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| キサントモナダ目 | |
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| キサントモナス・ホルトルムによるイングリッシュ・アイビーの葉の斑点 | |
科学的分類 
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| ドメイン： | 細菌 |
| 門: | シュードモナドタ |
| クラス： | ガンマプロテオバクテリア |
| 注文： | キサントモナダ目 |
| 家族 | |
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| 同義語 | |
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キサントモナデール目はガンマプロテオバクテリアに属する細菌目である。キサントモナス・シトリ、キサントモナス・ユーベシカトリア、キサントモナス・オリゼ、キシレラ・ファスティディオサなどの種を含む、細菌性植物病原菌の最大のグループの一つである。[1] [2] [3] [4] [5]これらの細菌は、トマト、バナナ、柑橘類、イネ、コーヒーなどの農業上重要な植物に影響を与える。この目に属する多くの種はヒトの病原菌でもある。ステノトロフォモナス属に属する種は、免疫不全患者の院内感染の原因となる多剤耐性日和見病原菌である。[6] [7]
特徴
キサントモナダレス属はグラム陰性、カタラーゼ陽性、非胞子形成性の偏性好気性菌である。[8]この目に属する種は、プロステケのない直桿体である。運動しない種もいるが、この目内の他の種は鞭毛によって運動する。ステノトロフォモナス属は、キサントモナダレス属の中で硝酸塩還元が可能な唯一の属である。
分類
キサントモナデール目は、キサントモナダ科とロダノバクテラ科の2つの科にまたがる28の有効な命名属から構成されています。[9] [10] [11]キサントモナダ科は13属から構成され、ロダノバクテラ科は14属から構成されています。これらの科は、各科に特有のさまざまなタンパク質に見られる保存されたシグネチャーインデルに基づいて互いに区別できます。 [10]これらのインデルは、進化的に異なる2つの異なる系統群を明らかにする系統ゲノム解析と並行しています。 リソバクテラ目とリソバクテラ科は、それぞれキサントモナダ科とキサントモナダ科の以前の同義語です。[10] [12]
系統学的位置
キサントモナデール目はガンマプロテオバクテリア内の細菌の早期分岐であり、この綱のために作成された系統樹の根源としてよく用いられる。[13]最近まで、キサントモナデール目にはキサントモナダ科、アルギフィラ科、ソリモナダ科、ネフスキ科、シノバクテリア科が含まれていた。しかし、すべての科を含む分子シグネチャーは見つからなかった。[10]生物は分類学的に再編され、キサントモナダ科には後に2つの科に分割されたキサントモナダ科が含まれるようになった。この分割は、修正されたキサントモナデール目のすべてのメンバーに特に見出されたCSIに従って行われ、現在受け入れられている分類法を裏付けている。他のすべての種はネフスキア目に移され、ネフスキア目はキサントモナダ科とCSIを共有していないが、ガンマプロテオバクテリア内では近縁種のままである。[10] Cardiobacteriales、Chromatiales、Methylococcales、Legionellales、Thiotrichalesもまた、XanthomonadalesおよびNevskialesのメンバーの系統学的隣接者である深く分岐した目である。[10] [13] Nevskiales目には、単一の科（Salinisphaeraceae）と6つの属（Alkanibacter、Fontimonas、Hydrocarboniphaga、Nevskia、Solimonas、Steroidobacter ）が含まれる。[10] Wohlfahrtiimonas chitiniclasticaとIgnatzschineriaの幼虫は、歴史的にXanthomonadaceae科のメンバーとして受け入れられてきた2種である。しかし、それらは科やXanthomonodales目とは保存された特徴を共有していない。 [10]これらの種は、隣接するガンマプロテオバクテリア属内で深い分岐を形成し、カルディオバクテリア目のメンバーと単系統を形成している。そのため、これらの種は現在、 incertae sedisに分類されている。
系統発生
現在受け入れられている分類法は、国立生物工学情報センター（NCBI）に基づいています。[9]
- ロダノバクテリア科
- キサントモナス科
- アレニモナス
- デニトラチモナス
- カイスティバクター
- ルテイモナス
- リゾバクター
- シュードキサントモナス
- リハイバクテリウム
- シラニモナス
- ステノトロフォモナス
- サーモモナス
- ヴルカニバクテリウム
- キサントモナス
- キシレラ
参考文献
- ^ da Silva AC, Ferro JA, Reinach FC, et al. (2002). 「異なる宿主特異性を持つ2つのXanthomonas病原体のゲノムの比較」. Nature . 417 (6887): 459–463. Bibcode :2002Natur.417..459D. doi :10.1038/417459a. PMID 12024217. S2CID 4302762.
