系統発生

系統発生（ギリシャ語の φῦλον phylon「部族」+ γένεσις genesis 「起源」に由来）は、分類群（あらゆるランク）が出現する生物学的プロセスです。これらのプロセスを研究する科学は系統学と呼ばれます。^{[1] [2] [3] [4] [5]}

これらの用語は、系統発生の説明や研究 において、分子分析手法（分子生物学やゲノミクスなど）の応用である系統発生学という用語と混同される可能性があります。

系統関係は、DNA 配列や全体的な形態解剖学的、行動学的、その他の特性など、 観察された遺伝的特性を評価する系統推定法を通じて発見されます。

これらの分析の結果は系統発生（系統樹とも呼ばれる）であり、これは生物群の進化関係の歴史についての図式的な仮説です。^{[6]系統発生分析は、生物多様性、進化、}生態遺伝学、ゲノムを理解する上で中心的なものとなっています。

分岐学（ギリシャ語 κλάδος、klados、つまり「枝」）^[7]は、生物を、グループの最も最近の共通祖先にまで遡ることができ、より遠い祖先には存在しない、共有された派生的な特徴に基づいて分類する生物学的分類のアプローチです。したがって、グループのメンバーは共通の歴史を共有していると想定され、密接に関連していると見なされます。^{[8] [9] [10] [11]}

分岐論的手法では、分類群（または他の末端）間で共有される形質状態の分布によって暗示される各形質状態の変化を、グループ化の潜在的な証拠として解釈します。分岐論的分析の結果は、系統関係の最良の仮説を表すと解釈される樹形図（デンドログラム）^[12]であるクラドグラムです。

従来、このような系統樹は主に手作業で計算された形態学的特徴に基づいて生成されていましたが、現在では遺伝子配列データと計算系統学が一般的に使用されており、多くの系統学者は簡素基準を放棄し、より「洗練された」（ただし、それほど簡素ではない）形質状態変換の進化モデルを採用しています。

分類学（ギリシア語 τάξις、taxis =「秩序」、「配置」+ νόμος、nomos =「法」または「科学」）は、生物の分類、識別、命名である。系統学から多くの情報を得ていることが多いが、方法論的および論理的に異なる学問である。^[13]分類学が系統発生に依存する程度（または分類が進化の発達に依存する程度）は、分類学の流派によって異なる。表現論は系統発生を完全に無視し、代わりに生物間の類似性を表現しようとする。分岐学（系統分類学）は、分類において系統発生を再現しようとする。

^{ジャン＝ジャック・クピエック[14] [15]}による系統発生の細胞レベルへの拡張は、 オントフィロジェネシスとして知られている。

• 系統発生 ≠系統発生学;
• 系統発生 ≠ (≈)系統学;
• 系統発生 ≠分岐論;
• 系統学≠分岐学;
• 分類学≠分岐学。

• 系統発生
• 系統学
• 分類
• 系統分類学
• 個体発生
• 進化

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