オキサロバクター・パラフォルミゲネス

オキサロバクター・パラフォルミゲネス
科学的分類
ドメイン：	細菌
門:	シュードモナドタ
クラス：	ベータプロテオバクテリア
注文：	バークホルデリア目
家族：	オキサロバクター科
属:	オキサロバクター
種：	オオバコ
二名法名
	オキサロバクター・パラフォルミゲネス; チミエルら、2022
タイプ株
	オキサロバクター・パラフォルミゲネスHOxBLS T

オキサロバクター・パラフォルミゲネスは、グラム陰性、非胞子形成、シュウ酸分解嫌気性細菌であり、最初にヒトの糞便サンプルから分離されました。^[1] O. paraformigenesは、シュウ酸を主な炭素源として利用する独自の能力により、シュウ酸カルシウム腎結石症に関与している可能性があります^{。 [1]}

分類

Oxalobacter paraformigenes は、もともとOxalobacter formigenesのサブグループであると考えられていました。^[1]脂肪酸プロファイル、16SリボソームRNA配列、oxc (オキサリルCoA脱炭酸酵素) 遺伝子とfrc (フォルミルCoAトランスフェラーゼ) 遺伝子に特異的なDNAプローブに基づき、O. paraformigenes株 HOxBLS はグループ II 株であると考えられていました。^[2]^[3]^[4]^[5]しかし、全ゲノム配列決定により、O. paraformigenes HOxBLS はO. formigenesとは異なる種であることが明らかになり、その後改名されました。^[6]新しい種名paraformigenesは、親種formigenesを使用し、ギリシャ語の接頭辞para（「隣」を意味する）を追加したものです。 ^{[7]これは、}O. paraformigenesが長い間、完全なゲノム配列を持つ唯一のグループII株であり、グループI株（現在はO. formigenesとして知られています）間の遺伝的比較を行うために使用されていたためです。^[6]

ゲノム

O. paraformigenesのゲノムはヒトマイクロバイオームプロジェクトの一環として配列決定され、約2.5 MbでG+C含有量は約52.7%です。^[8]^[9] O. paraformigenesはO. formigenesよりもG+C含有量がわずかに高く、遺伝子配列もわずかに多くなっています。^[1]^[6]^[10]

文化の成長

O. paraformigenes は_CO2 -重炭酸塩緩衝シュウ酸培地で増殖し、通常は嫌気性ハンゲートチューブまたは嫌気性チャンバーで培養されます。 ^[1]シュウ酸は 20～100 mM（望ましい細胞密度に応じて）で補充され、細菌は 37 °C で 24～48 時間増殖されます。^[1]^[6]不透明な寒天を充填したハンゲートチューブである嫌気性ロールチューブは、細菌の分離に使用されます。^[1]

