	ENSMUSG00000028034
	Q96AE4
	Q91WJ8
	NM_001303433 ; NM_003902 ; NM_001376055 ; NM_001376056 ; NM_001376057
NM_057172 ; NM_001355366 ; NM_001355367 ; NM_001355368 ; NM_001355369;
	NM_001355370 ; NM_001355371 ; NM_001355372 ; NM_001355373 ; NM_001355374
	NP_001290362 ; NP_003893 ; NP_001362984 ; NP_001362985 ; NP_001362986
NP_476513 ; NP_001342295 ; NP_001342296 ; NP_001342297 ; NP_001342298;
	NP_001342299 ; NP_001342300 ; NP_001342301 ; NP_001342302 ; NP_001342303
	ウィキデータ
人間の表示/編集	マウスの表示/編集

極上流エレメント結合タンパク質1は、ヒトではFUBP1遺伝子によってコードされるタンパク質である。^[5]^[6]

この遺伝子は、c-mycの上流要素（FUSE）を活性化し、未分化細胞におけるc-mycの発現を刺激するssDNA結合タンパク質をコードしている。FUBPによるFUSEの調節は、FUBPが非コード鎖に結合することによって起こる。このタンパク質は、ATP依存性DNAヘリカーゼとして機能することが示されている。^[6]

インタラクション

はるか上流のエレメント結合タンパク質1はMAPK14 ^[7]およびSMN1 ^[8]と相互作用することが示されている。

臨床的意義

FUBP1遺伝子の欠失は、原発性脳腫瘍の一種である乏突起膠腫に見られる1p/19q共欠失変異の一部を形成します。^[9]CIC遺伝子も1p/19q共欠失変異で失われています。

参考文献

^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000162613 – Ensembl、2017 年 5 月
^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000028034 – Ensembl、2017 年 5 月
^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
^ Duncan R、Bazar L、Michelotti G、Tomonaga T、Krutzsch H、Avigan M、Levens D (1994 年 4 月)。「配列特異的な一本鎖結合タンパク質が c-myc の上流エレメントを活性化し、新しい DNA 結合モチーフを定義する」。Genes Dev . 8 (4): 465–80. doi : 10.1101/gad.8.4.465 . PMID 8125259。
^ ab 「Entrez Gene: FUBP1 遠上流エレメント (FUSE) 結合タンパク質 1」。
^ Kim, Min Jung; Park Bum-Joon; Kang Young-Sun; Kim Hyoung June; Park Jae-Hyun; Kang Jung Woo; Lee Sang Won; Han Jung Min; Lee Han-Woong; Kim Sunghoon (2003 年 7 月)。「tRNA 合成酵素補因子 p38 による FUSE 結合タンパク質および c-myc のダウンレギュレーションは肺細胞の分化に必要である」。Nat . Genet . 34 ( 3 )。米国: 330–6。doi :10.1038/ng1182。ISSN 1061-4036。PMID 12819782。S2CID 41006480 。
^ Williams, BY; Hamilton SL; Sarkar HK (2000 年 3 月)。「生存運動ニューロンタンパク質はヒト胎児脳のトランス活性化因子 FUSE 結合タンパク質と相互作用する」。FEBS Lett . 470 ( 2)。オランダ: 207–10。doi :10.1016/S0014-5793(00) 01320 -X。ISSN 0014-5793。PMID 10734235。S2CID 28330997 。
^ Weller, Michael (2020年12月8日). 「成人のびまん性神経膠腫の診断と治療に関するEANOガイドライン」. Nature Reviews. Clinical Oncology . 18 (3): 170–186. doi :10.1038/s41571-020-00447-z. PMC 7904519. PMID 33293629 .

