大腸菌sRNA

大腸菌には、ゲノムの遺伝子間領域に位置する小さなRNAが多数含まれています。これらのうち少なくとも55個の存在が実験的に確認されています。^[1] QRNAプログラムを使用して、 275個の潜在的なsRNAコード化遺伝子座が計算的に特定されました。これらの遺伝子座には偽陽性が含まれるため、大腸菌のsRNA遺伝子の数は275個未満である可能性があります。^[2]シグマ因子シグマ70によって認識されるプロモーター配列とRho非依存性ターミネーターに基づく計算スクリーニングにより、24個の推定sRNA遺伝子が予測され、そのうち14個はノーザンブロット法によって実験的に確認されました。実験的に確認されたsRNAには、十分に特徴付けられたsRNA RprAとRyhBが含まれていました。このスクリーニングで特定されたRprA、RyhB、 SraB、 SraLなどのsRNAの多くは、細菌細胞増殖の定常期にのみ発現します。^[3]サルモネラ菌およびクレブシエラ菌との相同性に基づくsRNA遺伝子のスクリーニングにより59個の候補sRNA遺伝子が同定された。この候補遺伝子セットから、マイクロアレイ解析およびノーザンブロッティングにより、これまで記載されていなかった17個のsRNAの存在が確認され、その多くはシャペロンタンパク質Hfqに結合し、RpoSの翻訳を制御する（ Sigma 38）。^[4]uptR遺伝子から転写されたUptR sRNAは、膜結合毒性ハイブリッドタンパク質の量を減らすことで細胞質外毒性を抑制することに関与している。^[5]

細胞運動を増強するsRNAであるEsr41は、病原性腸管出血性大腸菌（EHEC）O157:H7 Sakaiの遺伝子間領域で発見されました。Esr41配列は非病原性大腸菌K12には存在しませんが、sRNAはK12でも細胞運動を誘導できるため、Esr41によって制御される標的遺伝子は両方の大腸菌に存在することが示唆されています。^[6]

トランスエンコードされた小さなRNA RalAは、毒素RalR mRNAのコード領域に相補的な16ヌクレオチドを持っています。RalAは、RalR（メチル化DNAと非メチル化DNAを切断する非特異的エンドヌクレアーゼ）の翻訳を妨げることで抗毒素として機能します。その活性にはRNAシャペロンHfqが必要です。RalRとRalAはI型毒素-抗毒素（TA）システムを形成します。RalR/RaLA TA遺伝子座は、大腸菌の抗生物質ホスホマイシンに対する耐性に関与しています。^[7]

化学ストレスと高密度細胞発酵中に発現したRNAのディープシーケンシングにより、大腸菌で以前記載された約200の遺伝子間sRNAに加えて、253の新しい遺伝子間転写産物が発見されました。いくつかのsRNAは高密度細胞発酵中に特定の発現パターンを示し、複数の化学物質の存在下で異なる発現を示したため、ストレス条件下で役割を果たす可能性があることが示唆されました。いくつかのストレス条件で異なる発現を示した新しいsRNAは、ES003、ES036、ES056、ES098、ES173、ES180、ES205、ES220、ES222、ES239でした。^[8]

Esre sRNA（大腸菌の必須小RNA）は、 yigP遺伝子^[9]（ubiJとしても知られる）の3'部分に位置し、大腸菌とにおけるコエンザイムQ8の生合成に関与している。

AgrBアンチセンスRNA（ a rsR- g ov r領域遺伝子B）は、 dinQ（毒性のある単一膜貫通ペプチドに翻訳される）の反対方向に30個の相補ヌクレオチドで転写される。AgrB はRNA干渉によってdinQの蓄積を抑制し、その毒性を打ち消すと思われる。^[10]

参考文献

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さらに読む

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