OpenEye 科学ソフトウェア

OpenEye 科学ソフトウェア

会社種別	子会社
業界	コンピュータソフトウェア 研究開発 バイオテクノロジー ケミインフォマティクス
設立	1997年; 27年前 （1997年）
創設者	アンソニー・ニコルズ[1]
本部	ニューメキシコ州サンタフェ 、 アメリカ合衆国
主要人物	アンソニー・ニコルズ（CEO）[1]
従業員数	130（2022）[1]
親	ケイデンスデザインシステムズ
Webサイト	詳しくはこちら

OpenEye Scientific Softwareは、 1997年にアンソニー・ニコルズによって設立されたアメリカのソフトウェア会社です。^[1]大規模な分子モデリング アプリケーションとツールキットを開発しています。2022年9月にCadence Design SystemsがOpenEyeを5億ドルで買収した後 、同社はOpenEye Cadence Molecular Sciencesにブランド名を変更し、Cadence傘下の事業部門として運営されています。^{[2] [1]}

主に医薬品の発見と設計を対象としており、応用分野には、立体配座生成、ドッキング、形状比較、電荷/静電気、ケモインフォマティクス、視覚化などがあります。このソフトウェアは、科学的厳密さだけでなく、速度、スケーラビリティ、プラットフォームの独立性も考慮して設計されています。

OpenEye は、その技術の多くをカスタム開発に適したツールキットとして提供しています。ツールキットは、C++、Python、Java、C#など複数の言語で利用できます。^{[引用が必要]}

• AFITT -結晶構造の改良と分析。
• BROOD -形状、化学、静電的類似性を使用したバイオアイソスターの識別。
• EON -静電気オーバーレイの比較による化学的類似性分析。
• FastROCS - GPU テクノロジーを使用したリアルタイムの 3D 分子形状検索。
• フィルター -物理的特性または官能基に基づいた分子のスクリーニングと選択。
• OEDocking - FRED (高速ドッキング)、HYBRID (リガンド ガイド ドッキング)、POSIT (リガンド ガイド ポーズ予測) などの分子ドッキング ツール。
• OMEGA - 線状分子およびマクロ環状分子の高速かつ正確なコンフォーマー生成。
• pKa Prospector - 高品質の pKa 測定値のデータベース。
• QUACPAC - 小分子およびタンパク質の互変異性体、プロトン化状態および電荷。
• ROCS -迅速な 3D 分子形状検索による化学的類似性分析。
• SZMAP - リガンドの効力を向上させるために、タンパク質結合部位内の水分部位を特定します。
• SZYBKI -気相、溶液、またはタンパク質活性部位内のリガンドの高速力場最適化。
• VIDA -分子構造と情報の企業コレクションを視覚化し、分析し、管理するグラフィカル ユーザー インターフェイス。

特定の機能セットへのオブジェクト指向のアクセシビリティを他のアプリケーションに提供するプログラミング ライブラリ。

• OEChem TK - ケミインフォマティクスと 3D 分子データ処理。
• OEDepict TK - 化合物のエレガントな 2D 構造レンダリング。
• OEDocking TK - ドッキングとスコアリング。
• Grapheme TK - 化合物の高度な構造レンダリング。
• GraphSim TK - 2D 分子指紋と類似性計算。
• Lexichem TK - 複数の言語をサポートする最先端の化合物名と構造の相互変換。
• MolProp TK - 2D 分子特性の計算とフィルタリング。
• QuacPac TK - 互変異性体の生成。
• Omega TK - コンフォーマー生成。
• Shape TK - 3D オーバーレイに基づく分子形状の比較。
• Spicoli TK - 分子表面の迅速な生成と操作。
• Szmap TK - 結合部位における水の相互作用。
• Szykbi TK - 一般化関数最適化、例：分子構造最適化。
• Zap TK - 効率的なポアソン・ボルツマン 静電気ソルバー。

• 計算化学

• 「ダウンロードとアップグレード: AFITT 2.3、GenBank 197.0、およびタンパク質データバンク」。BioInform。Genomeweb LLC。2013年 8 月 16 日。2013年8 月 28 日閲覧。
• 「OpenEye Scientific Software, Inc. の会社概要」。Bloomberg Businessweek。Bloomberg LP。2009年3月5日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2013年8月28日閲覧。
• Yang, Jeremy J. (2011 年秋)。「ケミインフォマティクス ソフトウェア開発: ケース スタディ」(PDF)。インディアナ大学情報科学およびコンピューティング学部。2013年8 月 28 日閲覧。

• 公式サイト