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ジョン・ポルキングホーン著『現実の探求：科学と宗教の絡み合い』は、彼の「真実の探求」に関する「進捗報告」を提供する本です。「私は生涯を通して現実を探求しようとしてきました。その探求には科学が含まれますが、必然的に科学を超えたところにも至ります。調査のプロセスは螺旋状の性質を持ち、問題に取り組むことで探求者は内面へと引き込まれ、現実の多次元的な性質とのより深い関わりへと至ります」 [ 1 ]
本書は2005年に英国ではSPCK社、米国ではイェール大学出版局から出版された。ISBN 0-300-11014-6
1. 現実において、ポルキングホーンは「科学で知的形成を受けた者にとって、現実を探求する作業がいかに自然なものであるか」（p xi）を説明し、ポストモダニズムに対する批判的リアリズムへの信念を主張している。
2. 『世界の因果関係』は、「科学的に見て、私たちの知識は依然としてかなり断片的で、特定の明確に定義された領域内では優れているものの、異なる領域間の満足のいくつながりを築くことができない場合が多い。量子物理学と古典物理学の関係という問題は、示唆に富む例である」と述べ、さらに「因果関係の問題は、科学だけでは最終的に解決されない。最終的な結論は、形而上学的な決定という基盤の上に成り立たなければならない」とも述べている。(p xii)
3. 人間の本性において、彼はチャールズ・キングズリーとフレデリック・テンプルがチャールズ・ダーウィンの洞察を歓迎し、それが人間と他の動物の間に一定の連続性があることを示唆していたと指摘している。しかし、彼は人間の言語、科学、合理性における能力は動物のそれとは大きく異なると指摘している。 [ 2 ]彼は「我々がチンパンジーと98.4%のDNAを共有しているという事実は、我々がわずかに異なる類人猿に過ぎないことを証明するものではなく、遺伝的還元主義の誤謬を示している。結局のところ、私はJ.S.バッハと99.9%のDNAを共有しているが、その事実は我々の音楽的能力の間に密接な対応関係があることを示唆するものではない」（p45）と述べている。彼は、「自然選択は地球上の生命の発展において重要な要素であったが、それが関与する唯一のプロセスであるとは決して明らかではない」と述べ、「古典的なダーウィン的思考をほぼ普遍的な説明原理として押し込めようとする試みは、半真実の集合を万物の理論に膨らませようとするものであり、極めて説得力に欠けることが証明されている」と指摘している。[ 3 ]彼は、進化論的認識論もまた半真実に基づいていると考えている。日常的な経験を理解できることは重要な資産であるが、ニュートンが万有引力を発見したとき、生存に必要なものをはるかに超えた何かが起こり、フェルマーの最終定理を証明するような合理的な偉業は、ダーウィン的説明の範疇をはるかに超えている。[ 4 ]