デンドログラム

デンドログラムは、ツリーグラフを表す図です。この図式表現は、さまざまな場面で頻繁に使用されます。

• 階層的クラスタリングでは、対応する分析によって生成されたクラスターの配置を示します。^{[ 4 ]}
• 計算生物学では、遺伝子やサンプルのクラスタリングを示し、ヒートマップの端に表示されることもあります。^{[ 5 ]}
• 系統学では、さまざまな生物分類群間の進化関係を示します。この場合、デンドログラムは系統樹とも呼ばれます。^{[ 6 ]}

デンドログラムという名前は、古代ギリシャ語のδένδρον ( déndron )（「木」を意味する）とγράμμα ( grámma )（「図、数学的図形」を意味する）という2 つの単語に由来します。 ^{[ 7 ] [ 8 ]}

クラスタリングの例として、5 つの分類群 (${\displaystyle a}$に${\displaystyle e}$）は、遺伝的距離のマトリックスに基づいてUPGMAによってクラスタリングされています。階層的クラスタリングデンドログラムでは、初期データ（ここでは個々の分類群）を表す5つのノードの列と、データが属するクラスターを表す残りのノードが表示され、矢印は距離（非類似度）を表します。マージされたクラスター間の距離は単調で、マージのレベルとともに増加します。プロット内の各ノードの高さは、その2つの娘間のグループ間非類似度の値に比例します（個々の観測値を表す右側のノードはすべて高さゼロでプロットされます）。

• 系統樹
• 系統発生における距離行列
• 階層的クラスタリング
• MEGAは、樹状図を描画するためのフリーウェアです。
• yEdは、樹状図を描画し、自動的に配置するためのフリーウェアです。
• 分類学

• アイリスデンドログラム- 「完全」メソッドを使用した階層的クラスタリングから得られた 3 つのクラスターを実際の種カテゴリと比較して視覚化するためにデンドログラムを使用する例( Rを使用)。