さらに読む

Williams BY、Hamilton SL、Sarkar HK (2000)。「生存運動ニューロンタンパク質はヒト胎児脳のトランス活性化因子FUSE結合タンパク質と相互作用する」。FEBS Lett . 470 (2): 207–10. doi :10.1016/S0014-5793(00)01320-X. PMID 10734235. S2CID 28330997.
Liu J, He L, Collins I, et al. (2000). 「FBP相互作用リプレッサーはTFIIHを標的とし、活性化転写を阻害する」Mol. Cell . 5 (2): 331–41. doi : 10.1016/S1097-2765(00)80428-1 . PMID 10882074.
Markovtsov V、Nikolic JM、Goldman JA、他 (2000)。「ポリピリミジントラクト結合タンパク質の組織特異的ホモログによって誘導されるhnRNP複合体の協調的アセンブリ」。Mol . Cell. Biol . 20 (20): 7463–79. doi :10.1128/MCB.20.20.7463-7479.2000. PMC 86300. PMID 11003644 。
He L、Weber A、Levens D (2000)。「c-myc転写因子である最上流エレメント結合タンパク質の核標的決定因子」。Nucleic Acids Res . 28 (22): 4558–65. doi :10.1093/nar/28.22.4558. PMC 113884 . PMID 11071946。
Vindigni A、Ochem A、Triolo G、Falaschi A (2001)。「ヒト DNA ヘリカーゼ V と最上流エレメント結合タンパク質の同定」。Nucleic Acids Res . 29 (5): 1061–7. doi :10.1093/nar/29.5.1061. PMC 29729 . PMID 11222755。
Liu J、Akoulitchev S、Weber A、et al. (2001)。「色素性乾皮症におけるTFIHと活性化因子および抑制因子の相互作用の欠陥」。Cell . 104 (3): 353–63. doi : 10.1016/S0092-8674(01)00223-9 . PMID 11239393。
Braddock DT、Louis JM、 Baber JL、他 (2002)。「一本鎖 DNA に結合した FBP の KH ドメインの構造とダイナミクス」。Nature . 415 ( 6875 ): 1051–6。Bibcode :2002Natur.415.1051B。doi : 10.1038/4151051a。PMID 11875576 。S2CID 4401103。
Rappsilber J、Ryder U、Lamond AI、Mann M (2002)。「ヒトスプライソソームの大規模プロテオーム解析」。Genome Res . 12 (8): 1231–45. doi :10.1101/gr.473902. PMC 186633. PMID 12176931 。
Strausberg RL、Feingold EA、Grouse LH、他 (2003)。「15,000 を超える完全長のヒトおよびマウス cDNA 配列の生成と初期分析」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 99 ( 26): 16899–903。Bibcode : 2002PNAS ... 9916899M。doi : 10.1073/ pnas.242603899。PMC 139241。PMID 12477932。
Kim MJ、Park BJ、Kang YS、et al. (2003)。「tRNA合成酵素補因子p38によるFUSE結合タンパク質とc-mycのダウンレギュレーションは肺細胞の分化に必要である」。Nat . Genet . 34 (3): 330–6. doi :10.1038/ng1182. PMID 12819782. S2CID 41006480。
Brandenberger R、Wei H、Zhang S、他 (2005)。「トランスクリプトーム特性評価により、ヒト ES 細胞の成長と分化を制御するシグナル伝達ネットワークが解明」Nat. Biotechnol . 22 (6): 707–16. doi :10.1038/nbt971. PMID 15146197. S2CID 27764390.
Beausoleil SA、Jedrychowski M、 Schwartz D、他 (2004)。「HeLa 細胞核リン酸化タンパク質の大規模特性評価」。Proc . Natl. Acad. Sci. USA . 101 ( 33 ) : 12130–5。Bibcode :2004PNAS..10112130B。doi : 10.1073/ pnas.0404720101。PMC 514446。PMID 15302935。
Gerhard DS、Wagner L、Feingold EA、他 (2004)。「NIH 完全長 cDNA プロジェクトの現状、品質、拡大: 哺乳類遺伝子コレクション (MGC)」。Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 。
Kouzine F、Liu J、Sanford S、他 (2004)。「転写によって生じるねじれ応力に対する上流 DNA の動的応答」Nat. Struct. Mol. Biol . 11 (11): 1092–100. doi :10.1038/nsmb848. PMID 15502847. S2CID 28956216.
Rush J、Moritz A、Lee KA、他 (2005)。「がん細胞におけるチロシンリン酸化の免疫親和性プロファイリング」。Nat . Biotechnol . 23 (1): 94–101. doi :10.1038/nbt1046. PMID 15592455. S2CID 7200157.
Stelzl U、Worm U、Lalowski M 、et al. (2005)。「ヒトタンパク質間相互作用ネットワーク：プロテオーム注釈リソース」。Cell . 122 (6): 957–68. doi : 10.1016/j.cell.2005.08.029 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-8592-0 . PMID 16169070。
Fautsch MP、Vrabel AM、Johnson DH (2006)。「ヒトの線維柱帯におけるミオシリン関連タンパク質の同定」。Exp . Eye Res . 82 (6): 1046–52. doi :10.1016/j.exer.2005.09.016. PMID 16289162。
Liu J 、Kouzine F、Nie Z、他 (2006)。「FUSE/FBP/FIR/TFIIH システムは c-myc 発現のパルスをプログラミングする分子マシンです」。EMBO J. 25 (10): 2119–30. doi :10.1038/sj.emboj.7601101. PMC 1462968. PMID 16628215 .
Ko HS、Kim SW、Sriram SR、他 (2006)。「パーキンの真正な基質としての、はるか上流のエレメント結合タンパク質-1 の同定」。J . Biol. Chem . 281 (24): 16193–6. doi : 10.1074/jbc.C600041200 . PMID 16672220。

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000162613 – Ensembl、2017 年 5 月

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000028034 – Ensembl、2017 年 5 月

[3] 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[4] 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。

[pmid8125259-5] Duncan R、Bazar L、Michelotti G、Tomonaga T、Krutzsch H、Avigan M、Levens D (1994 年 4 月)。「配列特異的な一本鎖結合タンパク質が c-myc の上流エレメントを活性化し、新しい DNA 結合モチーフを定義する」。Genes Dev . 8 (4): 465–80. doi : 10.1101/gad.8.4.465 . PMID 8125259。

[entrez-6] 「Entrez Gene: FUBP1 遠上流エレメント (FUSE) 結合タンパク質 1」。

[pmid12819782-7] Kim, Min Jung; Park Bum-Joon; Kang Young-Sun; Kim Hyoung June; Park Jae-Hyun; Kang Jung Woo; Lee Sang Won; Han Jung Min; Lee Han-Woong; Kim Sunghoon (2003 年 7 月)。「tRNA 合成酵素補因子 p38 による FUSE 結合タンパク質および c-myc のダウンレギュレーションは肺細胞の分化に必要である」。Nat . Genet . 34 ( 3 )。米国: 330–6。doi :10.1038/ng1182。ISSN 1061-4036。PMID 12819782。S2CID 41006480 。

[pmid10734235-8] ^ Williams, BY; Hamilton SL; Sarkar HK (2000 年 3 月)。「生存運動ニューロンタンパク質はヒト胎児脳のトランス活性化因子 FUSE 結合タンパク質と相互作用する」。FEBS Lett . 470 ( 2)。オランダ: 207–10。doi :10.1016/S0014-5793(00) 01320 -X。ISSN 0014-5793。PMID 10734235。S2CID 28330997 。

[9] Weller, Michael (2020年12月8日). 「成人のびまん性神経膠腫の診断と治療に関するEANOガイドライン」. Nature Reviews. Clinical Oncology . 18 (3): 170–186. doi :10.1038/s41571-020-00447-z. PMC 7904519. PMID 33293629 .