ダークナイトIII：マスターレース

レックス・ルーサーとディック・グレイソン／「ジョーカー」の死から3年が経過した。ブルース・ウェインはそれ以来姿を消している。バットケイブでは、何者かが展示ケースを粉々に破壊し、中からバットスーツを取り出した。

街中で、容疑者がゴッサム市警の警官に追われているが、バットマンが現れて追跡車両を攻撃し、容疑者は救われる。

ジャングルを舞台に、ワンダーウーマンは四つ足のミノタウロスと戦い、背中には赤ん坊のスーパー息子ジョナサンが抱っこ紐で乗せられている。アマゾン族の新しい都市に戻ったワンダーウーマンは、学校をサボっていた娘ララが、自分の父親でありダイアナの夫でもあるスーパーマンを訪ねていることを知る。

スーパーマンは謎の氷に覆われ、再建された孤独の要塞の玉座に座っている。ララは、展示されているクリプトン星の遺物、中でもカンドールのボトルシティについて、ぼんやりと彼に話しかける。よく見てみると、彼女は遭難信号を発見する。

ゴッサムに戻ったエレン・インデル警視総監は、廃墟と化したバットシグナルを眺めていた。バットマン目撃情報を取り巻くメディアの騒ぎと、彼女の発言を押し付けようとする新市長報道官のせいで、彼女のキャリアは暗礁に乗り上げていた。そんな時、バットマンが間もなく逮捕されるという電話がかかってきた。

その後の追跡劇でバットマンは包囲され、バイクを乗り捨てる。かなりの抵抗の後、警官たちは警棒でバットマンを殴り倒すことに成功する。女性バットマンの出現に驚くインデルは逮捕に加わり、彼女のマスクを剥ぎ取り、ブルース・ウェインの居場所を問い詰める。正体が明らかになったキャリー・ケリーは、オリジナルのバットマンはすでに死んでいると主張する。^{[ 10 ]}

殴打され血まみれになったキャリー・ケリーは、警察車両に無理やり押し込まれる。促されると、彼女は「ブルース・ウェインは死んだ」と狂ったように3回繰り返す。彼女は身元不明の女性として拘留され、インデル警視総監は1ヶ月間彼女を尋問するが、成果はまちまちだった。キャリーは、老いたブルース・ウェインは長年の闘病生活の末、ついに戦闘による傷で亡くなったと主張する。しかし、彼の最期の場所について尋ねられると、キャリーは悪趣味な冗談を言うだけで、インデル警視総監の反バットマン的な考えを非難するにとどまる。

研究所に戻ったレイ・パーマーは、カンドールのサイズ変更を試みた際の恐ろしい結果についてララに説明する。壁に取り付けられたスピーカーを通してバールが会話に加わる。ララは母親からの呼び出しを聞き取り、瞬く間に飛び去る。バールとレイは会話を続け、レイが神について言及した際にバールが眉をひそめて会話を終える。

メディアの論評を受けて、インデルはキャリーの法的状況に対する抗議者や抵抗がないという報告を受け、市長が世論を操作していると示唆する。インデルは遠隔でキャリーの刑務所移送を監視する。途中の戦略的な地点で、キャリーは口笛を吹いて移送車への非致死性ミサイル攻撃を誘発する。バットモービル（ 『ダークナイト・リターンズ』で戦車型に改造されたまま）が移送車に迫る。待機していたパトカーとドローンの部隊がバットモービルを取り囲むために急展開する。バットモービルが警察車両を撃ち続ける中、インデルは逃走経路を断つために跳ね橋を上げるよう命令する。警察はバットモービルを跳ね橋に追い詰めるが、中に誰もいない。アフターバーナーが噴射し、バットモービルは跳ね橋を越える。車体下部に身を隠していたキャリーは、バットモービルが川の向こう岸に着地した際に脱出する。

