BPIFA4P

ヒトにおける偽遺伝子産物の発現は、ヒトにおけるBPIFA4に関する未解決の問題を引き起こしている。この珍しい状況は、BPI/LBP/PLUNCファミリーについて広範な研究を行ったシェフィールド大学のビングルらによってまとめられている。

「ヒトBPIFA4は偽遺伝子（正しくはBPIFA4Pと識別されるべき）の一例であり、転写と翻訳はされているものの、もはや機能的なタンパク質産物をコードしていないことから、『死につつある』遺伝子と表現する方が適切かもしれない。」^{[ 17 ]}

その機能しないタンパク質は、BASE（Breast Cancer And Salivary Gland Expression）タンパク質として知られるようになった。[ 11 ]膜タンパク質をコード^{するヒト遺伝子}を同定するためのスクリーニング法を用いて、国立がん研究所の研究者らは2003年に、乳がん細胞株でこれまで特徴付けられていなかった遺伝子を発見した。RT -PCRとノーザンブロット法を用いて、いくつかの乳がん細胞株でBASE RNAの発現を検出したが、正常な乳腺組織では検出されなかった。また、唾液腺腫瘍と正常な唾液腺組織ではBASE RNAの発現が別個に確認された。^{[ 11 ] [ 18 ]}そのため、このパターンを反映するために頭字語が考案された。EMBLの研究者らはその後、検査した実際の乳がん腫瘍サンプルの約50%でBASE/BPIFA4Pの発現を確認した。^{[ 19 ]}特に、BASE/BPIFA4Pの発現はERαエストロゲン受容体レベルが高い腫瘍で認められたが、ERαレベルが低い腫瘍では認められなかった。しかし、実験的に、エストロゲンはBASE/BPIFA4P遺伝子の発現を抑制する一方、転写因子FOXA1はBASE/BPIFA4Pの発現を活性化することが示された。ERαとFOXA1の間の未解明の相互作用は、ホルモン受容体陽性疾患および後天性抗ホルモン抵抗性において重要であると考えられる。^{[ 20 ]} BASEタンパク質の潜在的な機能は調査されたことはないが、BASE/BPIFA4P遺伝子の存在は、乳がんスクリーニングの潜在的に有用なマーカーと考えられてきた。

米国および欧州のデータベースに登録されたBASE遺伝子は、最終的にBPI/LBP/PLUNCファミリーの一員であることが認識され、その後BPIFA4Pと再ラベル付けされました。^{[ 7 ]}さらに、他の霊長類のBPIFA4遺伝子とは異なり、ヒトBASE/BPIFA4P遺伝子はエクソン6に1つのヌクレオチドが欠落していることが認識されました。この欠失によりフレームシフト変異が生じ、「早期」終止コドンが発生します。^{[ 17 ]}その結果生じるヒトBASEタンパク質は、他の種の機能的なBPIFA4およびラテリンタンパク質よりもはるかに短くなっています。最初の解析ではBASEタンパク質のサイズは19.5 kDaと予測されていましたが、 ^{[ 9 ]}ウェスタンブロットではタンパク質が22 kDaより大きいサイズで移動することが示されています。^{[ 21 ]}この切断されたヒトBASEタンパク質は、機能的なBPIFA4タンパク質の重要な構造要素、すなわちBPIフォールドを形成する長いαヘリックスセグメントを欠いています。それがなければ、BASEは他のBPI/LBP/PLUNCファミリーメンバーのように機能することができず、したがって機能しないものとみなされます。