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| コンテンツ | |
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| 説明 | マウスイヤークレスとして一般に知られるモデル植物シロイヌナズナの遺伝学および分子生物学データのコミュニティリソースおよびオンラインモデル生物データベース。 |
| 生物 | シロイヌナズナ |
| 接触 | |
| 研究センター | フェニックスバイオインフォマティクス |
| アクセス | |
| Webサイト | https://www.arabidopsis.org/ |
アラビドプシス情報リソース（TAIR ）は、モデル植物シロイヌナズナ（通称マウスイヤークレス）の遺伝学および分子生物学データのコミュニティリソースおよびオンラインモデル生物データベースです。 [1]
TAIR は、シロイヌナズナのゲノム、遺伝子、遺伝子産物、自然変異体、突然変異対立遺伝子、植物表現型、研究文献に関する情報を統合します。TAIR のデータは、単純検索や詳細検索、一括クエリおよびダウンロード ツール、準備されたテキスト ファイルのコレクションを使用して取得できます。シロイヌナズナのゲノムと注釈は、インタラクティブな SeqViewer および GBrowse ツールを使用して視覚化できます。TAIR のバイオキュレーターは、研究文献 (機能注釈) [2]からデータを取得して統合するとともに、コミュニティがシロイヌナズナのデータとツールを使用できるように支援する責任があります。TAIR は、研究者が種子と DNA ストックを検索、参照、注文できるように、シロイヌナズナ生物資源コンソーシアム[3] (ABRC) と協力します。ABRC の使命は、シロイヌナズナ研究コミュニティに役立つ種子と DNA リソースを取得、保存、配布することです。 TAIRのコミュニティには28,000人以上の登録ユーザーがおり[4]、ウェブサイトには毎月約60,000人のユニークビジターが訪れます。[5]
TAIRはフェニックスバイオインフォマティクス[6]にあり、会費によって運営されています。[7]
TAIRの資金調達履歴
1999年の設立から2013年まで、TAIRは主に国立科学財団（助成金番号DBI-0850219）から資金提供を受けていました。NSFの資金援助の終了を受けて、TAIRスタッフの中核グループは、データベースの持続可能性に対する創造的な解決策を見つけることを目的として、非営利団体であるPhoenix Bioinformatics [6]を設立しました。2013年9月、Phoenixの支援を受けて、TAIRはサブスクリプション収入に移行しました。サブスクリプション料金は、継続的なデータキュレーションとTAIRのデータベースとツールの改善に使用されます。TAIRは、完全で最新のリソースにアクセスするためのさまざまなサブスクリプションオプションを提供しています。[8]
コミュニティがデータに最大限アクセスできるようにし、データの再利用を促進するために、TAIRの加入者限定データは、TAIRサイトでの最初のリリースから1年後に一般に公開されます。[9]
参考文献
- ^ Lamesch, P; Berardini, TZ; Li, D; Swarbreck, D; Wilks, C; Sasidharan, R; Muller, R; Dreher, K; Alexander, DL; Garcia-Hernandez, M; Karthikeyan, AS; Lee, CH; Nelson, WD; Ploetz, L; Singh, S; Wensel, A; Huala, E (2012). 「The Arabidopsis Information Resource (TAIR): improved gene annotation and new tools」. Nucleic Acids Research . 40 (データベース): D1202-10. doi :10.1093/nar/gkr1090. PMC 3245047 . PMID 22140109.
- ^ ベラルディーニ、TZ;ムンドディ、S;ライザー、L;ワラ、E;ガルシア・ヘルナンデス、M;張、P;ミュラー、ルイジアナ州。ユン・ジェイ;ドイル、A;ランダー、G;モセイコ、N;ユ、D;徐、私。ゾークラー、B;モントーヤ、M;ミラー、N;ウィームズ、D;リー、SY (2004)。 「管理された語彙を使用したシロイヌナズナゲノムの機能的アノテーション」。植物生理学。135 (2): 745–55。土井：10.1104/pp.104.040071。PMC 514112。PMID 15173566。
- ^ “ABRC”. abrc.osu.edu .
- ^ 「TAIRコミュニティ検索」TAIR 。 2015年5月11日閲覧。
- ^ 「TAIR Google Analytics」。Google Analytics 。 2015年5月12日閲覧。
- ^ ab "Phoenix Bioinformatics". www.phoenixbioinformatics.org。
- ^ 「TAIRサブスクリプション」。
- ^ 「TAIRサブスクリプションページ」。TAIR 。 2015年5月12日閲覧。
- ^ 「TAIRデータリリースニュース」TAIR 。 2015年5月12日閲覧。
外部リンク
- アラビドプシス情報リソース