参考文献

^ abcdefg Daniel, Steven L.; Moradi, Luke; Paiste, Henry; Wood, Kyle D.; Assimos, Dean G.; Holmes, Ross P.; Nazzal, Lama; Hatch, Marguerite; Knight, John (2021-08-26). Julia Pettinari, M. (ed.). 「40 Years of Oxalobacter formigenes, a Gutsy Oxalate-Degrading Specialist」.応用環境微生物学. 87 (18): e0054421. doi :10.1128/AEM.00544-21. ISSN 0099-2240. PMC 8388816 . PMID 34190610.
^ Allison MJ、Dawson KA、 Mayberry WR、Foss JG (1985 年 2 月)。「Oxalobacter formigenes gen. nov.、sp. nov.: 胃腸管に生息するシュウ酸分解嫌気性菌」。Archives of Microbiology。141 ( 1 ) : 1–7。doi :10.1007/BF00446731。PMID 3994481。S2CID 10709172。
^ Jensen, NS; Allison, MJ (1994)。「 Oxalobacter formigenes種における嫌気性シュウ酸分解細菌の多様性に関する研究、要約 I-12」。1994年アメリカ微生物学会第 94 回総会要旨。ワシントン DC、米国: アメリカ微生物学会。p. 255。
^ Garrity, George M.; Bell, Julia A.; Lilburn, Timothy (2005), Brenner, Don J.; Krieg, Noel R.; Staley, James T. (eds.)、「Class II. Betaproteobacteria class. nov.」、Bergey's Manual® of Systematic Bacteriology、ボストン、MA: Springer US、pp. 575–922、doi :10.1007/978-0-387-29298-4_2、ISBN 978-0-387-24145-6、2022-11-10取得
^ Sidhu, H; Enatska, L; Ogden, S; Williams, W; Allison, M; Peck, A (1997 年 6 月)。「ポリメラーゼ連鎖反応ベースの検出システムを使用した、ウクライナの小児における腸内細菌 Oxalobacter formigenes の定着の評価」。分子診断。2 ( 2): 89–97。doi :10.1016/S1084-8592(97)80015-X。
^ abcd Chmiel, John A.; Carr, Charles; Stuivenberg, Gerrit A.; Venema, Robertson; Chanyi, Ryan M.; Al, Kait F.; Giguere, Daniel; Say, Henry; Akouris, Polycronis P.; Domínguez Romero, Sergio Ari; Kwong, Aaron; Tai, Vera; Koval, Susan F.; Razvi, Hassan; Bjazevic, Jennifer (2022-12-21). 「古いグループ分けに対する新たな視点：Oxalobacter formigenes のゲノムと表現型の多様性、およびシュウ酸カルシウム結石予防への影響」。Frontiers in Microbiology . 13 : 1011102. doi : 10.3389/fmicb.2022.1011102 . ISSN 1664-302X. PMC 9812493. PMID 36620050 .
^ Pallen, Mark J.; Telatin, Andrea; Oren, Aharon (2021年4月). 「古細菌と細菌の次の100万の名前」. Trends in Microbiology . 29 (4): 289–298. doi : 10.1016/j.tim.2020.10.009 .
^ Chmiel, John A.; Carr, Charles; Stuivenberg, Gerrit A.; Venema, Robertson; Chanyi, Ryan M.; Al, Kait F.; Giguere, Daniel; Say, Henry; Akouris, Polycronis P.; Domínguez Romero, Sergio Ari; Kwong, Aaron; Tai, Vera; Koval, Susan F.; Razvi, Hassan; Bjazevic, Jennifer (2022-12-21). 「古いグループ分けに対する新たな視点：Oxalobacter formigenes のゲノムと表現型の多様性、およびシュウ酸カルシウム結石予防への影響」。Frontiers in Microbiology . 13 . doi : 10.3389/fmicb.2022.1011102 . ISSN 1664-302X. PMC 9812493 . PMID 36620050.
^ 「MIGS 培養細菌/古細菌サンプル、オキサロ... - BioSample - NCBI」。www.ncbi.nlm.nih.gov 。2023年 10 月 23 日閲覧。
^ Knight, John; Deora, Rajendar; Assimos, Dean G.; Holmes, Ross P. (2013 年 6 月). 「Oxalobacter formigenes の遺伝的構成と定着およびシュウ酸カルシウム結石症との関係」.尿路結石症. 41 (3): 187–196. doi :10.1007/s00240-013-0566-7. ISSN 2194-7228. PMC 3713771. PMID 23632911 .

外部リンク

NCBI 分類ブラウザ
「www.atcc.org/products/tsd-346」。atcc.org。2023年10月23日閲覧。
「German Collection of Microorganisms and Cell Cultures GmbH: 詳細」。dsmz.de 。 2023年10月23日閲覧。

[AEM-1] Daniel, Steven L.; Moradi, Luke; Paiste, Henry; Wood, Kyle D.; Assimos, Dean G.; Holmes, Ross P.; Nazzal, Lama; Hatch, Marguerite; Knight, John (2021-08-26). Julia Pettinari, M. (ed.). 「40 Years of Oxalobacter formigenes, a Gutsy Oxalate-Degrading Specialist」.応用環境微生物学. 87 (18): e0054421. doi :10.1128/AEM.00544-21. ISSN 0099-2240. PMC 8388816 . PMID 34190610.

