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1649年から1660年の共和政時代には、イングランド共和国の船舶によって様々な旗が掲げられていた。
海上では、王党派の船は引き続き1606年のユニオンジャックを掲げていたが、1649年2月22日、国務院は議会海軍に対し、「国家に奉仕する海上の船は、白旗に赤十字のみを掲げるものとする」(すなわち、イングランドの国旗)という命令(オリバー・クロムウェルが2月23日に署名)を送ることを決定した。1649年3月5日、国務院はさらに「提督、副提督、および再提督が掲げる旗は、現在提示されているもの、すなわち、区画内に2つのスコットランドの紋章を配した赤旗とする」と命令した。[ 2 ]この記述に従う海軍 旗の現存する唯一の例はグリニッジの国立海洋博物館に保管されており、その他はチャールズ2世の王政復古の際に共和制のシンボルが破壊された犠牲となった。[ 3 ]スコットランドは1654年に正式にイングランドと統合された。ペリン(1922)によれば、スコットランドの斜め十字は1658年まで連邦の海軍旗に再び登場しなかった。[ 4 ]
1658年、クロムウェルの護国卿としての個人旗は「陛下の艦隊総司令官旗」となり、十字とハープの旗は「護国卿旗」に置き換えられた。この旗は王室のユニオン・フラッグの中央にアイルランドのハープが加えられたものである。[ 5 ]