遺伝子調査員

Genevestigator は、遺伝子発現データベースとデータを分析するためのツールで構成されるアプリケーションです。基盤となるマイクロアレイとRNAseq、および単一細胞 RNA シーケンスデータの種に応じて、生物医学用と植物用の 2 つのバージョンがあります。2004 年 1 月にETH チューリッヒの科学者によって開始され、現在は Nebion AG によって開発および商品化されています。

学界や産業界の研究者や科学者は、これを使用して、新しい薬物ターゲットとバイオマーカーを特定、特徴付け、検証し、適切な研究モデルを特定し、一般的にはさまざまな治療法によって遺伝子発現がどのように変化するかを理解します。

Genevestigator データベースは、GEO、Array Express、TCGAなどの有名な癌研究プロジェクトを含む多数の公開リポジトリからのトランスクリプトミクス データで構成されています。ライセンス契約によっては、非公開の遺伝子発現研究のデータも含まれる場合があります。すべてのデータは手動でキュレーションされ、品質管理され、対応する科学出版物から得られたサンプルと実験の説明が強化されています。

サンプルの由来となる種の数は絶えず増加しています。現在、生物医学バージョンには、生物医学研究で使用されるヒト、マウス、ラットのデータが含まれています。遺伝子発現研究は、腫瘍学、免疫学、神経学、皮膚科学、心血管疾患など、さまざまな研究分野から行われています。サンプルは、組織生検と細胞株で構成されています。

植物バージョン（現在は利用できません）には、シロイヌナズナやウコンなどの広く使用されているモデル種と、トウモロコシ、イネ、小麦、大豆などの主要な作物種が含まれていました。2021年7月にImmunai Inc.がNebion AGを買収した後、バイオテクノロジー企業がバイオ医薬品データに重点​​を置くことを優先したため、植物データは段階的に廃止され始めました。2023年現在、植物データは、Genevestigatorの植物バージョンのライセンスを持つ残りのユーザー向けに別のサーバーで管理されています。

学界と産業界の 60,000 人を超える科学者が、分子生物学、毒性ゲノミクス、バイオマーカーの発見、ターゲット検証の分野で Genevestigator を使用しています。オリジナルの科学出版物は 3,500 回以上引用されています。

分析ツールは、次の 3 つの主要なセットに分かれています。

• 条件検索ツール: 関心のある遺伝子を制御する組織、疾患、治療、遺伝的背景などの条件を検索します。
• 遺伝子検索ツール: 関心のある病態で特異的に発現する遺伝子を見つける
• 類似検索ツール: 類似した遺伝子発現パターンを示す遺伝子または状態を見つける

• 時空間遺伝子発現

• Prasad A、Suresh Kumar S、Dessimoz C、Bleuler S、Laule O、Hruz T、Gruissem W、および P Zimmermann (2013) ヒト、マウス、およびラットの組織トランスクリプトームの全体的な制御アーキテクチャ。BMC Genomics 2013、14:716。
• Hruz T、Wyss M、Lucas C、Laule O、von Rohr P、Zimmermann P、および S Bleuler (2013)「生物学的ネットワークの視覚化のためのマルチレベルガンマクラスタリングレイアウトアルゴリズム」。Advances in Bioinformatics、vol. 2013、Article ID 920325、10 ページ、2013 年。doi:10.1155/2013/920325。
• Hruz T、Wyssm M、Docquier M、Pfaffl MW、Masanetz S、Borghi L、Verbrugge P、Kalaydjieva L、Bleuler S、Laule O、Descombes P、Gruissem W および P Zimmermann (2011) RefGenes: 信頼できる条件固有の参照の識別RT-qPCR データ正規化のための遺伝子。 BMC ゲノミクス 2011、12:156。
• Hruz T、Laule O、Szabo G、Wessendorp F、Bleuler S、Oertle L、Widmayer P、Gruissem W、P Zimmermann (2008) Genevestigator V3: トランスクリプトームのメタ分析のための参照発現データベース。Advances in Bioinformatics 2008、420747
• Grennan AK (2006) Genevestigator.ウェブベースの遺伝子発現解析の促進. Plant Physiology 141(4):1164-6
• Laule O、Hirsch-Hoffmann M、Hruz T、Gruissem W、および P Zimmermann (2006) Genevestigator を使用したマウストランスクリプトームの Web ベース解析。BMC Bioinformatics 7:311
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• Zimmermann P、Hirsch-Hoffmann M、Hennig L、W Gruissem (2004) GENEVESTIGATOR: アラビドプシスマイクロアレイデータベースおよび解析ツールボックス。植物生理学 136 1、2621-2632
• Zimmermann P、Schildknecht B、Garcia-Hernandez M、Gruissem W、Craigon D、Mukherjee G、May S、Parkinson H、Rhee S、Wagner U、L Hennig (2006) MIAME/Plant - 植物マイクロアレイ実験に付加価値をもたらす。Plant Methods 2、1