Anduril (ワークフロー エンジン)

アンドゥリル

Eclipse での Anduril ワークフロー
開発者	ヘルシンキ大学システム生物学研究所
初回リリース	2010年7月1日; 14年前 ( 2010-07-01 )
安定版リリース	2.0.0 (2016-07-01) / 2016年7月1日; 8年前[1] ( 2016-07-01 )
リポジトリ	出典: bitbucket.org
書かれた	ジャワ
オペレーティング·システム	Linux、Microsoft Windows、Mac OS X
タイプ	ワークフローエンジン
ライセンス	GPL (v.1.x)、BSD (v.2.x)
Webサイト	詳しくはこちら

Andurilは、ヘルシンキ大学システム生物学研究所で開発された、科学的データ分析のためのオープンソースのコンポーネントベースのワークフローフレームワークです^[2]。

Anduril は、特に生物医学研究におけるハイスループット実験の分野において、体系的かつ柔軟で効率的なデータ分析を可能にするように設計されています。ワークフロー システムは現在、シーケンシング、遺伝子発現、SNP、ChIP-on-chip、比較ゲノムハイブリダイゼーション、エクソン マイクロアレイ分析、サイトメトリー、細胞イメージング分析など、さまざまな種類の分析用のコンポーネントを提供しています。

ワークフローは、1 つのステップの出力が別のステップの入力として使用されるように接続された一連の処理ステップです。処理ステップは、データのインポート、統計テスト、レポート生成などのデータ分析タスクを実装します。Anduril では、処理ステップはコンポーネントを使用して実装されます。コンポーネントは、任意のプログラミング言語で記述できる再利用可能な実行可能コードです。コンポーネントは、Anduril ワークフロー エンジンによって実行されるワークフロー、つまりコンポーネント ネットワークにまとめられます。ワークフローの構成は、シンプルでありながら強力なスクリプト言語である AndurilScript を使用して行われます。ワークフローの構成と実行は、一般的な多目的 GUI であるEclipseまたはコマンド ラインから行うことができます。

Anduril のコアエンジンは Java で記述されており、コンポーネントは Java、R、MATLAB、Lua、Perl、Pythonなど、さまざまなプログラミング言語で記述されています。コンポーネントは、 Bioconductorなどのサードパーティライブラリに依存する場合もあります。細胞イメージングとマイクロアレイ分析用のコンポーネントが提供されていますが、追加のコンポーネントはユーザーが実装できます。Anduril コアは Linux と Windows でテストされています。

AndurilScriptのHello Worldは単純に

  std . echo ( "Hello world!" )

コメントは Java の構文に従います。

  // 簡単なコメント
/* もう一つの簡単なコメント */ /** コンポーネントの説明に含まれる説明 */  
  

コンポーネントは、その呼び出しを名前付きコンポーネント インスタンスに割り当てることによって呼び出されます。名前は単一のワークフロー内で再利用できません。スクリプトに外部ファイルを含む入力ファイル用の特別なコンポーネントがあります。サポートされているアトミック タイプは、整数、浮動小数点数、ブール値、文字列で、型指定は暗黙的に行われます。

  in1 = INPUT (パス= "myFile.csv " ) constant1 = 1 componentInstance1 = MyComponent ( inputPort1 = in1 、inputParam1 = constant1 )  
    
         

ワークフローは、コンポーネント インスタンスの出力を次のコンポーネントの入力に割り当てることによって構築されます。

  コンポーネントインスタンス2 =別のコンポーネント(入力ポート1 =コンポーネントインスタンス1 .出力ポート1 )    

コンポーネント インスタンスは関数としてラップすることもできます。

  関数MyFunction ( InType1 in1 、...、オプションInTypeM inM 、ParType1 param1 、...、ParTypeP paramP = defaultP ) -> ( OutType1 out1 、...、OutTypeN outN ) { ...ステートメント...戻りレコード( out1 = x1 、...、outN = xN ) }      
                          
                           
  
        
         
  

AndurilScript には、標準の if-else および switch-case ステートメントに加えて、for ループも含まれています。

  // 1、2、...、10 を反復処理し
ます。array = record ( ) for i : std . range ( 1、10 ) { array [ i ] = SomeComponent ( k = i ) }    
      
        
  

Anduril は複数のレベルで拡張できます。ユーザーは、既存のコンポーネント バンドルに新しいコンポーネントを追加できます。ただし、新しいコンポーネントが既存のバンドルに関連しないタスクを実行する場合、ユーザーは新しいバンドルを作成することもできます。

Moksiskaanは、がん研究と分子生物学のためのデータ統合フレームワークです。^[3]このフレームワークは、遺伝子、タンパク質、薬物、経路、疾患、生物学的プロセス、細胞成分、分子機能などの生物学的実体のグラフを表すリレーショナルデータベースを提供します。さらに、このデータ上に構築された幅広い分析およびアクセスツールがあります。これらのツールの大部分は、Andurilコンポーネントと関数として実装されています。

Moksiskaan は主に、ゲノム研究から得られた候補遺伝子のリストを解釈するために使用されます。そのツールは、入力遺伝子に関連する生物学的実体のグラフを生成するために使用できます。これらのグラフの正確な用途は、薬物ターゲットの予測からシグナル伝達カスケードの時系列までさまざまです。これらのツールの目的のいくつかは、IPAと密接に関連しています。

• バイオインフォマティクスワークフロー管理システム
• 遺伝子パターン
• ケプラー
• アパッチ タベルナ
• ワークフロー管理システム

• キャサリン・エバンス著「Cancer Genome Atlas Research Briefs」（2011 年 3 月）では、科学者らが多形性膠芽腫ゲノムの包括的な見解を提供する新しいデータベースを開発しています。
• Almeida, JS (2010). 「データ駆動型医療ゲノム科学のための計算エコシステム」.ゲノム医学. 2 (9): 67. doi : 10.1186 /gm188 . PMC  3092118. PMID  20854645.
• サフ、B.ラークソ、M.オヴァスカ、Ｋ．ミルティ、T.ランディン、J.ラニッコ、A.サンキラ、A.トゥルネン、日本。ランディン、M.コンスティ、J.ヴェステリネン、T.ノードリング、Ｓ．カリオニエミ、O.サウスカロライナ州ハウタニエミ。ヤンネ、オハイオ州 (2011)。 「クロマチンへのアンドロゲン受容体結合、アンドロゲンシグナル伝達および前立腺癌におけるFoxA1の二重の役割」。EMBO ジャーナル。30 (19): 3962–3976。土井：10.1038/emboj.2011.328。PMC  3209787。PMID  21915096。
• ピフラジャマー、P.張、F. -P.サーリネン、L.ミコネン、L.サウスカロライナ州ハウタニエミ。ジャンヌ、オハイオ州 (2011)。 「植物エストロゲン ゲニステインは組織特異的アンドロゲン受容体モジュレーターです。」内分泌学。152 (11): 4395–4405。土井: 10.1210/en.2011-0221。PMID  21878517。
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• アンドゥリルの公式ウェブサイト
• Anduril コードリポジトリ
• Moksiskaan の公式ウェブサイト
• Donald Knuth の 99 Bottles of Beer の AndurilScript 実装