遺伝子デザイナー

遺伝子デザイナー
	Gene Designer のシーケンスビューでは、シーケンス要素、コドンの選択、およびオリゴヌクレオチドの位置を操作できます。シーケンスモチーフ、制限部位、およびオープンリーディングフレームを迅速に検索します。
開発者	アトゥム
初回リリース	2006年; 18年前
安定版リリース	2.01.191 / 2015年10月9日; 9年前
オペレーティング·システム	Windows、macOS、Linux 対応
プラットフォーム	x86、x86-64
利用可能	英語
タイプ	分子生物学ツールキット
ライセンス	フリーウェア、登録が必要
Webサイト	www.atum.bio/resources/tools/gene-designer

Gene Designerはバイオインフォマティクス用のコンピュータソフトウェアパッケージです。^[1]^[2]学界、政府、製薬、化学、農業、バイオテクノロジー業界の分子生物学者が遺伝子配列の設計、 ^[3]クローン作成、検証に使用します。これはプロプライエタリソフトウェアであり、登録が必要なフリーウェアとしてリリースされています。

特徴

Gene Designer を使用すると、分子生物学者はさまざまな設計ツールを使用して、1 つのアプリケーションで遺伝子設計プロセス全体を管理できます。

インシリコ クローニング、コドン最適化、バックトランスレーション、プライマー設計のためのアルゴリズム
構造を表示、注釈付け、編集するためのグラフィック分子ビュー
遺伝要素、遺伝子、構成を保存、管理、追跡するためのカスタマイズ可能なデータベース
ドラッグアンドドロップインターフェイスを使用して、コンストラクト内またはコンストラクト間でシーケンス要素を移動します (特許取得済み機能)
配列モチーフ、制限部位、オープンリーディングフレームの検索機能
複数のアルゴリズムを使用して、あらゆる生物における組み換えタンパク質生産のコドンを最適化します
制限部位やその他の配列モチーフを削除または追加する
オープンリーディングフレームを再コード化する
翻訳フレームと融合接合をチェックする
プライマーを配列するためのオリゴヌクレオチドを設計します。リアルタイムの融点計算機が含まれています。
ドラッグアンドドロップ機能を備えたクローンツールで、カット、結合、挿入とベクターのクローン作成が可能

Gene Designer はドラッグアンドドロップ機能を使用してクローンを作成します。ユーザーはベクターをドラッグしてクローン作成ツールに挿入し、切り取り、結合、クローンを作成できます。Gene Designer はクローンを作成し、それをプロジェクトに直接ドロップできます。

教育者と学生の使用

この無料ソフトウェアは、合成生物学、システム生物学、生物工学、バイオインフォマティクスの教室や研究室のカリキュラムに組み込まれています。学生は、さまざまな設計ツールを使用して、1 つのアプリケーションで遺伝子設計プロセス全体を管理するプロジェクトを作成し、完了します。

カリキュラムでの使用例:

合成フォトニクスコース、ユタ州立大学工学部^[4]
Gene Designer 2.0を使用したラボプロジェクト^[5]
システム生物学の授業概要^[6]
合成生物学の授業概要^[7]
学生プロジェクト^[8]

参照

参考文献

^ Villalobos, Alan; Ness, Jon E; Gustafsson, Claes; Minshull, Jeremy; Govindarajan, Sridhar (2006). 「遺伝子デザイナー: 人工 DNA セグメントを構築するための合成生物学ツール」BMC Bioinformatics . 7 : 285. doi : 10.1186/1471-2105-7-285 . PMC 1523223 . PMID 16756672.
^ Villalobos, Alan; Welch, Mark; Minshull, Jeremy (2012). 「機能的 DNA 構造のインシリコ設計」。Peccoud, Jean (編)。遺伝子合成: 方法とプロトコル。分子生物学の方法。第 852 巻。pp. 197–213。doi :10.1007 / 978-1-61779-564-0_15。ISBN 978-1-61779-563-3. PMID 22328435。
^ Welch, M; Villalobos, A; Gustafsson, C; Minshull, J (2011). 「タンパク質発現を成功させるための遺伝子設計」 Voigt, Christopher (編)合成生物学、パート B: コンピューター支援設計と DNA アセンブリ。Methods in Enzymology。Vol. 498。pp. 43–66。doi :10.1016/ B978-0-12-385120-8.00003-6。ISBN 9780123851208. PMID 21601673。
^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010 ^{[リンク切れ‍ ]}
^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Systems_Biology_Laboratory ^{[リンク切れ‍ ]}
^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Systems_Biology ^{[リンク切れ‍ ]}
^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Synthetic_Biology ^{[リンク切れ‍ ]}
^ http://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Student_Projects ^{[リンク切れ‍ ]}

米国特許第 7,805,252 号。ポリヌクレオチドを設計および順序付けるシステムおよび方法。Gustafsson、Govindarajan、Ness、Villalobos、および Minshull。

外部リンク

公式サイト

[1] Villalobos, Alan; Ness, Jon E; Gustafsson, Claes; Minshull, Jeremy; Govindarajan, Sridhar (2006). 「遺伝子デザイナー: 人工 DNA セグメントを構築するための合成生物学ツール」BMC Bioinformatics . 7 : 285. doi : 10.1186/1471-2105-7-285 . PMC 1523223 . PMID 16756672.

[2] Villalobos, Alan; Welch, Mark; Minshull, Jeremy (2012). 「機能的 DNA 構造のインシリコ設計」。Peccoud, Jean (編)。遺伝子合成: 方法とプロトコル。分子生物学の方法。第 852 巻。pp. 197–213。doi :10.1007 / 978-1-61779-564-0_15。ISBN 978-1-61779-563-3. PMID 22328435。

[3] Welch, M; Villalobos, A; Gustafsson, C; Minshull, J (2011). 「タンパク質発現を成功させるための遺伝子設計」 Voigt, Christopher (編)合成生物学、パート B: コンピューター支援設計と DNA アセンブリ。Methods in Enzymology。Vol. 498。pp. 43–66。doi :10.1016/ B978-0-12-385120-8.00003-6。ISBN 9780123851208. PMID 21601673。

[4] ttp://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010 ^{[リンク切れ‍ ]}

[5] ttp://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Systems_Biology_Laboratory ^{[リンク切れ‍ ]}

[6] ttp://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Systems_Biology ^{[リンク切れ‍ ]}

[7] ttp://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Synthetic_Biology ^{[リンク切れ‍ ]}

[8] ttp://www.engr.usu.edu/wiki/index.php/Synthetic_Biophotonics_2010_Student_Projects ^{[リンク切れ‍ ]}