チェビ

生物学的に興味深い化学物質 (ChEBI)
コンテンツ
説明	化学データベース
; キャプチャされたデータの種類	小さな化合物
接触
研究センター	欧州分子生物学研究所
研究室	欧州バイオインフォマティクス研究所
主な引用	デ・マトスら
アクセス
Webサイト	詳しくはこちら
ダウンロードURL	ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chebi
ウェブサービスURL	www.ebi.ac.uk/chebi/webServices.do
Sparqlエンドポイント	バイオ2RDF
ツール
ウェブ	詳しくはこちら
その他
データ公開; 頻度	毎月
キュレーションポリシー	手動でキュレーション

生物学的に興味深い化学物質（ChEBI）^[1]^[2]は、欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI）のオープンバイオメディカルオントロジー（OBO）プロジェクトの一部である、「小さな」化合物に焦点を当てた分子実体の化学データベースおよびオントロジーです。「分子実体」という用語は、「構成的または同位体的に異なる原子、分子、イオン、イオン対、ラジカル、ラジカルイオン、複合体、コンフォーマーなど、個別に区別可能な実体として識別可能なもの」を指します。^{[3]問題の分子実体は、自然界の産物または潜在的な生物活性を持つ合成産物のいずれかです。}核酸、タンパク質、タンパク質分解によってタンパク質から生成されたペプチドなど、ゲノムによって直接コード化された分子は、原則としてChEBIに含まれていません。

ChEBI は、国際純正・応用化学連合(IUPAC) および国際生化学・分子生物学連合(NC-IUBMB)の命名委員会によって承認された命名法、記号、用語を使用します。

範囲とアクセス

データベース内のすべてのデータは非独占的であるか、非独占的ソースから取得されています。したがって、誰でも自由にアクセスして利用できます。さらに、各データ項目は完全に追跡可能であり、元のソースに明示的に参照されています。範囲は、ChEMBL、ChemSpider、DrugBank、MetaboLights、PubChemなどの他のデータベースと関連しています。

ChEBIデータは、パブリックウェブアプリケーション、ウェブサービス、SPARQLエンドポイント、ダウンロードを通じて入手できます。^[1]^[2]

参考文献

^ abc de Matos P, Alcántara R, Dekker A, Ennis M, Hastings J, Haug K, Spiteri I, Turner S, Steinbeck C (2010). 「生物学的に興味深い化学物質：最新情報」. Nucleic Acids Research . 38 (データベース号): D249-54. doi :10.1093/nar/gkp886. PMC 2808869. PMID 19854951 .
^ ab Degtyarenko K, de Matos P, Ennis M, Hastings J, Zbinden M, McNaught A, Alcántara R, Darsow M, Guedj M, Ashburner M (2008). 「ChEBI: 生物学的に興味のある化学物質のデータベースとオントロジー」. Nucleic Acids Research . 36 (データベース号): D344-50. doi :10.1093/nar/gkm791. PMC 2238832. PMID 17932057 .
^ IUPAC、化学用語集、第2版（「ゴールドブック」）（1997年）。オンライン修正版：（2006年以降）「分子実体」。doi ：10.1351/goldbook.M03986

[pmid19854951-1] Matos P, Alcántara R, Dekker A, Ennis M, Hastings J, Haug K, Spiteri I, Turner S, Steinbeck C (2010). 「生物学的に興味深い化学物質：最新情報」. Nucleic Acids Research . 38 (データベース号): D249-54. doi :10.1093/nar/gkp886. PMC 2808869. PMID 19854951 .

[pmid17932057-2] Degtyarenko K, de Matos P, Ennis M, Hastings J, Zbinden M, McNaught A, Alcántara R, Darsow M, Guedj M, Ashburner M (2008). 「ChEBI: 生物学的に興味のある化学物質のデータベースとオントロジー」. Nucleic Acids Research . 36 (データベース号): D344-50. doi :10.1093/nar/gkm791. PMC 2238832. PMID 17932057 .

[3] IUPAC、化学用語集、第2版（「ゴールドブック」）（1997年）。オンライン修正版：（2006年以降）「分子実体」。doi ：10.1351/goldbook.M03986