[Allison_1985-2] ^ Allison MJ、Dawson KA、 Mayberry WR、Foss JG (1985 年 2 月)。「Oxalobacter formigenes gen. nov.、sp. nov.: 胃腸管に生息するシュウ酸分解嫌気性菌」。Archives of Microbiology。141 ( 1 ) : 1–7。doi :10.1007/BF00446731。PMID 3994481。S2CID 10709172。

[3] ^ Jensen, NS; Allison, MJ (1994)。「 Oxalobacter formigenes種における嫌気性シュウ酸分解細菌の多様性に関する研究、要約 I-12」。1994年アメリカ微生物学会第 94 回総会要旨。ワシントン DC、米国: アメリカ微生物学会。p. 255。

[4] Garrity, George M.; Bell, Julia A.; Lilburn, Timothy (2005), Brenner, Don J.; Krieg, Noel R.; Staley, James T. (eds.)、「Class II. Betaproteobacteria class. nov.」、Bergey's Manual® of Systematic Bacteriology、ボストン、MA: Springer US、pp. 575–922、doi :10.1007/978-0-387-29298-4_2、ISBN 978-0-387-24145-6、2022-11-10取得

[5] Sidhu, H; Enatska, L; Ogden, S; Williams, W; Allison, M; Peck, A (1997 年 6 月)。「ポリメラーゼ連鎖反応ベースの検出システムを使用した、ウクライナの小児における腸内細菌 Oxalobacter formigenes の定着の評価」。分子診断。2 ( 2): 89–97。doi :10.1016/S1084-8592(97)80015-X。

[New_perspectives-6] Chmiel, John A.; Carr, Charles; Stuivenberg, Gerrit A.; Venema, Robertson; Chanyi, Ryan M.; Al, Kait F.; Giguere, Daniel; Say, Henry; Akouris, Polycronis P.; Domínguez Romero, Sergio Ari; Kwong, Aaron; Tai, Vera; Koval, Susan F.; Razvi, Hassan; Bjazevic, Jennifer (2022-12-21). 「古いグループ分けに対する新たな視点：Oxalobacter formigenes のゲノムと表現型の多様性、およびシュウ酸カルシウム結石予防への影響」。Frontiers in Microbiology . 13 : 1011102. doi : 10.3389/fmicb.2022.1011102 . ISSN 1664-302X. PMC 9812493. PMID 36620050 .

[7] Pallen, Mark J.; Telatin, Andrea; Oren, Aharon (2021年4月). 「古細菌と細菌の次の100万の名前」. Trends in Microbiology . 29 (4): 289–298. doi : 10.1016/j.tim.2020.10.009 .

[8] Chmiel, John A.; Carr, Charles; Stuivenberg, Gerrit A.; Venema, Robertson; Chanyi, Ryan M.; Al, Kait F.; Giguere, Daniel; Say, Henry; Akouris, Polycronis P.; Domínguez Romero, Sergio Ari; Kwong, Aaron; Tai, Vera; Koval, Susan F.; Razvi, Hassan; Bjazevic, Jennifer (2022-12-21). 「古いグループ分けに対する新たな視点：Oxalobacter formigenes のゲノムと表現型の多様性、およびシュウ酸カルシウム結石予防への影響」。Frontiers in Microbiology . 13 . doi : 10.3389/fmicb.2022.1011102 . ISSN 1664-302X. PMC 9812493 . PMID 36620050.

[9] 「MIGS 培養細菌/古細菌サンプル、オキサロ... - BioSample - NCBI」。www.ncbi.nlm.nih.gov 。2023年 10 月 23 日閲覧。

[10] Knight, John; Deora, Rajendar; Assimos, Dean G.; Holmes, Ross P. (2013 年 6 月). 「Oxalobacter formigenes の遺伝的構成と定着およびシュウ酸カルシウム結石症との関係」.尿路結石症. 41 (3): 187–196. doi :10.1007/s00240-013-0566-7. ISSN 2194-7228. PMC 3713771. PMID 23632911 .