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組織学的な解剖学的用語は、構造、配置、位置をより正確に記述し、曖昧さを軽減します。国際的に認められた用語集としては、『Terminologia Histologica』があります。
上皮細胞は体表面を覆っており、その形状によって分類され、主に扁平上皮、円柱上皮、立方上皮の3種類がある。
内皮とは、血管やリンパ管の内表面を覆う細胞のことで、 [ 1 ]血管内腔を流れる血液やリンパと血管壁の残りの部分との間の界面を形成します。内皮は、単層の扁平上皮細胞からなる薄い層で、内皮細胞と呼ばれます。血液と直接接触している内皮細胞は血管内皮細胞と呼ばれ、リンパと直接接触している内皮細胞はリンパ内皮細胞と呼ばれます。
上皮は、単層の細胞からなる「単純上皮」と、複数の細胞からなる「重層上皮」に分類されます。上皮は、層数によって、単層上皮（細胞が1層のみ）と、重層扁平上皮、重層立方上皮、および2層以上の細胞からなる重層円柱上皮（多層）に分類されます。 [ 2 ] [ 3 ]また、どちらの層も、あらゆる形状の細胞で構成できます。[ 4 ]しかし、高さの異なる複数の核が見られる背の高い単層円柱上皮細胞を断面で観察すると、重層上皮と混同されることがあります。そのため、このような上皮は偽重層円柱上皮と呼ばれます。[ 5 ]
粘膜とは、体内の様々な腔を覆い、内臓の表面を覆う膜のことです。粘膜は、疎性結合組織の層の上に1層または複数層の上皮細胞が重なった構造をしています。粘膜は主に内胚葉由来で、目、耳、鼻腔内、口腔内、唇、尿道口、肛門など、体の様々な開口部で皮膚と連続しています。粘膜の中には、粘液と呼ばれる粘稠な保護液を分泌するものもあります。粘膜の機能は、病原体や汚れが体内に入るのを防ぎ、体組織の乾燥を防ぐことです。
粘膜下層は、血管、リンパ管、神経が粘膜層と筋層に分岐する、密で不規則な結合組織層から構成される。粘膜下層には、筋層の内面に位置する粘膜下神経叢と腸神経叢が含まれる。 [ 7 ]： 263
筋層（固有筋層とも呼ばれる[ 8 ]）は、内層と外層の2つの筋層から構成されています。内層の筋肉は管の周囲に環状に配置され、外層の筋肉は縦方向に配置されています。胃には、内側斜筋層という追加の層があります。[ 7 ]： 263 2つの筋層の間には、筋層間神経叢またはアウエルバッハ神経叢があります。これは蠕動運動を制御します。活動はペースメーカー細胞（カハール間質細胞）によって開始されます。腸は、自己完結型の腸神経系により、固有の蠕動運動（基礎電気リズム）を持っています。もちろん、その速度は自律神経系の残りの部分によって調節されます。
筋肉の層は厳密には縦方向や円形ではなく、異なるピッチを持つらせん状構造をしている。内側の円形層は急なピッチのらせん構造であり、外側の縦方向の層ははるかに緩やかなピッチのらせん構造となっている。
体内の臓器（消化管など）や管（動脈など）の空洞になっている内部を内腔と呼びます。内腔に面している細胞の側面を頂端面と呼び、内腔とは反対側の、間質に面している側面を基底外側面と呼びます。