ホモサピエンス種のタンパク質コード遺伝子
| UPF3B |
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| 利用可能な構造 |
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| ＰＤＢ | ヒト UniProt 検索: PDBe RCSB |
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| 識別子 |
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| エイリアス | UPF3B、HMRX62、MRXS14、RENT3B、UPF3X、Upf3p-X、UPF3BP1、UPF3BP2、UPF3BP3、UPF3 ナンセンス転写ホモログ B 調節因子 (酵母)、UPF3 ナンセンス転写ホモログ B 調節因子、ナンセンス媒介 mRNA 分解調節因子、UPF3B ナンセンス媒介 mRNA 分解調節因子、MRX82 |
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| 外部ID | オミム：300298; MGI : 1915384;ホモロジーン: 11307;ジーンカード：UPF3B; OMA :UPF3B - オルソログ |
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| 遺伝子の位置（マウス） |
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 | | クロ。 | X染色体（マウス）[2] |
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| | バンド | X|X A3.3 | 始める | 37,091,678 bp [2] |
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| 終わり | 37,110,322 bp [2] |
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| RNA発現パターン |
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| ブギー | | 人間 | マウス（相同遺伝子） |
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| トップの表現 | - 腓骨神経
- 胚
- 小脳半球
- 神経節隆起
- 内皮細胞
- 羊水
- 小脳の右半球
- 心室帯
- 睾丸
- 臓側胸膜
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| | トップの表現 | - 回腸上皮
- パネートセル
- 網膜の神経層
- 松果体
- 髄質集合管
- 網膜色素上皮
- 水晶体上皮
- ランゲルハンス島
- 窩
- 黒質
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| | 参照表現データの詳細 |
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| バイオGPS |  | | 参照表現データの詳細 |
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| 遺伝子オントロジー |
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| 分子機能 |
- タンパク質結合
- mRNA結合
- 核膜孔の構造成分
- 核酸結合
- RNA結合
| | 細胞成分 |
- エクソン-エクソン接合複合体
- 核質
- 微小管形成中心
- 核小体
- 核
- 細胞質
- 細胞質
| | 生物学的プロセス |
- スプライソソームを介したmRNAスプライシング
- RNAポリメラーゼII転写の終結
- mRNA輸送
- 核からのmRNAの輸出
- 翻訳の積極的な規制
- 核転写されたmRNAの分解過程、ナンセンス変異による分解
- mRNA 3'末端処理
- 核からのRNAの輸出
- 輸送
| | 出典:Amigo / QuickGO |
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| ウィキデータ |
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ナンセンス転写調節因子3Bは、ヒトではUPF3B遺伝子によってコードされるタンパク質である。[5] [6] [7]
この遺伝子は、mRNA 核外輸送と mRNA 監視の両方に関与するスプライシング後の多タンパク質複合体の一部であるタンパク質をコードします。コードされたタンパク質は、酵母 Upf3p の 2 つの機能相同遺伝子の 1 つです。mRNA 監視は、短縮されたオープン リーディング フレームを持つ輸送された mRNA を検出し、ナンセンス介在 mRNA 分解 (NMD) を開始します。最後のエクソン-エクソン接合部の上流で翻訳が終了すると、NMD がトリガーされ、未熟な終止コドンを含む mRNA が分解されます。このタンパク質は mRNA に結合し、核外輸送後も結合したままで、核質間シャトル タンパク質として機能します。Y14 と複合体を形成し、エクソン-エクソン接合部の 20 nt 上流に特異的に結合する。この遺伝子は、染色体 X の長腕にあります。この遺伝子には、異なるアイソフォームをコードする 2 つのスプライス バリアントが見つかっています。[7]
インタラクション
UPF3BはUPF2 [6] [8] [9] [10]およびUPF1 [6] [9] [11]と相互作用することが示されている。
参考文献
- ^ abc GRCh38: Ensembl リリース 89: ENSG00000125351 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ abc GRCm38: Ensembl リリース 89: ENSMUSG00000036572 – Ensembl、2017 年 5 月
- ^ 「Human PubMed Reference:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ 「マウス PubMed リファレンス:」。国立生物工学情報センター、米国国立医学図書館。
- ^ Serin G、Gersappe A、Black JD、Aronoff R、Maquat LE (2001 年 1 月)。「Saccharomyces cerevisiae Upf2 タンパク質および Upf3 タンパク質 (Caenorhabditis elegans SMG-4) に対するヒト相同遺伝子の同定と特性評価」。Mol Cell Biol . 21 (1): 209–23. doi :10.1128/MCB.21.1.209-223.2001. PMC 88795. PMID 11113196 。
- ^ abc Lykke-Andersen J、Shu MD、Steitz JA (2001年2月)。「ヒトUpfタンパク質は終止コドンの下流に結合すると、mRNAをナンセンス依存的分解の対象とする」。Cell . 103 ( 7): 1121–31. doi : 10.1016/S0092-8674(00)00214-2 . PMID 11163187。
- ^ ab 「Entrez Gene: UPF3B UPF3 ナンセンス転写産物ホモログ B の調節因子 (酵母)」。
- ^ Lehner, Ben; Sanderson Christopher M (2004年7月). 「ヒトmRNA分解のためのタンパク質相互作用フレームワーク」. Genome Res . 14 (7): 1315–23. doi :10.1101/gr.2122004. ISSN 1088-9051. PMC 442147. PMID 15231747 .
