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1939年の野球殿堂入り選考は、同年殿堂が開館する前に行われた最後の選考となった。当初の目標である20世紀の選手10人を選出するにはあと1人を加えるだけでよかったため、全米野球記者協会（BBWAA）の会員は、現役選手を除く20世紀に活躍した選手を選出する権限を再び与えられた。過去2年間の百周年記念委員会の招集が困難だったため、 19世紀の選手を選出するオールドタイマーズ委員会はさらに小規模なものとなり、3年以上も約束されていたにもかかわらず実現しなかった5人の選出を待ち望んでいた多くの人々にとって、これは特に切実な問題だった。
BBWAAの選挙では、投票者は10人の候補者に投票するよう指示され、投票用紙の75%以上の票を獲得した候補者は、その年の6月12日にニューヨーク州クーパーズタウンで殿堂が開設された際に殿堂入りを称えられることになっていた。 [ 1 ]殿堂の開設後、12月にも特別選挙が行われた。20世紀の選手10人を選出するという殿堂開設の当初の目標が達成されたため、次の選挙を1942年まで延期することが決定された。ただし、観察者の間では、毎年3人の選手を選出すること（4回の通常のBBWAA選挙で12人が選出された）が理想的な割合であることが判明したと広く考えられていた。
合計274票が投じられ、108人の特定の候補者に2,710票が投じられ、1票あたりの平均得票数は9.89票でした。当選には206票が必要でした。1920年代の3人のスター選手は好成績を収めましたが、投票は1900年代と1910年代の選手が圧倒的に多く、多くの投票者はこれらの選手に優先権を与えるべきだと考えていました。20年以上前に引退した選手が60%の票を獲得し、投票上位20人のうち14人を占めました。19世紀の選手がまだ選ばれていないことへの不満から、20世紀にキャリアが短期間（または全く）しか続かなかったその時代の選手や、一部の監督にも票が集まりました。結果は1939年1月に発表されました。少なくとも75%の票を獲得し当選した3人の候補者は太字斜体で示されています。その後の選挙で選出された候補者は斜体で示されています。
殿堂の開館が近づくにつれ、19世紀の選手として主に知られていた人物がまだ一人も選ばれていないことへの批判が高まった。約4年前の基本計画では、最初の理想的な人数として5人を約束していたにもかかわらずである。さらに、過去2年間で殿堂入り者を選出した6人からなる百周年記念委員会は、一度も会合を開く機会がなかった。その結果、コミッショナーのケネソー・マウンテン・ランディス、ナショナルリーグ会長のフォード・フリック、アメリカンリーグ会長のウィル・ハリッジの3人からなる小規模な「殿堂委員会」（オールドタイマーズ委員会とも呼ばれる）が適切な殿堂入り者を選出するために結成され、その選出は殿堂開館の6週間を切った5月2日に発表された。彼らは6人を選出したが、全員が故人であった。1937年から1939年の間に委員会が選出した13人のうち、殿堂開館時に存命だったのはコニー・マックだけであった（彼の所属するアスレチックスは、殿堂入り記念試合の第1回大会に出場した）。委員会が選出した選手の中には、 1936年のベテラン投票で同率1位となった2名が含まれていた（3位と4位の選手は既に全米野球記者協会（BBWAA）によって選出されており、6位の選手は以前の委員会によって選出されていた）。
残りの入会者は以下の通りです。
1939年12月にシンシナティで開催されたメジャーリーグのウィンターミーティングで、全米野球記者協会（BBWAA）は、筋萎縮性側索硬化症と診断された後、その夏に引退を発表したルー・ゲーリッグについて特別選挙を行った。記者たちはゲーリッグを殿堂入りに選出し（その選挙の結果は不明）、また、 20世紀からの殿堂入り者10人という当初の枠が満たされたため、次の通常選挙を1942年まで延期することを決定した。
