フロリダキーズ国立海洋保護区

人口増加と都市開発は、サンゴ礁の健全性に影響を与える可能性があります。開発活動によって浸食が起こり、堆積物が流出して最終的にサンゴ礁に到達することがあります。雨水流出によって肥料が海に流れ込み、サンゴ礁に被害を与える可能性があり、サンゴ礁内の栄養塩濃度の上昇は藻類の繁殖を招き、サンゴを覆い尽くしてしまう可能性があります。沈没したボートや飛行機などの大きな異物は、そうでなければ生息できないであろう多くの海洋生物にとって、豊かな微小な生息地となります。

海からの資源採取量は増え続けている。乱獲は海洋生態系のダイナミクスを変化させ、かつては大型のサンゴ礁魚類が支配していたサンゴ礁を、一部の生物が支配するようになった。

観光収入は、科学研究や環境修復活動の資金源となる。しかし、観光はサンゴ礁の損傷につながる可能性もある。ダイバーやシュノーケリングをする人がサンゴのポリプに触れることでサンゴを傷つけたり、ボートが座礁して錨を引きずることでサンゴ礁を損傷したりする可能性がある。

地球温暖化と強いエルニーニョ現象が重なり、この地域全体で海水温が上昇し、サンゴの白化を引き起こす可能性があります。地元のサンゴ白化早期警報ネットワーク[ ^{3 ]}（モート海洋研究所とフロリダキーズ国立海洋保護区のプログラム） ^{[ 4 ]は、}一部のサンゴの「軽度の白化」を観測しています。

フロリダキーズで最も生態系に悪影響を与える外来種の 1 つは、ミノカサゴです^。2009年に外来種として初めて発見された^{ミノカサゴの}個体群は、フロリダキーズの本来の動植物に 3 つの大きな方法で影響を与えています。ミノカサゴは在来の魚や甲殻類を好んで食べ、一年中産卵することができます。太平洋原産のミノカサゴには、大西洋には天敵が知られていません。ミノカサゴの個体数を抑制する天敵がいないため、ミノカサゴの個体数は破壊的な数まで増加します。ミノカサゴは、商業的に重要なハタやフエダイなどの稚魚、およびサンゴ礁の藻類を食べて藻類の過剰繁殖を防ぎサンゴを死滅させるブダイの稚魚を捕食します。^{[ 5 ]}フロリダキーズの在来種をライオンフィッシュが捕食することは、フロリダキーズの生物多様性に影響を与えるだけでなく、サンゴ礁の維持に役立つ魚の減少により環境にも悪影響を及ぼします。ライオンフィッシュの定期的な産卵は、フロリダキーズの環境にさらに影響を与えます。^{[ 6 ]}そのため、常に安定した繁殖個体群が維持されます。雌のライオンフィッシュは数日ごとに3万～4万個の卵を産むことができ、ライオンフィッシュは1歳になる頃には性的に成熟します。^{[ 7 ]}ライオンフィッシュの定期的な産卵は、フロリダキーズの生態系に絶え間ない圧力をかけます。

オーストラリアマツは、フロリダキーズの固有の動植物にリスクをもたらす外来種です。オーストラリアマツは「その下に密集した落葉層を形成することで在来植物と競合し」 ^{[ 9 ]}、そのため在来植物が必要な栄養分を得ることができません。オーストラリアマツは在来種に対して比較優位性も持っています。オーストラリアマツは「新たに堆積した砂浜、浚渫土砂が堆積した砂浜、嵐によって既存の植生が破壊された砂浜に急速に侵入する」ことができます。^{[ 9 ]}オーストラリアマツは、フロリダキーズの在来植物を駆逐し、在来の野生生物の生息地を提供しないため、在来動物を駆逐します。

ブラジルペッパーの木はアルゼンチン、パラグアイ、ブラジル原産ですが、1800年代半ばに観賞用植物としてフロリダに持ち込まれました。^{[ 10 ]}ブラジルペッパーの導入は、フロリダで最も広く蔓延している外来侵入植物の1つとして、フロリダの生態系の生物多様性を乱しています。ブラジルペッパーの木はフロリダで70万エーカー以上に侵入しています。この木は密生した樹冠を形成し、他のすべての植物を日陰にして、在来種の生育には非常に劣悪な生息地を提供します。「ブラジルペッパーは水生生息地と陸生生息地の両方に侵入し、在来の生物群集の質を低下させています。」^{[ 10 ]}