- ^ ab Lejeune, Fabrice; Li Xiaojie; Maquat Lynne E (2003年9月). 「哺乳類細胞におけるナンセンス鎖介在mRNA分解には、脱キャップ、脱アデニル化、およびエキソヌクレアーゼ活性が関与する」. Mol. Cell . 12 (3): 675–87. doi : 10.1016/S1097-2765(03)00349-6 . ISSN 1097-2765. PMID 14527413.
- ^ Lykke-Andersen, Jens (2002 年 12 月). 「ナンセンス変異を介した崩壊における hUpf タンパク質に関連するヒト脱キャップ複合体の同定」. Mol. Cell. Biol . 22 (23): 8114–21. doi :10.1128/MCB.22.23.8114-8121.2002. ISSN 0270-7306. PMC 134073. PMID 12417715 .
- ^ Schell, Thomas; Köcher Thomas; Wilm Matthias; Seraphin Bertrand; Kulozik Andreas E; Hentze Matthias W (2003 年 8 月)。「ナンセンス経路依存性 mRNA 崩壊経路因子ヒト upf1 (アップフレームシフトタンパク質 1) と HeLa 細胞における必須のナンセンス経路依存性 mRNA 崩壊因子との複合体」。Biochem . J. 373 ( Pt 3): 775–83. doi :10.1042/BJ20021920. ISSN 0264-6021. PMC 1223536. PMID 12723973 .
さらに読む
- Cross SH、Charlton JA、Nan X、Bird AP (1994)。「メチル化DNA結合カラムを用いたCpGアイランドの精製」。Nat . Genet . 6 (3): 236–44. doi :10.1038/ng0394-236. PMID 8012384. S2CID 12847618.
- Wilson KF、Fortes P、Singh US、他 (1999)。「核キャップ結合複合体は、成長因子受容体結合シグナル伝達の新たな標的である」。J . Biol. Chem . 274 (7): 4166–73. doi : 10.1074/jbc.274.7.4166 . PMID 9933612。
- Kim VN、Kataoka N、 Dreyfuss G (2001)。「スプライシング依存性エクソン-エクソン接合複合体におけるナンセンス変異介在性崩壊因子hUpf3の役割」。Science。293 ( 5536 ) : 1832–6。Bibcode : 2001Sci ... 293.1832K。doi :10.1126/science.1062829。PMID 11546873。S2CID 12018200 。
- Lykke-Andersen J、Shu MD、Steitz JA (2001)。「タンパク質RNPS1によるmRNA監視機構へのエクソン-エクソン接合部の位置の伝達」。Science。293 ( 5536 ) : 1836–9。Bibcode : 2001Sci ... 293.1836L。doi :10.1126/science.1062786。PMID 11546874。S2CID 389385 。
- Lejeune F、Ishigaki Y、Li X、Maquat LE (2002)。「哺乳類細胞ではエクソンジャンクション複合体はCBP80結合mRNAで検出されるが、eIF4E結合mRNAでは検出されない：mRNPリモデリングのダイナミクス」。EMBO J. 21 ( 13): 3536–45. doi :10.1093/emboj/cdf345. PMC 126094. PMID 12093754 。
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- Schell T、Köcher T、Wilm M、他 (2003)。「ナンセンス変異を介した mRNA 分解経路因子ヒト upf1 (アップフレームシフトタンパク質 1) と HeLa 細胞における必須のナンセンス変異を介した mRNA 分解因子との複合体」。Biochem . J. 373 ( Pt 3): 775–83. doi :10.1042/BJ20021920. PMC 1223536. PMID 12723973 。
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- Lehner B、Sanderson CM (2004)。「ヒトmRNA分解のためのタンパク質相互作用フレームワーク」。Genome Res . 14 (7): 1315–23. doi :10.1101/gr.2122004. PMC 442147. PMID 15231747 。
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- Kim YK、Furic L、Desgroseillers L、Maquat LE (2005)。「哺乳類のStaufen1はUpf1を特定のmRNA 3'UTRにリクルートし、mRNAの分解を誘発する」。Cell . 120 (2): 195–208. doi : 10.1016/j.cell.2004.11.050 . PMID 15680326。
- Gehring NH、Kunz JB、Neu-Yilik G、et al. (2005)。「エクソンジャンクション複合体の構成要素は、異なる補因子要件を伴うナンセンス媒介mRNA分解の異なる経路を指定します。」Mol. Cell . 20 (1): 65–75. doi : 10.1016/j.molcel.2005.08.012 . PMID 16209946。
- Kunz JB、Neu-Yilik G、Hentze MW、他(2006)。 「ナンセンス媒介mRNA分解および翻訳におけるhUpf3aおよびhUpf3bの機能」。RNA。12 (6): 1015–22。土井：10.1261/rna.12506。PMC 1464862。PMID 16601204。