砂漠で、レイはボトルと胸に取り付けられたビームプロジェクターに接続されたケーブルを使ったカンドールの復元プロジェクトを試みる。まばゆい閃光の後、その地域は等身大のカンドール市民で溢れかえる。しかし、レイは彼らの中にはつい最近死んだ者もおり、さらに多くがすぐに歪んだ狂信的で一夫多妻制であることが判明するカルトの衣装を身に着けていることに衝撃を受ける。再生したバアルは彼らのリーダーをクァールと紹介する。クァールはビームをパーマーに向けて方向転換する。パーマーは小さな高さに縮み、バアルが彼を踏みつける。クァールは彼らの新しい故郷と力について演説する。彼はボトル都市を持ち上げるが、そこにはもはや彼の信者は一人もいない。そして彼は熱線でそれを消し去る。

バットケイブで、キャリーはバットモービルから降り、バットコンピューターの端末に近づく。ブルース・ウェインは松葉杖をついてそこに立ち、彼女の方を振り向くが、その表情は読み取れない。

カンドールから解放されたクァー率いるクリプトン人は、世界に向けて声明を発表し、自分たちを神として認めなければ滅ぼすと脅迫する。この最後通牒に直面したが、自分一人ではそのような脅威に立ち向かうには力不足だと悟ったブルースは、キャリーを孤独の要塞に連れて行き、スーパーマンを再び奮い立たせようとする。スーパーマンは『ダークナイト・ストライクス・アゲイン』以来、要塞の中で凍りついていたのだ。要塞に到着すると、ブルースはクラークを大ハンマーで殴り起こす。クラークは目を覚ますと、キャリーからクリプトン人が関わっていると告げられる。スーパーマンは協力を申し出るが、クァーとその部下たちはペンタゴンに侵入し、最後通牒への回答を要求する。部屋のモニターが真っ暗になり、ブルース（バットスーツ姿）は「地獄へ行け」と宣言する。その時、スーパーマンが現れるが、娘のララがクァーに加担しているのを見て衝撃を受け、クァーを自らの種族への裏切り者だと非難する。

スーパーマンは踏みとどまるが、ララが世界中を駆け巡って彼を打ちのめし、孤独の要塞まで連れて行く間、反撃を拒否する。クァーはスーパーマンをブラックマターで繭に包み、クリプトン人の軍団に要塞を海に沈め、スーパーマンも一緒に沈めるよう命じる。そしてゴッサム・シティに命令を出し、バットマンを引き渡さなければゴッサムに報復すると脅す。街が混乱に陥る中、ブルースはキャリーに特別な任務を与え、彼女に何らかの薬と新しいバットガールのコスチュームを渡す。一方、ワンダーウーマンは雨の中、テミスキュラに一人立ち、ブルースからの行動要請を無視する。エレン・インデルがゴッサムの人々とGCPDの価値について熱弁を振るうと、バットマンの衣装を着たブルースが彼女の後ろに現れ、彼女の人々のニーズをかき消そうとするのをやめるように言う。

一方、まだ生きていることが明らかになったレイ・パーマーは、亜原子宇宙へと沈み込んでいくが、突然原子を掴み、自分の過ちを正せるかもしれないと気づく。フラッシュは超高速でゴッサム・シティへ向かう途中、クァーの手下の一人に阻まれ、両足を折られてしまう。

ゴッサム・シティが攻撃を受けている中、バットマンの仲間たちはフラッシュをバットケイブに連れて行くが、バットマンはフラッシュの折れた足を治せるかどうか心配している。一方、キャリー・ケリー、アクアマンとその軍隊は北極でスーパーマンを発見した。キャリー・ケリーはバットマンから渡された金の針を使って、スーパーマンを閉じ込めていた物質から解放する。ゴッサムに戻ったバットマンは、クォーとその軍団と戦う準備をする。スーパーマンはキャリーをバットケイブに連れ戻すが、そこではフラッシュが天候を操作できるコンピューターに接続されている。バットシグナルの力を使って、フラッシュは合成クリプトナイトを雨のように降らせ、クリプトン人を弱体化させ、何百人ものクリプトン人を空から落下させる。バットマン、スーパーマン（クリプトナイト耐性のアーマーを身に着けている）、そしてゴッサムの人々は、彼らに戦いを挑む。

