放線菌科

放線菌科
	ストレプトマイセス属のスライド培養
科学的分類
ドメイン：	細菌
門:	放線菌類
クラス：	放線菌
注文：	ストレプトミセタレス; キャバリエ・スミス 2002
家族：	ストレプトミセス科; Waksman and Henrici 1943 (承認リスト 1980)
属
	テキストを参照
同義語
	「放線菌類」カウチ 1955; アロストレプトミセス科サラムら 2020;

放線菌科は放線菌綱の科で、単型の放線菌目 (Streptomycetales)を構成しています。重要な属である Streptomyces が含まれます。これは、結核に対する最初の抗生物質であるストレプトマイシンなど、多くの抗生物質の元祖です。

ゲノミクス

放線菌全ゲノムの配列アラインメントにより、放線菌目に特有の保存されたシグネチャーインデルが3つ特定された。酵素PBGDには、すべてのStreptomyces種とKitasatospora setaeに存在するが、他の放線菌には存在しない 4 つのアミノ酸挿入が含まれる。同様に、アデニル酸キナーゼの保存領域には 1 つのアミノ酸挿入が存在し、すべてのStreptomyces種とK. setaeに見られるが、他の放線菌には見られない。また、配列が決定されているさまざまなStreptomyces種に存在するがK. setaeには存在しない5 つの保存されたシグネチャータンパク質も特定されている。ただし、 K. setaeの完全なゲノムはまだ配列決定されていないため、これらのタンパク質はK. setaeに存在する可能性がある。さらに、配列決定されたすべてのStreptomycetales種とK. setaeに見られる 11 の保存されたシグネチャータンパク質が特定されています。これらのタンパク質は Streptomycetales 目に特有であると考えられているため、このグループを他の放線菌門と区別するために使用できる分子マーカーを提供します。系統樹は、 Catenulisporales目が Streptomycetales 目に密接に関連していることを示しています。この推論は、すべての Streptomycetales 種とCatenulisporales acidiphiliaに独自に見られる 1 アミノ酸の保存されたシグネチャーインデルによって裏付けられています。Catenulisporales acidiphilia は、完全なゲノムが配列決定されている唯一の Catenulisporales 種です。さらに、すべての Streptomycetales 種とC. acidiphiliaに見られる 3 つの保存されたシグネチャータンパク質が特定されています。保存されたシグネチャーインデルと保存されたシグネチャータンパク質は両方とも、ストレプトミケス目とカテヌリスポラ目が密接に関連していることを示す証拠を提供します。^[4]

系統発生

現在受け入れられている分類法は、原核生物の命名法リスト（LPSN）^[3]と国立生物工学情報センター（NCBI）^{[5]に基づいています。}

不確実な属:

「マリニスポラ」クォンら。 2006年
「パラストレプトマイセス」ニコルズ他 2005
「トリコトモスポラ」リアン、リウ、チャン 1985
「バーティシロミセス・ シノブ 1965

参照

注記

^ アロストレプトマイセスはこの系統樹には含まれません。

参考文献

^ Waksman SA, Henrici AT (1943). 「放線菌の命名法と分類」J Bacteriol . 46 (4): 337– 341. doi :10.1128/jb.46.4.337-341.1943. PMC 373826 . PMID 16560709. S2CID 8824754.
^ Cavalier-Smith T. (2002). 「古細菌のネオミュラン起源、普遍的な樹形のネオギバクテリアの根源、そして細菌のメガ分類」Int J Syst Evol Microbiol . 52 (Pt 1): 7– 76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID 11837318.
^ ab AC Parte; et al. 「Streptomycetaceae」。命名法で定められた原核生物名のリスト(LPSN) 。 2023年9月9日閲覧。
^ Gao, B.; Gupta, RS (2012). 「放線菌門の主要系統群の系統学的枠組みと分子シグネチャー」.微生物学および分子生物学レビュー. 76 (1): 66– 112. doi :10.1128/MMBR.05011-11. PMC 3294427. PMID 22390973 .
^ Sayers; et al. 「Streptomycetaceae」。国立生物工学情報センター(NCBI) 分類データベース。 2023年9月9日閲覧。
^ Nouioui I、Carro L、García-López M、Meier-Kolthoff JP、Woyke T、Kyrpides NC、Pukall R、Klenk HP、Goodfellow M、Markus Göker M (2018)。「放線菌門のゲノムベースの分類」。Front。Microbiol。9 ： 2007。doi ：10.3389 / fmicb.2018.02007。PMC 6113628。PMID 30186281。
^ 「The LTP」。 2023年11月20日閲覧。
^ 「LTP_all tree in newick format」。2023年11月20日閲覧。
^ 「LTP_08_2023 リリースノート」(PDF) 。 2023年11月20日閲覧。
^ 「GTDBリリース08-RS214」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。
^ "bac120_r214.sp_label".ゲノム分類データベース. 2023年5月10日閲覧。
^ 「分類の歴史」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。

外部リンク

WikispeciesのStreptomycetaceaeに関連するデータ

[7] アロストレプトマイセスはこの系統樹には含まれません。

[1] Waksman SA, Henrici AT (1943). 「放線菌の命名法と分類」J Bacteriol . 46 (4): 337– 341. doi :10.1128/jb.46.4.337-341.1943. PMC 373826 . PMID 16560709. S2CID 8824754.

[2] Cavalier-Smith T. (2002). 「古細菌のネオミュラン起源、普遍的な樹形のネオギバクテリアの根源、そして細菌のメガ分類」Int J Syst Evol Microbiol . 52 (Pt 1): 7– 76. doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID 11837318.

[LPSN-3] AC Parte; et al. 「Streptomycetaceae」。命名法で定められた原核生物名のリスト(LPSN) 。 2023年9月9日閲覧。

[4] Gao, B.; Gupta, RS (2012). 「放線菌門の主要系統群の系統学的枠組みと分子シグネチャー」.微生物学および分子生物学レビュー. 76 (1): 66– 112. doi :10.1128/MMBR.05011-11. PMC 3294427. PMID 22390973 .

[NCBI-5] Sayers; et al. 「Streptomycetaceae」。国立生物工学情報センター(NCBI) 分類データベース。 2023年9月9日閲覧。

[Nouioui-6] Nouioui I、Carro L、García-López M、Meier-Kolthoff JP、Woyke T、Kyrpides NC、Pukall R、Klenk HP、Goodfellow M、Markus Göker M (2018)。「放線菌門のゲノムベースの分類」。Front。Microbiol。9 ： 2007。doi ：10.3389 / fmicb.2018.02007。PMC 6113628。PMID 30186281。

[LTP-8] 「The LTP」。 2023年11月20日閲覧。

[9] 「LTP_all tree in newick format」。2023年11月20日閲覧。

[10] 「LTP_08_2023 リリースノート」(PDF) 。 2023年11月20日閲覧。

[about-11] 「GTDBリリース08-RS214」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。

[tree-12] "bac120_r214.sp_label".ゲノム分類データベース. 2023年5月10日閲覧。

[taxon_history-13] 「分類の歴史」。ゲノム分類データベース。 2023年5月10日閲覧。