- ^ Van Sluys MA、de Oliveira MC、Monteiro-Vitorello CB、et al. (2003)。「Xylella fastidiosa のピアス病および柑橘類斑入りクロロシス菌株の完全ゲノム配列の比較分析」。J Bacteriol . 185 (3): 1018–26. doi :10.1128/JB.185.3.1018-1026.2003. PMC 142809. PMID 12533478 。
- ^ Lee BM、Park YJ、Park DS、et al. (2005)。「イネの細菌性疫病菌、Xanthomonas oryzae pathovar oryzae KACC10331 のゲノム配列」。Nucleic Acids Res . 33 (2): 577–586. doi :10.1093/nar/gki206. PMC 548351 . PMID 15673718。
- ^ Ryan RP, Vorholter F, Potnis N, et al. (2005). 「Xanthomonas の病原学: 細菌と植物の相互作用を理解する」Nat Rev Microbiol . 9 (5): 344–355. doi :10.1038/nrmicro2558. PMID 21478901. S2CID 37510468.
- ^ Chen J, Xie G, Han S, Chertkov O, Sims D, Civerolo EL (2010). 「カリフォルニアでアーモンド葉焼け病を引き起こす2つのXylella fastidiosa株（M12およびM23）の全ゲノム配列」J Bacteriol . 192 (17): 4534. doi :10.1128/JB.00651-10. PMC 2937377. PMID 20601474 .
- ^ Crossman LC、Gould VC、Dow JM、他 (2008)。「Stenotrophomonas maltophilia の完全ゲノム、比較および機能解析により、薬剤耐性決定因子によって強力に保護された生物が明らかになった」。Genome Biol . 9 (4): R74. doi : 10.1186/gb-2008-9-4-r74 . PMC 2643945 . PMID 18419807。
- ^ Looney WJ、Narita M、Mühlemann K (2009)。「Stenotrophomonas maltophilia：新たな日和見主義ヒト病原体」。Lancet Infect Dis . 9 (5): 312–323. doi :10.1016/S1473-3099(09)70083-0. PMID 19393961。
- ^ Saddler GS、Bradbury JF (2005) Order III. Xanthomonadales ord. nov. In: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. pp. 63-122. 編集者 Brenner DJ、Krieg NR、Staley JT、Garrity GM、Boone、Vos P、Goodfellow M、Rainey FA、Schleifer KH Springer-: Austin.
- ^ ab Sayers; et al. 「Xanthomonadales」。国立生物工学情報センター(NCBI) 分類データベース。 2016年10月24日閲覧。
- ^ abcdefgh Naushad S、Adeolu M、Wong S、Sohail M、Schellhorn HE、Gupta RS (2015)。「Xanthomonadales 目の系統ゲノムと分子マーカーに基づく分類学的枠組み: Algiphilaceae 科と Solimonadaceae 科を Nevskiales ord. nov. 目へ移し、Xanthomonadales 目内に Rhodanobacter 属とその近縁種を含む Rhodanobacteraceae fam. nov. という新しい科を創設する提案」。Antonie van Leeuwenhoek . 107 (2): 467–485. doi :10.1007/s10482-014-0344-8. PMID 25481407。
- ^ Oren A、Garrity GM (2015)。「これまで有効ではあったが有効ではなかったので、公開された新しい名前と新しい組み合わせのリスト」。Int J Syst Evol Microbiol。65 ( 7 ): 2017–2025。doi :10.1099 / ijs.0.000317。
- ^ Christensen P, Cook F (1978). 「リソバクター、高塩基比の非結実性滑走細菌の新属」Int J Syst Evol Microbiol . 28 (3): 367–393. doi : 10.1099/00207713-28-3-367 .
- ^ ab クティーニョ＝ヒメネス AM、マルティンス＝ピニェイロ M、リマ WC、マルティン＝トルネ A、モラレス OG、メンク CF (2010)。 「保存されたタンパク質の特徴的な配列に基づくキサントモナダル目の進化的配置」。モル・フィロジネット進化論。54 (2): 524–34。土井：10.1016/j.ympev.2009.09.026。PMID 19786109。
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