合成クリプトナイトのおかげで、バットマン、スーパーマン、GCPD、そしてゴッサムの市民はクリプトン人を食い止めることができた。弱体化したクァーは、バットマンの息子たちによって撃たれ、銃弾とRPGで攻撃された。クリプトナイトの雨が降った後、ララとバールは世界旅行から戻り、倒れたクリプトン人の状況を見て驚いた。バールは市民を殺し始め、ヒートビジョンでバットボーイの部隊を焼き殺した。キャリーはバットモービルでバールを攻撃したが、バールはそれを破壊する。バールはキャリーのマントをつかんで空中に投げ飛ばした。奇跡的に、彼女は無傷で着地することができた。バールに追い詰められたキャリーは、パチンコを使ってクリプトナイトの小石をバールの目に直接撃ち込んだ。バールは痛みに叫びながら退却した。クリプトン人が撤退する中、スーパーマンは彼らを追撃して完全に滅ぼそうと提案するが、バットマンは彼らを逃がして「傷を癒やす」ようにと説得する。クォーはヒートビジョンを使ってバットマンの背中を攻撃し、胸に穴を開ける。バットマンが倒れると、スーパーマンはバットマンのヘルメットを外す。ブルースはクラークに病院へ連れて行かないように約束させ、そのまま息を引き取る。

物語は、エレン・インデル警視総監とキャリー・ケリー率いるGCPDが街を清掃する場面へと続く。インデルは、戦闘で多くの人が亡くなったことを踏まえ、自分たちの戦いは価値があったのかとキャリーに尋ねる。キャリーは、連絡を取り合えるようにバットシグナルを修理するようにインデルに伝える。一方、クリプトン人は力を回復し、クァーはララ・ケントを説得して、彼女の弟ジョナサン・ケントを人質として捕らえる。テミスキュラでは、ワンダーウーマンがジョナサン・ケントを誘拐しようとしていたララと対峙した際に、計画された包囲攻撃を察知する。クリプトン人は、アマゾン族が攻撃の準備を整えて待ち構えていることに気づく。一方、スーパーマンが入った未知の場所はラザラス・ピットであることが明らかになる。スーパーマンはバットマンの体をピットに沈め、ブルース・ウェインは肉体的に若返り、再び全盛期の姿で生き返る。ブルースは穴の影響でスーパーマンを攻撃するが、最後にはスーパーマンが彼を落ち着かせる。

バットケイブでは、キャリーとフラッシュがバットマンの死に対処しているが、キャリーはブルースがまだ生きていると希望を抱いている。ラザラス・ピットで若返ったバットマンがスーパーマンと共に現れる。彼らはテミスキュラにいるワンダーウーマンから、クリプトン人がアマゾン族に宣戦布告したため助けを求める通信を受け取る。スーパーマンはダイアナの様子を見に来るが、フラッシュはワンダーウーマンとスーパーマンに、クァーと核爆弾を飲み込んだ残りのクリプトン人が一箇所に集まり、カウントダウンを開始したと警告する。

バットマンとキャリーはカウントダウンを続けるクリプトン人のもとへ急ぐ。その間、バットマンはコウモリの大群でクリプトン人を襲撃し、クリプトン人たちは互いに攻撃し合う。意気消沈したクリプトン人のほとんどは地球を離れようとするが、クォーに殺されてしまう。バットマンとキャリーは攻撃を試みるが、代わりにスーパーマンが現れて阻止する。残ったクリプトン人に罵倒され攻撃された後、スーパーマンは彼らを次々と倒して驚かせ、バットマンにスーパーマンがこれまでずっと真の戦闘能力を抑えていたことを明らかにする。敗北したクリプトン人は核兵器を使おうとし、惑星を引き裂く断層の上に自分たちが植えられていることを明かす。しかし、レイ・パーマー博士は縮小光線の効果を修復し逆転させることに成功し、自身は巨大化し、残りのクリプトン人のほとんどは縮小し、爆発物はただの爆竹にしかならなくなる。クァーもまた核兵器を発動し、逃げようとするが、ララに捕らえられ、太陽へと送られ、そこで爆発する。

2か月後、スーパーマンは姿を消したようだ。バットマンは長生きしたスーパーマンを受け入れる。キャリーはバットマンのスーツを模倣してバットスーツを改造し、「バットウーマン」と名乗る。バットマンは彼女を相棒ではなく対等な存在として受け入れるようになる。また、ララがクァーとの遭遇を生き延びたことも明らかになる。